，都很失望。应当趁这盛夏良辰，确定皇子号位，以便扩大藩辅，昭示亲亲大义，尊重宗庙社稷，合乎古制旧章，满足大家心愿。我们请让大司空奉上舆图，太常择定好日子，准备好典礼事宜。”光武帝下令说“：可以。”夏四月初二，用牛、羊、猪三牲祭祀祖先。十一日，派大司空窦融告祀宗庙。封皇子刘辅为右翊公、刘英为楚公、刘阳为东海公、刘康为济南公、刘苍为东平公、刘延为淮阳公、刘荆为山阳公、刘衡为临淮公。刘焉为左翊公、刘京为琅笽公。癸丑，追谥兄伯升为齐武公、兄刘仲为鲁哀公。六月二十五日，恢复设置屯骑、长水、射声三校尉官；改青巾左校尉为越骑校尉。下诏命州郡检查核实开垦田亩以及户口年龄情况及数目。又考查二千石长吏办事枉法或偏袒不公平的。冬十一月初一，大司徒欧阳歙犯入狱，监死狱中。十二月二十七日，任关内侯戴涉为大司徒。卢芳从匈奴入居高柳。这年，骠骑大将军杜茂免职。虎牙大将军盖延去世。

十六年(40)春二月，交阝止女子征侧谋反，占领一些城镇。三月三十日，晦，日蚀。秋九月，河南尹张亻及及诸郡守十余人，因度量田地弄虚作假，都下狱牢死。郡国大姓、兵长、群盗到处作乱，打劫官府，杀害官员。郡县的军队去讨伐，兵他们就解散，兵走就又集结在一块。青、徐、幽、冀四州更厉害。冬十月，派使者下到各郡国传达诏令：让匪徒们互相检举揭发，五人合伙杀掉一人的，可免去杀人罪。官员过去有回避、放纵的，也不追究责任，只看他们最后擒捕讨伐的结果。牧守令长因犯有对境内盗贼不收编捕捉之罪的，以及畏惧软弱放弃所守地盘的，都不以失职论罪，只看最后消灭盗贼多少为要。只有掩护窝藏盗贼的才治罪。于是互相协同追捕，群贼因而解体。并且将他们的头目迁移到别郡，给以耕地，并赐谷养老，使他们安居乐业。从此放牧牛马无须看守，城门都不用关闭。卢芳派使者求降，十二月甲辰，封卢芳为代王。起初，王莽乱后，货币杂用布、帛、金、粟，这年，开始使用五铢钱。

十七年(41)春正月，赵公良去世。二月二十九日，晦，日蚀。夏四月乙卯，光武帝南巡。皇太子及右翊公刘辅、楚公刘英、东海公刘阳、济南公刘康、东海公刘苍随行，到颍川，进而到叶县、章陵。五月二十一日，回到洛阳。六月二十九日，临淮公刘衡去世。秋七月，玩弄妖法巫术的李广等群起占据皖城，光武帝派虎贲中郎将马援、骠骑将军段志去讨伐。九月，攻克皖城，杀李广等。冬十月十九日，废皇后郭氏为中山太后，立贵人阴氏为皇后。晋升右翊公刘辅为中山王，以常山郡为食邑。其余九国公就原来的封地晋爵为王。二十二日，光武帝到章陵。修理园寝宗庙，祭祀旧宅，察看田地房屋，置酒作乐，赏赐钱物。这时宗室众多母亲趁着喝得畅快，互相谈论说：“文叔少年时谨慎诚实，与人相处不会殷勤应酬，一味的忠直温和，而今天竟然当上了皇帝！”光武听了，大笑说：“我治理天下，也要用柔道来施行政教。”于是为舂陵宗室一律修起祠堂。这时有五只凤凰出现于颍川的郏县。十二月，光武从章陵还洛阳。这年，莎车国派遣使者进贡。

十八年(42)春二月，蜀郡守将史歆反叛，派大司马吴汉率领二将军讨伐，包围成都。甲寅，光武帝西去巡察，到长安，三月壬午，参拜高庙，祭祀十一陵。经冯翊境地，行进到蒲坂，在后土祠祭地。夏四月初八，光武帝回到洛阳。十五日，诏令说：“现在边境各郡偷盗五十斛谷米的，就判死刑，开残忍官吏妄杀的先例。应取消这种苛刻的法律，定罪标准同内地各郡相同。”派伏波将军马援率领楼船将军段志等攻击，交阝止寇贼征侧等。二十五日，光武帝到河内。二十九日，从河内回洛阳。五月，天旱。卢芳又逃入匈奴。秋七月，吴汉攻下成都，杀史歆等。壬戌，对益州叛乱的罪犯，除了非处死不可的以外一律免罪。冬十月二十四日，光武帝到宜城，回洛阳时，祭祀章陵。十二月十日，光武帝回到洛阳。这年，罢去州牧，设置刺史。

十九年(43)春正月十五，追尊孝宣皇帝为中宗。开始供祠昭帝、元帝于太庙；成帝、哀帝、平帝于长安，舂陵节侯以下四世于章陵。玩弄妖法巫术的单臣、傅镇等反叛，占据原武，派太中大夫臧宫围剿。夏四月，攻克原武、杀单臣、傅镇等。伏波将军马援攻克交阝止，杀征侧等，趁机击败九真贼都阳等，使其投降。闰四月二十五日，晋升赵、齐、鲁三国公爵王。六月二十六日，诏令说：“按《春秋》的义理，立太子以出身尊贵为标准。东海王刘阳，皇后之子，应当继承帝位。皇太子刘强，推重谦让，愿意到诸侯国为王。父子的感情，使我很难长久地违背他的意愿。现以刘强为东海王，立刘阳为皇太子，改名庄。”秋九月，光武帝南巡。二十一日，到南阳，进而到汝南郡南顿县舍，设酒宴赏赐官员，免南顿县田租一年。父老趋前叩头说“：皇上的父亲居住这里很久，皇上熟悉这里的官府房舍，每次来都赏赐很多。请免南顿县田租十年。”皇帝说：“治理天下责任重大，我经常担心不能胜任，一天过一天还怕出问题，怎敢预期十年之久呢？”官民们又说“：皇上实际是舍不得减免，何以讲得这样谦逊呢？”光武帝大笑，又把免租的期限加了一年。光武帝行进到淮阳、梁、沛等地。西南夷侵犯益州郡，光武帝派武威将军刘尚去讨伐。越。。太守任贵反叛，十二月，刘尚袭击任贵，把他杀掉。这年，恢复设置函谷关都尉。修缮长安的宫室。