在帝国海军司令之下，有两并行的机构。一是五大舰队司令（后来新成立了西洋舰队，以及大西洋舰队），二是五大战区司令。而从质上讲，舰队司令是负责作战任务的，而战区司令则类似于国防质的文职机构。

当然，帝国海军学院招收的第一批学员都是手，或者是航海世家的弟。这些人都是在海洋上生活的，他们对海军的理解，要比普通的帝国百姓刻得多。也正是这个原因，这些人后来几乎都成为了帝国海军的中力量，其中不少人成为了将军。可以说，在朱祁钰时代的后几十年之中，这批学员就是帝国海军最为主要的力量，是帝国海军中最大的所在，也是帝国海军能够发展壮大，能够与帝国陆军平起平坐的基础！

五大舰队司令分别是北洋舰队司令，东洋舰队司令，南洋舰队司令。西洋舰队司令，以及大西洋舰队司令，分别下辖各自的舰队。这其中，北洋舰队的主要任务就是负责帝国本土周围的安全，并且理日本地区的海上事务，负责防范日本构成的海上威胁。东洋舰队负责东洋（大东洋，即关岛以东海域）地区的作战行动。南洋舰队负责南洋，以及大南洋（澳洲附近海域）的作战行动。西洋舰队负责西洋地区的作战行动。大西洋舰队则负责大西洋地区的作战行动（后来分成南大西洋舰队与北大西洋舰队，因此五大舰队实际上成为了六大舰队）。

成立了帝国海军学院之后，朱祁钰为帝国海军改革制订好了一完整的远景规划。而直到十多年之后，这一改革方案才最终完成，并且从此奠定了帝国海军在理对外战争中的决定地位，特别是在为帝国开拓海外疆土的行动中，成为了决定的力量。

五大战区司令与舰队司令有着一定的差别。其中，本土战区司令主要负责统辖北洋舰队，负责关岛以西，吕宋群岛以北，一直到帝国附近的所有海域的理工作，实际行动中，与北洋舰队，以及东洋舰队合。大东洋战区司令则负责关岛以东，直到州大陆整个大东洋海域的理，主要于东洋舰队合。南洋战区司令

帝国海军学院的第一个任务，就是为帝国海军培训优秀的基层军官。为了表示对帝国海军的重视，并且唤起国人对海军与海洋的重视，朱祁钰亲自担任了第一任校长，并且每个月都会三天的时间，专门为学院的年轻预备役军官（这是后来制定的新政策，所有军事学院的学员都是预备役军官，由预备役司令负责理，最后，连军事学院都直接划到了预备役司令之下）讲授海战的战术与技巧，并且化这些学员对海洋利益的重视与认识！

在新的制中，帝国海军成立了单独的海军司令，这与帝国总参谋（当时，总参谋主要负责陆军作战任务。直到朱祁钰时代之后，才成立了单独的陆军司令，总参谋升级成为了帝国军队的总司令）是并行的机构。而且，帝国海军司令只需要向帝国皇帝负责，而且不受到国内的限制（这也是一个很特殊的地方，当时帝国国防也主要只是负责陆军的事情。因为海军的特殊，国防是在数十年之后，才开始理海军的。而这期间，国防甚至分成了陆军与海军两大门）。显然，从海军司令的地位上就能看来，朱祁钰对海军是极为重视的，为了让海军得到更多的发展机会，他甚至不惜给予海军极大的特权！

成立帝国海军学院，在当时并没有引起太多人的重视，不过作为后来帝国中级军官两大院校（后来，帝国军事学院中分了帝国陆军学院，与帝国海军学院并立）的这所学院，注定了不会默默无闻的。

以侧重海军军官培训的军事化院校！