有利地形，夺了羌军的水草，不与他们交战，羌军就穷困了，富豪们率领数十万户逃出塞外，诸族万余人全部投降，于是陇右就清静了。马援注重广开恩信，宽以待下，按职务任吏，而他自己则只抓大事而已。宾客故人，日渐集中到他的门下。属官们有时谈到外面的事，马援总是说：“这是长史、掾史们的任务，不用告诉我。哀怜老子，使得清闲游乐。如果是大姓欺侮小民，狡黠的羌民不服从，那是太守的事罢了。”邻县曾有报仇的，吏民们惊慌失措说是羌民造**了，百姓奔入城郭。狄道长登门，请求闭城门发兵讨伐，这时马援正与宾客饮酒，大笑说：“烧羌怎敢再来进犯我。晓谕狄道长回去守舍，胆小怕死的，可躲到床下去。”后来风波平静了，郡中人对马援的胆识都口服心服。他在陇西视事六年，征召回去拜为虎贲中郎。

起先，马援在陇西时曾上书，说应当像过去一样铸造五铢钱。朝廷将此事转交给太尉、司徒、司空设立的府署办理，三府奏报认为不可，此事就被搁置下来，等到马援回京师，从公府求得以前三府的奏书，辩论十多条，随牒解释，再上表章申述理由。帝同意了，天下赖其方便。

马援自回到京师，多次被召见。马援为人注意修饰须发，眉目容貌如画。善与人对答，特别长于讲述前世故事。每每讲到三辅长者，下至乡里少年，都很动听。自皇太子、诸王的侍从们听到，莫不竖耳爱听而忘倦。又善于用兵方策，帝曾说：“伏波论兵，与我意见相合。”每有出谋划策，没有不被采纳的。起初，卷人维汜，妖言惑众说自己是神，有弟子数百人，都坐罪杀头。后来弟子李广等宣言维汜神化不死，以诳惑百姓。

十七年(41)，就纠集徒党，攻下皖城，杀皖侯刘闵，自称“南岳大师”朝廷派谒者张宗率兵数千人讨伐，又被李广打败。于是派马援组织诸郡的兵，共一万多人，击破李广等并将他斩首。又交阝止女子征侧及妹征贰造**，攻下郡城，九真、日南、合浦蛮夷都响应她，侵掠岭外六十余城，征侧自立为王。于是以皇帝玺书拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副，总楼船将军段志等南征交阝止。军到合浦而段志病逝，诏马援统率其兵。于是缘海路前进，随山开道千余里。

十八年(42)春，军到流泊上，与贼接战，攻破贼军。斩首数千级，降者万余人。马援追征侧等至禁溪，几次打败贼军，贼于是分散逃走。