，郡邑的吏治只有抚按监司才能清正。抚安监司的风化，只有部院能够整治。请求订立条约颁布全国，奖励清廉抑制贪赃，共同遵循官箴。”神宗都下优诏答复可行。

万历二十二年(1594)他担任吏部尚书。孙丕扬刚直不屈，众官不敢徇私，只忧虑显贵的太监的拜访。于是他创立抽签法，大选特选官吏，全部听凭他们自己抽签，请托属意之事无法施行，一时间选拔的人盛赞他无私，选官之事从此大变。

万历二十三年(1595)全面考核京城之外的官吏。九江知府沈铁曾经担任衡州同知，揭发巡抚秦耀的罪行，江西提学佥事马犹龙任刑部主事时，判定御史祝大舟收受贿赂，于是庇护祝的人憎恨。考功郎蒋时馨罢黜了他，孙丕扬没有察觉。等到蒋时馨被赵文炳弹劾，孙丕扬极力替他辩解。称此是丁此吕的罪过，丁此吕遭逮捕。孙丕扬又极力抨击沈思孝，因此沈思孝和员外郎岳元声接连上奏攻击孙丕扬。孙丕扬极力恳请离去。当年冬天，神宗因为军政事务，贬责了两京三十多名言官。孙丕扬仍在休假，就与九卿极力劝谏，神宗没接纳。不久，神宗厌恶大学士陈于陛进行救助，将各位言官贬到边关。孙丕扬等人又上奏劝谏，神宗因此更加恼怒，将他们全部除名。

起初，神宗虽然很想任用孙丕扬，但不甚信任。有所举荐，都录用了列在第二位的候选者。多次请求启用罢官的人，都宣告作罢。孙丕扬因为不得志，已经有了离去的打算，因此闭门不出达半年。十三次上奏，都没有答复。到了四月，神宗下温诏勉励、挽留，他才又开始办事。主事赵学仕是大学士赵志皋的族弟，因为犯事而面临降职，文选郎唐伯元将他定为饶州通判。不久赵学仕又因为以前的事遭攻击，给事中刘道亨弹劾吏部趋炎附势，言辞触犯了孙丕扬。博士周献臣的陈述，也对他颇有触犯。孙丕扬怀疑刘道亨受同僚周孔教的指使，周献臣又是周孔教的同宗，更加怀疑，又多次上奏请求退休。最后写信给大学士张位，恳求他起草旨令同意放他回乡。张位照他的话办了。孙丕扬听说了，又大为愤恨，称张位排挤自己，上奏极力抨击张位和刘道亨、周孔教、周献臣、沈思孝。神宗得到奏疏，认为孙丕扬不正直。张位也上奏辩解，请求告退，神宗又下诏安慰、挽留，而且张位的同僚陈于陛、沈一贯也替张位开脱。孙丕扬再度被责备，批准他乘驿车离去。

此后很久，他被委任为南京吏部尚书，推辞不上任。等到吏部尚书李戴被免职，神宗为代替的人发愁，让侍郎杨时乔负责。杨时乔多次请求选拔尚书。神宗最终思念孙丕扬廉洁、正直，万历三十六年(1608)九月召用他担任原职。他屡屡推辞，神宗不同意。第二年四月才进京，他已经七十八岁。三十八年考核京城之外的官吏，罢免与提拔都很恰当。又上奏举荐廉吏布政使汪可受、王佐、张亻思等二十多人，诏令全部录用。