临洮。六月，中郎将来歙率领扬武将军马成在下辩打败公孙述将王元、环安。环安派间谍刺杀中郎将来歙。光武帝亲征公孙述。秋七月，驻长安。八月，岑彭在黄石滩打败公孙述将侯丹。辅威将军臧宫在沈水与公孙述将延岑战斗，延岑大败。王元投降。光武帝从长安回洛阳。八月二十六日，诏令说：“敢有烧灼奴仆婢女的，照法律治罪，并将被烧灼的奴婢免为平民。”冬十月壬午，诏令废除奴仆婢女射伤了人要被处死示众的法律。公孙述派间谍刺杀征南大将军岑彭。马成平定武都。趁陇西太守马援打败了先零羌，便把武都民众迁到天水、陇西、扶风。十二月，大司马吴汉率领水师讨伐公孙述。这年，裁去朔方牧，合并并州。开始停止州牧岁末入京报告政务的制度。

十二年(36)春正月，大司马吴汉在武阳与公孙述将领史兴战斗，杀史兴。三月初九，诏令陇、蜀人民被抢去做奴仆婢女后到官府诉讼的，以及司法官吏没有判决的，一律免为平民。夏天，南行唐降下及时雨。六月，东阳出现黄龙。秋七月，威虏将军冯骏攻下江州，抓住田戎。九月，吴汉在广都大败公孙述将谢丰，并把他杀掉。辅威将军臧宫攻下涪城，杀公孙恢。大司空李通免职。冬十一月十八日，吴汉、臧宫在成都与公孙述战斗，大败公孙述。公孙述受重伤，当夜死去。二十一日，吴汉对成都进行屠城，将公孙述的亲族及延岑等全部处死。十二月初一，扬武将军马成代行大司空职事。这年，九真界外蛮夷张游率领同部族人归附，被封为归汉里君。撤去金城郡，归属陇西。参狼羌侵扰武都，陇西太守马援讨伐，迫使其投降。诏令边塞官兵力量不够不能打就防守，追击敌人远近可根据情况而定，不以“逗留法”论处。横野大将军王常去世，派骠骑大将军杜茂带领各郡解除了镣铐赭衣的囚犯屯守北边，筑了望所，修烽火台。

十三年(37)春正月初一，大司徒侯霸去世。二十九日，光武帝诏令说：“往年我曾命令各郡国，不要贡献奇异的美味，在还没有停止，不仅只有预先饲养和选择的劳苦，还有转运输送的烦劳搅扰。增加运送所经过地区的劳累和费用。应叫管理御膳的太官不再收受。我曾敕令远方食物是用来荐奉宗庙，现仍按原来的制度。”二月，派捕虏将军马武屯兵滹沱河，防备匈奴。卢芳从五原叛匈奴。二十七日，光武帝下诏说：“长沙王刘兴、真定王刘得、河间王刘邵、中山王刘茂，都袭爵为王，但血统疏远，当王不合经典义理。改封刘兴为临湘侯，刘得为真定侯，刘邵为乐成侯，刘茂为单父侯。”宗室及中断了国嗣改封为侯的共一百三十七人。二十八日，降赵王刘良为赵公，太原王刘章为齐公，鲁王刘兴为鲁公。三月十一日，封殷绍嘉公孔安为宋公，周承休公姬武为卫公。省去合并了西汉时的九个封国：广平并入巨鹿、真定并入常山，河间并入信都，城阳并入琅笽，泗水并入广陵，淄川并入高密，胶东并入北海，六安并入庐江，广阳并入上谷。三月十二日，任沛郡太守韩歆为大司徒。三月十七日，代理大司空马成免职。夏四月，大司马吴汉从蜀回京师，于是大摆筵席犒赏将士，颁布各人功劳并记录在册。功臣增加封邑更新的爵位，共三百六十五人。外戚沾光受封的四十五人。免去左右将军官。建威大将军耿。。免职。益州辗转递送公孙述瞽师、郊庙乐器、葆车、舆辇，至此皇宫举行各种仪式的器物，才开始完备。这时战争已经结束，天下太平少事，公文征发差役，务必简单减少，以至于数量只有以前的十分之一。二十六日，任冀州牧窦融为大司空。五月，匈奴侵扰河东。秋七月，广汉塞外白马羌豪率领同部族人归附。九月，日南塞外蛮夷进献白雉、白兔。冬十二月三十日，诏告益州居民从公孙述八年来被抢夺为奴仆婢女的，一律恢复平民身份。有依附别人成妾而想离去的，听其自愿；敢有留难扣押的，比照青、徐二州的办法，以抢掠人口法论罪。恢复设置金城郡。

十四年(37)春正月，修建南宫前殿。匈奴派使者进贡，光武帝派中郎将刘襄去匈奴回访。夏四月二十九日，封孔子后人孔志为褒成侯。越。。人任贵自称太守，派使者送来百姓名籍。秋九月，平城人贾丹杀卢芳将尹由归降。这年，会稽瘟疫大范围流行。莎车国、鄯善国派使者进贡。十二月癸卯，诏令益、凉二州奴婢，八年来自己申诉在案的，一律恢复平民身份，卖主无需偿还身价。