，贬斥了科道钱梦皋等十人，神宗下特旨留用他们。此时孙丕扬也上奏罢免他们，群情大快。

孙丕扬以白首之躯回朝视事，不举荐贤明无以报效国家。先后推举隐居的贤人，像沈鲤、吕坤、郭正域、丘度、蔡悉、顾宪成、赵南、邹元标、冯从吾、于玉立、高攀龙、刘元珍、庞时雍、姜士昌、范涞、欧阳东风等人。神宗一向不录用旧臣，全部没有批复。孙丕扬又请求起用前任御史钱一本等十三人，前任给事中钟羽正等十五人，也答复作罢。孙丕扬虽然年迈，神宗看重他老练清廉，对他眷念更深。然而孙丕扬不断请求离去，上奏二十多次，得不到批准，就在第二年二月上奏之后径直回乡。叶向高听说了，急忙上奏神宗。神宗下诏令他乘驿车，并派有司问候。不久孙丕扬上奏答谢，趁势陈述四件时政，神宗又下优诏答复他。他在家居住两年后去世，享年八十三岁，赠封为太保。天启初年，追赠谥号恭介。

杨时乔，字宜迁，上饶人。嘉靖四十四年(1565)的进士。授职为工部主事。在杭州征专卖税，命令商人自己报告收入，向有司交税，不做干预。隆庆元年(1567)冬天，上奏时政的要务，称：“有三件事应当慎重：每天勤于朝讲是培养品德的要务，亲自裁决奏章是发出指令的要务，听取劝谏能够做出判断是谋划事情的要务。有九大弊端：对国体的治理松弛懈怠，多次变更法令，赏罚没有规章，开支浩繁，滥卖官职、庄田，骚扰百姓，习俗侈靡，士气低落软弱，议论空虚。三种现象趋于严重：宦官、寺庙难以控制，宗族的俸禄难以继续，边防难以振兴。”奏疏呈入，朝廷褒扬并采纳了，朝廷内外传诵一时。

他升任礼部员外郎，调任南京尚宝丞。万历初年，他以安葬亲人而离职。丧服解除，出任南京太仆丞，又调任尚宝司，称病回乡。杨时乔一向无意荣升，一再起用一再告退。过了十七年才被推荐担任尚宝卿，四次调任后升南京太常卿。上奏请求讨论建文帝的谥号，祭祀去世的有气节的大臣。调任通政使。任期满后，他接连上奏请求退休，神宗不允许。

万历三十一年(1603)，他被召见委任为吏部左侍郎。当时李戴已经辞官，杨时乔上任就负责部中事务。杜绝拜访，推辞交游，住宿在办公地，行贿者到不了他的门庭。等到全面考核京官、朝官时，首辅沈一贯想庇护他的私交，顾忌杨时乔清正，准备指派兵部尚书萧大亨主持，次辅沈鲤不赞同就终止了。杨时乔与都御史温纯积极清除内阁的亲信，像给事中钱梦皋；御史张似渠、于永清等人，都在纠察之列，又以年例的名义将给事中钟兆斗调出京城。沈一贯很恼恨，暗中劝说神宗，扣留了考核的奏章不下发。钱梦皋也借助楚王的事情再度攻击郭正域，称主持考核的人受郭正域驱使。皇帝果然心动，特意留用钱梦皋；此后，将被纠察的科道全部留用，并且下严旨责备杨时乔等人。杨时乔等人惶恐地上奏辩解，请求罢免，神宗不予追究。钱梦皋被留用，就与钟兆斗多次上奏攻击温纯，并且触及杨时乔，杨时乔请求离去。不久员外郎贺灿然请求贬斥被纠察的科道，也抨击温纯擅权争斗，唯独称赞杨时乔。又称“陛下亲自处事英明果断，不是内阁大臣能暗中愚弄的”，意思大概是为沈一贯解脱。杨时乔因为与温纯共事，又上奏请求贬官，神宗没有答复。等到温纯离去，钱梦皋、钟兆斗也引退了。神宗又降旨责备，称“先祖也时常留用被纠察的科道，为什么现在怀疑君主，诬蔑辅臣”趁机责备各位大臣结帮入伙，命令杨时乔尽心尽职，将贺灿然和刘元珍、庞时雍等人全部贬职。杨时乔叹息道：“主持纠察的人被驱逐，提议纠察的也如鼠窜，还有脸面在此吗？”他多次上奏称病，最终未获批准。当时朝廷内外空缺很多，官职还没有补充人，而且大臣们探亲养病请假，以及劝谏而被连累遭遣送的人，遍布乡间，都得不到召见。杨时乔就开列了三百多人的名单，多次上奏请求录用。三十四年，皇长孙出世，神宗下诏起用罢官的人，杨时乔又列举受降职的邹元标等九十六人，被剥夺官籍的范俊等一百一十人，神宗最终没有理会。

第二年全面考核京城外的官吏。杨时乔已经与副都御史詹沂接受任务，过了几天，神宗忽然命令户部尚书赵世卿代替杨时乔，于是中途放弃。大概去年冬天所批复的考核报告，现在误发了。辅臣朱赓称不成体统，马上告诉了神宗。皇帝也发觉了错误，当天收回报告。杨时乔坚决推辞不肯上任，吏科陈治则弹劾他有怨愤不合大臣的礼仪。神宗下旨责备，杨时乔才又负责事务。永年伯王栋去世，他的儿子王明辅请求世袭。杨时乔认为外戚不应当传承封爵，坚持争辩，皇帝不听。当时沈一贯已经被罢免，言路争相攻击他的党羽。但是李廷机是沈一贯教导的门生，内阁大臣空缺，众人都推举他，只有给事中曹子汴、宋一韩，御史陈宗契坚持不同意。杨时乔最终遵从了众人的意见。不久，又推举黄汝良、全天叙担任侍郎，那些攻击沈一贯的人更加不高兴。给事中王元翰、胡忻便接连弹劾杨时乔，杨时乔上奏辩解，极力请求罢职。