则负责南洋地区的管理，由南洋舰队负责支援与配合。西洋战区司令部负责西洋地区的军事管理，主要由西洋舰队配合。大西洋战区司令部则负责大西洋战区的管理，由大西洋舰队配合（后来也分成了南大西洋与北大西洋两大战区）。

可以看得出来，这五大舰队与五大战区实际上是基本上重合的，都有所归属的舰队，以及所管理的地区。而且，从整套机构来说，战区司令部，其实就已经具备了一定的行政职能，其管理权，在很多时候，其实体现的是帝国中央政府的行政管理，而不是军事管理。虽然这套管理体系稍微显得有点复杂，不过对于当时的帝国海军所担任的角色来讲，这却是非常有必要的，而且到了数百年之后，战区体系，以及舰队体系已经成为了明帝国对海外地区统治的标准方式，并且以此强化了帝国海军在海外作战方面的强大优势！

为了增强帝国海军的这一优势，朱祁钰还在五大舰队司令部下面，单独设置了五大陆战队司令部兰从指挥权限上讲，陆战队司令部是隶属于舰队司令部的，一般的情况下，陆战队的司令官都将担任舰队副司令，并且负责全权指挥远洋地区的地面作战行动。而这一配制，也极大地增强了海军在远洋地区的作战能力，并且在很大的程度上摆脱了对陆军的依赖性。除了大规模的全面战争之外，海军完全可以利用陆战队与舰队应付各种规模的冲突，而让陆军没有插手的机会！

除了陆战队司令部之外，在各大舰队还分别设置了后勤保障司令部，同时在海军司令部下也设了相应的机构。这也是海军的另外一大特点。陆军的后勤保障是集体调配的，往往要集中所有的后勤部队来保障一个重要方向上的作战行动。相反，海军的后勤保障部队是属于各个舰队单独调配的，并且能够在该舰队的方向上为舰队作战提供足够的支持。当然，也因为各大舰队所行动的区域离帝国本土的距离，或者是离后勤物资储备地点的远近，而配属了不同数量的运输船队。另外，海军司令部下属的后勤保障司令部则负责向各大战区运送作战物资，以此形成了两级后勤保障体系，以求尽量减少运输船只，尽量合理地使用运输船只！

朱祁钰为了建立起这一整套的海军体系，花费了巨大的功夫。这也完全体现出了海军的侧重点。与陆军不同，陆军往往是以卫戍为主的，特别是在大规模战争结束之后，陆军军团的卫戍任务是非常重要的。相反，海军因为其作战行动的特殊性，所以其卫戍任务并不是最重要的，其根本仍然是作战行动。也正是如此，所以海军在整体编制方面都侧重于作战行动，一切都以发挥海军舰队，以及陆战队的战斗力为主！