器，大都很奇巧，难以制作，后来有诏令允许适当减少，不久又照旧额了。陈有年引用诏令请求裁减，未获同意。内阁大臣申时行等人坚持争辩，才减免十分之三。南畿、浙江遭大灾，诏令禁止邻地买进粮食，商船都汇聚江西，安徽人最多。而且江西当年收成也不好，众人请求陈有年禁止。陈有年上奏陈述救急的六件事，其中请求稍稍松弛先前的禁令，使江西的百姓得以自救。南京御史方万山弹劾陈有年违背诏令。皇帝恼怒，剥夺了他的官职令他回乡。后来受举荐督办江防，渐渐升任吏部右侍郎。改任兵部职，后改任吏部。尚书孙钅龙、左侍郎罗万化都是他的同乡，陈有年极力回避，朝廷商讨没有同意。

不久，他由左侍郎升任南京右都御史。万历二十一年(1593)他与吏部尚书温纯共同主持对京官的考核，所做的罢黜之事都很得当。不久就取代了温纯的职位。当年秋天，孙钅龙辞职，他被任命为吏部尚书。住宿在办公地，会见宾客就在等待朝见皇帝的地方。引荐、录用僚属，为当时选官的极品。

第二年，王锡爵准备离职，朝廷推举内阁大臣，诏令不拘资历、官品。陈有年正在休假，侍郎赵参鲁、盛讷，文选郎顾宪成前往咨询他，开列出前任大学士王家屏、前任礼部尚书沈鲤、前任吏部尚书孙钅龙、礼部尚书沈一贯、左都御史孙丕扬、吏部侍郎邓以缵、少詹事冯琦等七人的名字。孙钅龙、孙丕扬不是翰林出身，为不拘泥资格，冯琦为四品官是不拘品级。王家屏因为争辩立太子而离职，皇帝的意思一向就不想任用他。又牵涉到吏部尚书，左都御史不是先例，皇帝严加责备。称：“不拘泥资历、品级是当年陆光祖为自己进入内阁留的晋升之路。现在推举孙钅龙、孙丕扬，显然是徇私情。以前吏部曾经两次推举内阁大臣，可以详细抄录姓名呈上。”因此详细列举了沈鲤、李世达、罗万化、陈于陛、赵用贤、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、邓以缵等人。然而李世达以前是左都御史，皇帝又不高兴，称：“诏令中不许推荐都御史，为什么又提到李世达。王家屏是旧辅臣，不应当擅自提议起用。”于是命令陈于陛、沈一贯进入内阁，并且贬责顾宪成以及员外郎黄缙、王同休，主事辛嘉祯、黄中色任闲杂的官职。王锡爵首先上奏救助，陈有年和赵参鲁等人接着上奏，皇帝却不采纳。赵志皋、张位也假装劝谏。但是他们两个人都不是由朝廷推举，于是说：“辅臣应当出自特别选择，朝廷推举是由陆光祖联络言官们所为，不可以效法。”皇帝欢喜。下御旨再度责难，免除对黄缙等人的贬责，但是停发一年的俸禄。给事中卢明诹上奏救助顾宪成。皇帝发怒，降了他的职，将顾宪成贬为平民。

陈有年上奏申辩：“内阁大臣由朝廷推举，源于旧制。过去杨巍负责选拔官吏，我负责文选，朝廷推举六个人任内阁大臣，现在首辅王锡爵就是当年所推举的。我的家乡以前就有两位内阁大臣，弘治时期的谢迁，嘉靖时期的吕本，都是由朝廷推举的，至于不拘官吏资格品级，出于皇上诏谕，我怎么敢不遵奉。”因而请求告老回乡。神宗接到奏疏，认为他话语耿直，用温和的语气加以安慰。陈有年从此不断上奏称病请求罢职。皇帝依然安慰挽留，赏赐食物、羊和酒。陈有年请求更为积极。最后，他认为自身虽然告退，遗漏的贤士不能不录用，极力请求皇帝起用废黜的人。皇帝答复知道了。陈有年就闭门不出。几个月，上奏十四次。才被准许告退，乘驿车回乡。回乡的行旅只有一箱书、一竹箱衣服而已。万历二十六年(1598)正月去世，享年六十八岁。四月诏令他出任南京右都御史，但是陈有年已经先去世了。封赠为太子太保，谥号恭介。

孙丕扬，字叔孝，富平人。嘉靖三十五年(1556)的进士，授职为行人，升任御史。历任京郊、淮、扬地区巡按，纠正过失雷厉风行。隆庆年间，升任大理丞。因为曾经弹劾高拱，高拱的门生给事中程文诬陷并弹劾孙丕扬，他被罢官等候审查。高拱被罢免后，事情弄明白了，他又官复原职。

万历元年(1573)他升任右佥都御史，巡抚保定各府。因为严格治政，属官都惴惴不安。巡视关隘，增设了三百多所敌楼，修筑了一万多丈的边防墙。论功绩，历任右副都御史。宦官冯保的家在京城，张居正吩咐替他修建住宅，孙丕扬拒不理睬。知道冯、张两人会发怒，万历五年春天他称病回乡了。

当年冬天考核京官，言官们迎合张居正而弹劾他。诏令他起用官职时，调至南京听用。巡按陕西的御史，知道冯保等人不满，暗中示意西安知府罗织他的罪名。知府派小吏答复御史，不料小吏被老虎吃了，等到再做答复，而张居正已经死亡，事情才作罢。他出任应天府尹。受任为大理寺卿，升任户部右侍郎。