去攻打，郡吏杀了王调投降。派前将军李通率领二将军，与公孙述将领在西城战斗，把他打败。夏天，蝗灾。秋九月初四，对乐狼犯罪的人，除非谋反死罪，均免罪不究。三十日，晦，日蚀。冬十月十一日，诏令说：“我德薄不英明，寇贼为害，强暴欺凌弱小，老百姓流离失所。《诗经》上说：‘日月有凶象，这是不用其道的征兆。’我常念我的过失，内心难过。现敕令公卿推荐贤良、方正各一人，百官都要奏上密封的报告，不要隐瞒顾忌；官员履行职责务必遵守法律制度。”十一月丁卯，诏令王莽时官吏民众籍没为奴婢不合旧法的，都免为平民。十二月二十七日，大司空宋弘免职。二十八日，光武帝诏令说：“过去战争没有结束，费用不足，所以按十分之一抽取田税，现在军士屯垦，粮食略有储积。可以叫郡国收三十分之一的田税，依景帝时制度。”十二月，隗嚣派将行巡侵扰扶风，征西大将军冯异抵抗并打败了他。这年，开始罢去郡国都尉官。开始派列侯进入到自己的封国。匈奴派使者来献礼，光武帝派中郎将回访。

七年(31)春正月初二，光武帝诏令中都官、三辅、郡、国放出在押囚犯，除死罪外，一律免除查办，服劳役的免刑为平民，判刑二年以上而逃亡的，把他们的名字记下，以备查考。又下诏说：“世人丧葬以丰厚为德，俭薄为鄙。以致富豪过度奢侈，贫人耗尽财物，法令不能禁止，礼义不能限制，一遇乱世，才知厚葬的害处。今布告天下，让忠臣、孝子、慈兄、悌弟晓得薄葬送终的好处。”二月十七日，免去护漕都尉官。三月初四日，光武帝诏令说：“现在国家有大量军队，多属精锐，应当减去轻车、骑士、材官、楼船士及军中临时增设的官，让他们还乡为民。”公孙述立隗嚣为朔宁王。三十日，晦，日蚀。光武帝回避正殿，不动干戈，五日不理国事。下诏说：“我德行菲薄，招致灾害，上天谴责现于日月，我战忄栗恐惧，有什么话讲呢！现在当反省过失，希望消除我的过错。官员们要尽忠职守，遵纪守法，使百姓受惠。百官各上密封奏事，不要隐讳。上书的，不要说我是圣哲。”夏四月十九日，光武帝下诏说：“近来阴阳颠倒，日月迫近相食，百姓有过，归咎于我一人，大赦天下。公、卿、司隶、州牧推荐贤良、方正各一人，到公车门，我要去接见并考试他们。”五月初六，前将军李通为大司空。二十二日，诏令吏人遭受灾荒兵乱，及被青州、徐州贼抢为奴婢和小妻的，或去或留，听各人意愿。敢有扣押不放，以贩卖人口治罪。这年夏天，雨水连绵。任汉忠将军王常为横野大将军。八月二十六日，封前河间王刘邵为河间王。隗嚣侵犯安定，征西大将军冯异、征虏将军祭遵把他打退。冬天，卢芳设置的朔方太守田飒、云中太守乔扈各领全郡投降。这年，省去长水、射声二校尉官。

八年(32)春正月，中郎将来歙袭击略阳，杀隗嚣守将并占据此城。夏四月，司隶校尉傅抗监死狱中。隗嚣攻来歙，没有攻下。闰月，光武帝亲征隗嚣，河西大将军窦融率五个郡的太守与光武帝会于高平。隗嚣在陇右溃败了，逃奔西城。光武帝派大司马吴汉、征南大将军岑彭包围西城；光武帝到上圭阝，隗嚣不投降，派虎牙大将军盖延、建威大将军耿。。攻打他。颍川盗贼侵犯并攻陷颍川所属各县，河东太守及守兵也反叛，京都震惊骚动。秋天，大水泛滥。八月，光武帝从上圭阝日夜东赶，九月初一，回到洛阳。初六，光武帝亲征颍川盗贼，都降附。安丘侯张步反叛后返回琅笽，琅笽太守陈俊讨伐张步并活捉了他。二十四日，光武帝从颍川回京。冬十月二十二日，光武帝到怀县。十一月十二日，从怀县回京。公孙述派兵援救隗嚣，吴汉、盖延等领军回长安。天水、陇西又反叛归附隗嚣。十二月，高句丽王派使者进贡。这年，大水泛滥。

九年(33)春正月，隗嚣病死，他的部将王元、周宗又立隗嚣子隗纯为王。将雁门官吏百姓迁到太原。三月初一，开始设置青巾左校尉官。公孙述派将田戎、任满占据荆门。夏六月初六，光武帝到缑氏，登上。。辕山。派大司马吴汉率领四将军在高柳攻打卢芳将贾览，战斗不利。秋八月，派中郎将来歙监督征西大将军冯异等五将军在天水讨伐隗纯。骠骑大将军杜茂在繁。。与贾览战斗，杜茂大败。这年，撤销关都尉，恢复设置护羌校尉官。

十年(34)春正月，大司马吴汉率领捕虏将军王霸等五将军在高柳攻打贾览，匈奴派骑兵援救贾览，诸将与之交战，把他们打退。修理长安高庙。夏天，征西大将军冯异在天水打败公孙述将领赵匡，并把他杀了。征西大将军冯异去世。秋八月二十五日，光武帝到长安，祀高庙，祭祀十一陵。戊戌，光武帝行进到。。县，隗嚣将高峻投降。冬十月，中郎将来歙等大破隗纯于落门，隗纯将王元逃奔去蜀，隗纯与周宗投降，陇右平定。先零羌寇扰金城、陇西，来歙率诸将在五溪进攻羌人，把羌人打个大败。十七日，光武帝回到洛阳。这年，撤销定襄郡，将老百姓迁到西河。泗水王刘歙、淄川王刘终去世。