战后，岛原、天草几乎成了无人区，幕府只好叫很多赞岐（香川县）的农民迁到这里。 幕府认为“岛原之”是教徒造反，决定彻底禁教。第二年的1639年，禁止牙船来航；2年后，又将荷兰商馆迁至长崎，禁止外国船员和日本人来往，从而，开始了长达260年的锁国政策。此期间，除荷兰、中国、朝鲜船外，和世界其他各国完全断绝了往来。

接替有直纯来岛原当领主的是丰后守松仓重政，此人是个筑城名人，到此地当然不满意日野江城，于是大兴土木要钱要工。这样，岛原人民受的是双重苦难——信教不准，还要无休止地钱工。不愿弃教者不仅遭到汤浇、火烧、投大海，而且，还被丢云仙温泉硫磺火山活活熏死。不仅如此，租税也极其苛刻，一棵烟草，收获烟叶的一半要上缴；的茄要预计结几个果，有时收成不好，收获的东西要全上缴。

有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之”就在这禁教锁国的背景下爆发了。

新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、之间矛盾重重，前者因此在家康面前大谗言，

“我们只要放风声，说明廷有意夺取长崎，德川家光必定不会坐视不理，荷兰人跟明廷更是矛盾重重，如何学会运用对手的矛盾，这才是最为厉害的地方，汉人的孙兵法不是说上兵伐谋？我们现在和明廷在朝鲜是僵持着的，谁这个时候来，都会改变战争的平衡，谁会不动心？”皇太极自信的看着日本的方向。

日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的岛建造商馆，而不得踏日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。

从此宗教迫害扩大为贸易限制，牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即死。

农民，利用信仰的力量有组织、大规模地反抗幕府封建政权，而且是在一个16岁少年的统帅下，这可谓农民起义史上的奇迹。

说天主教传教士乃是妄图将日本变成民地的西、国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，而看到很多九州诸侯通过与西、等国通商获得了大批资和武，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。

正当人们已经没有任何生机的时候，一个传说在岛原、天草不胫而走。原来1614年左右，一个神父在被迫离开日本时曾预言：“25年后当现一位天童，是上帝再世，通教义，谙法，他一定会拯救你们。”后来现了一个人，他就是天草岛小西家武士益田好次的儿四郎时贞，年方16岁。苦难中的人们成千上万地聚集在他的周围，形成了一大的力量。

多尔衮“臣弟明白了，皇上放心，臣弟上安排下去。”(未完待续。。)

，将有晴信了死刑。不过，因为有晴信之有直纯从小在德川家康边长大，又娶了德川家康曾孙女为妻，所以德川家康叫有直纯继承了其父的4万石俸禄去当岛原领主。受若惊、激涕零的有直纯，虽然也是个教徒，但为报答德川家康厚，毅然退教，发誓要将天主、基督斩草除。岛原教徒从这时起便开始了劫难。有直纯大开杀戒，将不愿弃教者活活烧死，并叫其他教徒现场观看。可结果不怕死的教徒反而更增加了勇气。幕府看有直纯治不了教徒，便把他调到日向（崎县），但他的很多下不愿离开故乡，宁可落魄为狼人、百姓，这分人后来反倒成了义军的力量。