我明天要回宁远了。贵镇身当国家海外重寄，请受我一拜。”说着下拜，毛文龙跪下还礼。大家上山后，袁的亲信参将谢尚政指挥各营士兵布成一个大围。毛文龙和随从官员百余名在围内，将毛部兵丁都隔在围外。

袁崇焕问起毛文龙手下将官的姓名，居然大多数姓毛。袁崇焕觉得奇怪。毛文龙说：“他们都是我的义孙。”⑦袁崇焕笑了起来，跟着对毛部众将说道：“你们在海外辛苦，兵士每个月只有五斗米的粮，甚至家中几口人都分食此粮，想起来令人痛心。请大家受我一拜，感谢你们为国家尽力，以后大家不必担心没有粮饷。”当即下拜。众将磕头答礼，甚是感动。

袁崇焕随即提出几件事来责问毛文龙，毛文龙抗辩。袁崇焕不客气了，斥责道：“本部院披肝沥胆，与你说了三日，只道你回头是岸，也还不迟。哪晓得你狼子野心，总是一片欺诳到底。你目中没有本部院，那也罢了。方今圣天子英武天纵，国法岂容得你？”命人除下他衣冠，绑了起来。毛文龙的态度仍是十分倔强，自称无罪有功。

袁崇焕厉声道：“你道本部院是个书生，瞧我不起。本部院却是能管将官之人。你说没有罪么？你犯了十二大罪，我数给你听：

“一、明朝的制度，大将在外，必由文臣监督，你专制一方，军马钱粮不肯受核。二、杀戮降人难民，谎报冒功，说杀的是清兵。三、宣称如果南下，取登州和南京犹如反掌。四、每岁饷银数十万，但发给兵士的粮饷每月只有三斗半，侵盗军粮。五、在皮岛开马市，擅自与外国贸易。六、部将数千名都冒称姓毛，擅自封官。七、败退时剽掠商船。八、你自己强抢良家妇女，部下效尤。九、驱策难民到辽东去偷挖人参，不肯去的就不发粮食，让他们大批在岛上饿死。十、将大量金银送去京师贿赂，拜魏忠贤为义父，在岛上替魏忠贤塑像。十一、铁山一仗，大败丧师，却报称有功。十二、设立军区已达八年，不能恢复寸土，观望养敌。”

这十二条罪状数了出来，毛文龙魂不附体，只有叩头求饶。

袁崇焕问毛的部将：“毛文龙该斩么？”诸将都吓得不敢作声。有人说毛文龙这些年来虽无功劳，但也辛苦出力。袁崇焕叱道：“毛文龙本来只不过是个寻常百姓，现今官居极品，满门封荫，已足够酬答他的辛劳了，为甚么他还这样悖逆？”于是向着北京叩头，宣称：“臣今天诛毛文龙以整肃军纪，诸将中若有行为如毛文龙的，也一概处决。臣如不能成功，请皇上也像诛毛文龙一样的处决臣！”请出尚方剑来，命旗牌官将毛文龙在帐前斩决，向毛文龙部属谕示：“只诛毛文龙一人，其余各人一概无罪。”毛文龙麾下将士无一敢动。袁崇焕命人收殓毛文龙，次日开吊拜奠，说：“昨日斩你，是为了朝廷大法。今日祭你，是为了僚友私情。”

随即将毛部分为四队，派毛文龙的儿子毛承禄、副将陈继盛等四人分领，犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。

崇祯得讯，大吃一惊，非常不以为然。但想毛文龙已经死了，目前又正倚赖袁崇焕尽力，只得下旨嘉奖他一番，又下旨公布毛文龙的罪状，逮捕毛文龙的驻京办事处主任，以安袁崇焕之心。