保持一支不超过两万人的军队，军队驻防的具体地点没有规定。条约规定，在一旦遇到对立陶宛构成侵略威胁，或通过立陶宛领土对苏联构成侵略威胁时，双方再共同协商。这项条约的期限为十五年，不同于爱沙尼亚和拉脱维亚条约的期限为十年。在其他方面，这一条约和上述两个条约完全相同。同样，也包括一项商业协定，期望大幅度增加缔约双方之间的贸易额。

10月下半月，红军和俄国空军在这三个国家驻扎下来，从而对东普鲁士与芬兰湾之间波罗的海沿岸有效的陆、海军控制得到了保证。列宁格勒往南的通道，在十月**以后曾一度受到尤登尼奇将军和别尔蒙特-阿瓦洛夫的白俄军队的威胁，这时排除了潜在的侵略。有谣言说，正在计划建造一道针对东普鲁士的“马其诺防线”——援引当时的术语。

苏联的行动首先是根据战略考虑确定的。这与1939年夏天斯大林对英、法政府的要求是一致的，而据丘吉尔回忆，高尔察克海军上将的白俄政府在1920年也曾坚决认为，在波罗的海国家的基地对于保卫俄国首都是必要的。苏联在此事发生后不久，伏罗希洛夫元帅在庆祝11月**节的集会上对武装部队的讲话中声称，俄**队驻在拉脱维亚、立陶宛、爱沙尼亚是为了这些国家的安全，也是为了苏联的安全，而不是去干涉波罗的海国家的内政。

当时莫斯科的政治意图究竟是什么？舒伦堡于1939年10月3日发出的一份电报中，在谈到把立陶宛的那条狭长地带转让给德国一事时，建议这一行动应推迟到“苏联实际并吞了立陶宛之后…；关于立陶宛的安排，原先是根据这个主意作出的”舒伦堡的话是很有意思的。但是，把波罗的海国家并入苏联的主意，是否就是苏联统治者当时的主要考虑，值得怀疑。看来，更可能的是他们考虑到军事方面。固然，莫洛托夫与门特斯谈判时提到了彼得大帝。但是，以其“惊人的军事知识和记忆数字的本领”而给门特斯留下印象的斯大林，考虑得更周到，话也说得更直言不讳。他在谈到英国“企图”把瑞典卷入战争时，就预言战争将是长期的，而且牵涉面甚广，尽管此时正是闪电战在波兰迅速得到成功的日子。考虑到自己国家的形势，他说：“在国家社会主义与**之间始终存在差别。”接下来，他的话变得更为清楚明确。他说，德国进攻波罗的海同家是可能的。在历史的进程中“一个意想不到的变化发生了，但是不能因此而有恃无恐。我们必须及时作好准备。谁要是无所准备，就得为此付出代价。”

此时苏联政府心目中的头等大事，看来是安全，而不是扩张。然而，由于考虑到与德国新建的友谊，苏联把它在波罗的海地区的行动暂时解释为防备英国可能采取行动的对策，同时仍然强调尊重波罗的海国家的主权。莫洛托夫在10月31日的讲话中说：“所有…关于波罗的海国家将实行苏维埃化的胡言乱语，只能有利于我们的共同敌人，有利于一切反苏的煽动者。”

可是，这种新的友谊并未驱散莫斯科的疑虑。德国向芬兰湾和波罗的海沿岸派出几艘海军舰艇以控制商船运输的计划，引起了极大的关注。根据与德国达成的谅解，这一地区划入苏联的利益范围，苏联在这里有着重要的战略利益。此外，这一军事行动也可以认为是德国亲芬兰的表示。莫洛托夫要求德国，把针对商船运输的战事——尽管这场战事是合乎需要的——限制在波罗的海瑞典海岸的一边。柏林答应照办。

因而，直到那时为止，波罗的海国家还没有明显的要被并入苏联的威胁。但是时代的症候是清楚明白的。纳粹德国与苏联之间的冲突，象老虎钳一样把波罗的海国家夹在中间。寄托于苏德协定而幸存的希望，就和这个协定本身一样虚幻。当这一时刻终于降临到爱沙尼亚和拉脱维亚头上时，它们在1939年5月31日与德国缔结的条约便全然失效。当苏联对它们提出要求时，它们没有从德国得到丝毫支援。至于立陶宛，德国作了一个软弱元力的表示。但是，波罗的海各国政府的代表必须去莫斯科，在莫斯科决定了波罗的海国家的命运。(立陶宛外交部长乌尔布希斯谈起在莫斯科的经历时说)讨论是在友好的气氛中进行的，没有任何牵制和约束。只是在讨论快结束时，斯大林和莫洛托夫表现出有些不耐烦。拉脱维亚总理门特斯讲到他自己在莫斯科的会谈时说：“既没有草率从事，也没有威胁恫吓。”可是，除了签字，也别无选择。