让晓谕隗嚣。隗嚣恨马援背叛了他，得信后更增仇怨，后来就发兵拒汉。马援就向光武上疏说“：我自念归身圣朝，敬侍陛下，本来没有三公辅相一句话的推荐，也没有左右的人为我先言。我自己不说，陛下何能听到。居前不能令人分高低，居后不能令人分轻重。招人怨不能为人患，这是臣感到羞耻的。所以敢于触冒罪忌，冒死陈述至诚。我与隗嚣，本来是朋友。当初，隗嚣派臣来洛阳，对我说：‘本来是想为汉，请你先去看看，如果你以为可以，我就专心事汉了。’等到我回去，以赤心报隗嚣，想真心实意诱导他从善，不敢挑唆他以为不义之举。而隗嚣自挟奸心。私下憎恨陛下，而把这种怨恨之情归结到我身上。我如果不说，意见就无从上达。我愿亲到你那里，陈述消灭隗嚣的策略，能够把想说的话统统说完，申述我的浅见，然后退回老家去种田，死无所恨。”帝于是召马援议事，马援为之出谋划策。因此使马援率领突击骑兵五千，往来游说隗嚣将领高峻、任禹之属，下及羌中的英杰，为他们剖析形势说明祸福，以离间隗嚣的党羽。马援又写信给隗嚣将杨广，要杨广去劝导隗嚣。说“：春卿无恙。前在冀南分别，一直未通音信。马援乘间回到长安，因此留在上林。我见四海已定，兆民同心，而隗嚣闭拒背叛，为天下所指射。时常害怕海内对他恨之切齿，恨不得要将他杀了分尸，所以写信给他。恋恋之情，以致恻隐之计。听说隗嚣归罪于我，而接受王元奸邪之说，自以为函谷关以西，举足可定，以现在的形势来看，究竟怎样呢？马援曾到河内，看望伯春，见到其奴吉从西方回来，说伯春小弟仲舒望见吉，想问伯春有没有意外，竟不能讲话，早晚号泣，婉转风尘之中。又说他家悲愁的情况，不可言说。怨与仇可刺而不可毁，马援听了，不知不觉也泣下了。

马援素知隗嚣孝爱，虽曾参、闵子蹇也不会超过他。对亲孝顺的人岂能不对儿子慈爱呢？哪有忍心让儿子身带刑枷，而为父亲的还在强横妄作，像乐羊一样忍心吃用儿子的肉做成的羹汤呢？隗嚣平生自己说他之所以拥兵众，只是想保全父母之国而使先人坟墓完整，又说苟且厚待士大夫罢了。而现在想保全的将要破亡了，想完整的也将毁掉了，想厚待的将反而薄待了。隗嚣曾经挫辱过公孙述而不接受公孙述的封赐，现在则与公孙述同流合污，还想归附于他，不感到难为情吗？假若公孙述要隗嚣送儿子到洛阳当人质，他从何处得儿子呢？以前公孙述想封你为王，你拒不接受，现在老了，倒还想低着头与小儿辈们共槽而食，并肩侧身于怨家的朝廷吗？男儿淹死为什么拘束于游泳呢？现在国家对你有深意，你应当使牛孺卿与各位耆老大人共同说服隗嚣，如计划不被接受，就可以引领而去了。前展阅地图，见天下郡国共一百零六所，奈何想以区区的两个邦以抵挡天下的一百零四个邦呢？你事隗嚣，外有君臣之义，内有朋友之道。以君臣而言，应当面谏争议；以朋友而言，应当商量切磋。岂有明知其不能成功，而软弱不敢开口，叉手跟着他刑及父母兄子呢？如现在计划成功，待遇还是优厚的；失了这个机会，就很可惜了。且来君叔是天下的信士，朝廷敬重他，他时常为西州说话，有依依不舍之情。我猜想朝廷，尤其想立信于此事，必不至于负约。马援不会久留，愿你快点回信。”杨广竟然不答复。

八年(32)，帝亲自西征隗嚣，到达漆县，各将领都认为王师重要，不宜深入险阻，计划犹豫不决。召马援，马援夜至，帝大喜，引入，就告以大家议论的意见征求他的决策。马援因此说隗嚣将帅有土崩瓦解之势，进兵就有必破之状。并在帝面前聚米以为山谷模型，指画形势，指出众军应从哪条山道进去又从哪条山道出来，分析曲折，明明白白。帝说“：敌虏已在我眼中了。”第二天早晨，就进军到第一，隗嚣众大溃。

九年(33)，拜马援为太中大夫，助来歙监诸将平定凉州。自王莽末年，西羌侵犯边境，就移居塞内，金城属县多被羌人占有。来歙奏言陇西被侵残地，非马援不能定。十一年夏，玺书拜马援为陇西太守。马援就发步兵骑兵三千人，击破先零羌于临洮，斩首数百级，获马牛羊万余头。守塞羌八千多人向马援投降。有各族数万人，屯聚攻击掠夺，拒守浩。。隘。马援与扬武将军马成发起攻击。羌于是将其妻子辎重移阻于允吾谷，马援偷偷走小路，突然袭击其营。羌人大惊，再远迁到唐翼谷中，马援再追击。羌引精兵屯北山上，马援陈军向上，而分遣数百骑绕到羌兵背后，乘夜放火，击鼓呼叫，羌兵大溃，共斩首千余级。马援以兵少，不得穷追，收其粮谷畜产而回。马援被羌人射穿小腿，帝以玺书慰劳，赐牛羊数千头，马援尽分发给各宾客。这时，朝臣以金城在破羌之西，路途遥远又多盗寇，商议想放弃掉。马援上书说，破羌以西城多完好牢固，易于防守；其田土肥壤，灌溉流通。如让羌人在湟中，那就为害不止，不可放弃。帝同意，于是诏武威太守，令在武威的金城客民都回金城去。归者三千余口，使他们都回到自己原来的旧邑去。马援奏表他们派置长吏，修缮城郭，建立小城镇，开导水田，劝以耕牧，郡中得以安居乐业。又遣羌族富豪杨封晓谕劝说塞外羌民，都来和亲。又武都氏人背叛公孙述来投降的，马援都奏请恢复他们的侯王君长，赐给印绶，帝都照准。撤消马成军。