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七年(64)春正月二十日，皇太后阴氏去世。二月初八，葬光烈皇后。秋八月十八日，北海王刘兴去世。这年，北匈奴派使者来求和亲。

八年(65)春正月初二，司徒范迁逝世。三月辛卯，任太尉虞延为司徒。卫尉赵熹代行太尉职务。派越骑司马郑众回访北匈奴。开始设置度辽将军，屯驻五原曼柏。秋，郡国十四雨水。冬十月，北宫落成。初四，明帝临辟雍，享三老、五更酒食。礼毕，诏令三公募郡国中都官宣布凡死刑在押囚犯，减罪一等，不要笞打，送到度辽将军兵营，屯垦朔方、五原的边县，妻子自愿相随，便算边县户籍，父母同胞兄弟想换替的，一律照准。其中大逆不道非斩首不可的，一律下蚕室实施腐刑。逃跑了的罪犯，分别赎罪。凡是迁移的，赏赐弓弩衣服口粮。三十日，日全蚀。明帝下诏说：“我因为薄德，继承大业，下给人民怨尤，上更震动日月星辰。日蚀的变故，灾害最大，所以《春秋》图谶认为是极大的谴责。我久久地反省过咎，完全在我一人身上。所有官员勉力做好工作，尽量批评政事，不要忌讳。”于是在职官员，纷纷上奏封书，畅言政治得失。明帝看了这些奏章，深自引咎。便将上书所提意见，颁告百官。诏令说：“各位官员所讲的，都是我的过错，人们有冤屈得不到昭雪平反；官吏阴险刻薄得不到禁止；而轻易劳民伤财，缮修宫宇，出入没有节制，喜怒不能适中。以前人主荒政，贤人歌《关雎》讽刺；心神不定像飞蓬，微子感叹。朗读这些告戒，不禁毛骨竦然，战战栗栗。惟恐薄德，久而怠惰呢！”北匈奴入寇西河诸郡。

九年(66)春三月初一，诏令郡国死罪囚犯减罪，与妻子儿女到五原、朔方落户，在那里死了的都赏赐妻父或同胞兄弟一人免赋终身；其妻没有父兄只有母亲的，赏赐母亲六万钱，还免去其人口税。夏四月甲辰，诏令郡国拿公田分别赏赐贫民。令司隶校尉、部刺史每年上报墨绶长吏视事三年以上，以及理状特别突出的各一人，与计吏同上。很不会理政者，也上报。这年，大丰收，为外戚樊、郭、阴、马四姓子弟开立学校，设置《五经》师。

十年(67)春二月，广陵王刘荆有罪，自杀，封国撤除。夏四月二十四日，明帝诏令说：“去年五谷丰登，今年蚕麦又好，大赦天下。现在正是盛夏万物生长的好时光，应当排除一切不利因素，以利农功。老百姓要努力桑麻稼穑，防备水旱虫灾。官员要搞好本职工作，不要犯罪堕落。”闰十月初三，明帝南巡视察。到南阳，祭祀章陵。夏至日，祭祀旧居。礼毕，召集学校主管及弟子演奏雅乐，歌唱《鹿鸣》的诗篇，明帝亲自吹着埙篪相和，与大家同乐。返转时到南顿，以酒食慰劳三老、官属。冬十一月，征召淮阳王刘延到平舆相会，征召沛王刘辅到睢阳相会。十二月初四，明帝回到洛阳。

十一年(68)春正月，沛王刘辅、楚王刘英、济南王刘康、东平王刘苍、淮阳王刘延、中山王刘焉、琅笽王刘京、东海王刘政入京朝拜。秋七月，司隶校尉郭霸下狱死。这年，巢湖出现黄金，庐江太守献黄金。当时麒麟、白雉、醴泉、嘉禾，随地都有出现。