爱沙尼亚或是拉脱维亚更加热烈地欢迎过苏联军队。5月28日，俄国人指控说，红军战士遭到了秘密绑架，声称其中有一人被枪杀了。立陶宛建议组成混合委员会进行调查，遭到拒绝。因此，考纳斯主动下令进行令案调查。许多人被逮捕了；在有些情况下，立陶宛居民从苏联军队驻扎的地区被遣送到其他地方。但是，这样做还不够。立陶宛总理梅尔基斯不得不到莫斯科去见莫洛托夫。莫洛托夫历数波罗的海三国参谋长频繁会晤以及三国政治家多次会商的事实，断言波罗的海国家之间有一个秘密军事同盟。梅尔基斯坚决否认此事。在他看来，谈话的口气是要说明他应当发表一个声明，以消除对方的疑虑。为此，他在6月12日回国后，就发表了一个声明。

接着，暴风雨袭来了。6月14日梅尔基斯和外交部长乌尔布希斯再次去莫斯科，这次是去接受一份最后通碟，其要求为：第一，立陶宛内政部长斯库恰斯和保安警察总监波韦拉伊特斯由于同这些事件有牵连，应当交付审判；第二，应当建立一个能够并且愿意履行互助条约的新政府；最后，应当允许苏联军队进驻该国各个重要中心，其数量足以保证条约受到尊重。限期第二天上午10时以前作出答复。答复如期收到。几小时后，立陶宛政府辞职。苏联坦克已在隆隆声中开过边界。根据斯梅托纳总统的命令，立陶宛军队向德国寻求避难所。许多政治家和高级官员包括总统本人也采取了同样行动。避难的立陶宛军队获准进入德国，同时被解除了武装。政治家则由里宾特洛甫授命秘密警察殷勤接待。此外，德国人把这些逃亡的情况也告诉了莫斯科。莫洛托夫讥讽说，这显然由于边界防守不严。如果对方要求的话，他的政府愿意帮助立陶宛政府执行这项防守任务。无疑，莫斯科是提供了这一帮助。

两天以后，苏联向爱沙尼亚和拉脱维亚提出了类似的要求。最后通碟的内容援引了同立陶宛总理梅尔基斯的谈话，作为消息的来源，这些消息使苏联政府相信，这两个国家之间的军事同盟是针对苏联的，这个同盟没有受到谴责，而且立陶宛也加入了这个同盟。最后通牒硬说1939年12月和1940年3月波罗的海三国的政治家曾两次举行秘密会议，说三国参谋总部之间接触频繁，说这个军事同盟有一种专门的机关刊物《波罗的海评论》正在塔林发行。最后通牒声称，这些活动违背了三国与苏联缔结的互助条约，因为按照条约规定，缔约各国不得参加任何针对苏联的联盟。

苏联给爱沙尼亚和拉脱维亚驻莫斯科公使的照会指望在六小时内答复。在递交照会以前并未通过外交途径交换意见，但是爱沙尼亚人和拉脱维亚人知道，苏联即将提出要求。苏联军队集结的报告已从边界发来。他们匆勿考虑之后，接受了苏联的条款。苏联军队开进来了；苏联军舰停泊在里加港外。

为了指导当地居民实现苏联要求他们进行的改革，莫斯科派出了特使分赴三国首都。杰卡诺佐夫，当时的副外交人民委员，奉命去考纳斯；不久以前曾被任命为苏联人民委员会副主席的维辛斯基出访里加；而日丹诺夫，三人中最重要的一个，则赴塔林。选择地位这么高的苏联党和政府官员前去，表明了他们任务的重要性。

他们的任务执行了几个星期。在他们的指导下，组成了新政府。爱沙尼亚总统帕埃茨和拉脱维亚总统乌尔马尼斯起初都拒绝批准新上台的政府，但由于**组织了骚乱，而被迫同意了。三个新政府都由中间人士和一些社会党人以及许多亲苏的知识分子组成。诗人约翰内斯？瓦雷斯-巴巴勒斯成了爱沙尼亚的新总理；细菌学家、拉脱维亚-苏联文化交流协会副主席奥古斯特？基尔亨斯泰因斯教授担任拉脱维亚的新总理；乌斯塔斯？帕拉埃茨基斯是立陶宛政府的新首脑，副总理是斯拉夫语文学教授、立陶宛-苏联文化交流协会副主席克雷韦-米茨凯维奇乌斯。三个政府中都没有**人。但多年来在波罗的海国家处于非法地位的**很快就得到了合法地位，不久以后，就有一些**人担任了政府的重要职务。有秩序的亲苏游行受到了鼓励；占领工厂的企图受到了压制——这种事在俄国已经完全过时了。宣布了对政治犯实行大赦。报刊、广播和通讯事业都受苏联控制。