继位嗣后的大统，只有长安侯刘祜质性忠孝，小心谨慎，能通《诗》、《论》，笃学乐古、仁惠爱下，很是合适。现年已十三岁，有成人一般的志气。亲民明德传宗接代，没有比刘祜再好的。《礼记》说：‘兄弟之子犹如是自己的儿子’；《春秋》之义，出继于人就是他的儿子，不受父亲之命而受祖父之命。应以祜为孝和皇帝的后嗣，继承祖宗，合乎礼仪标准。”又下策书说：“延平元年(106)秋八月初八，皇太后说：‘咨！长安侯刘祜：孝和皇帝懿德巍巍，光照四海；新逝世的天子，寿命太短。我想到你长安侯，是孝章帝世嫡皇孙，谦恭慈顺，幼年就很勤勉，适宜于奉祀郊庙，继承帝业。今以长安侯为孝和皇帝后嗣。应慎重统治汉家天下，诚信地执掌中庸之道。‘一人有庆，万民赖之。’皇帝应好好勉励啊！”读完策书，太尉奉上御玺，刘祜就继皇帝位，年十三。太后仍临朝听政。九月二十六日，拜谒高庙。二十七日，拜谒光武庙。六州发大水。己未，派谒者分别考察虚实，报告灾害，赈济匮乏断粮的贫民。丙寅，葬孝殇皇帝于康陵。乙亥，陈留陨石。西域诸外族叛变，攻打都护任尚，派副校尉梁忄堇援救任尚，把外族打败。冬十月，四州发大水，下冰雹。诏令因宿麦不能下种，赈济赏赐贫人。十二月二十一日，清河王逝世，派司空持符节吊祭，车骑将军邓骘维护丧事。乙酉，罢去鱼龙曼延百戏。

永初元年(107)春正月初一，大赦天下。蜀郡边外羌人归附内属。初六，分出犍为南部为属国都尉。以仓廪储粮贷给司隶、兖、豫、徐、冀、并州贫民。二月初四，将广成游乐打猎的地方及遭灾郡国公田借予贫民。二十五日，分清河国封帝弟刘常保为广川王。二十八日，司徒梁鲔逝世。三月初二，日蚀。诏令公卿内外众官、郡国守相，举荐贤良方正有道术的士人，明政术、达古今、能直言极谏的各一人。初七，永昌边外僬侥种夷人纳贡内属。十二日，葬清河孝王，赠龙旗、虎贲。夏五月初三，任长乐卫尉鲁恭为司徒。初六，诏封北海王刘睦孙寿光侯刘普为北海王。九真边外夜郎蛮夷举土内属。六月初八，封皇太后母阴氏为新野君。十七日，河东地陷。二十二日，罢西域都护。先零种羌叛变，切断陇道，大事寇掠，派车骑将军邓骘、征西校尉任尚去讨伐，二十七日，赦免诸羌人相互勾结阴谋叛逆的罪恶。秋九月初一，诏令三公重申旧令，禁奢侈，毋作浮夸奇巧的冥物，耗费资财从事厚葬。这天，太尉徐防免职。初二，司空尹勤免职。初四，调运扬州等五郡租米，供给东郡、济阴、陈留、梁国、下邳、山阳。初八，诏令说：“从现在开始，长吏被考问完了却未断决，如果不是父母丧事无故去职的，官吏多的县十年以后、一般的县五年以后，才能依次任用。”十三日，诏令太仆、少府减去黄门鼓吹，用来补羽林士，厩马不是乘舆经常御用的，都减半食；凡造作器物，不是供宗庙园陵用的，一律暂时停止。十七日，诏令死罪以下及逃亡的可以赎罪，分别赎物不等。二十一日，任太傅张禹为太尉，太常周章为司空。冬十月，倭国派使者进贡。二十三日，新城山泉水大出。十一月十九日，司空周章密谋废立，被策书免职，自杀。二十日，命令司隶校尉、冀并二州刺史说“：居民因谣言互相惊扰，离开自己的旧居，扶老携幼，穷困潦倒。应各告诫所属长吏，亲自去对居民加以说明，不要上当。如果有要回本郡的，当地政府发给证明文件；不想回去的，就不要勉强。”十二月十八日，任颍川太守张敏为司空。这年，郡国十八处地震，四十一处雨水，有的山水暴至，二十八处大风、下冰雹。

二年(108)春正月，以仓廪储粮赈济河南、下邳、东莱，河内贫民。车骑将军邓骘在冀县西被种羌所打败。二月二十九日，派光禄大夫樊准、吕仓分别视察冀、兖二州，以仓廪储粮赈济流民。夏四月十九日，汉阳城中火灾，烧杀三千五百七十人。五月，天旱。初一，皇太后到洛阳寺及若卢狱，审查记录囚徒，赏赐河南尹、廷尉、卿及官属以下各分别不等，当天下了雨。六月，京师及郡国四十处大水、大风、下冰雹。秋七月初四，诏令说：“从前的帝王，秉承天命治理人民，没有不掌握天文仪器，了解日月五星的变化的，我以薄德之身，总理一国大业，阴阳不调，变异时见，万民饥寒流离，羌貊叛逆。日夜反省，忧心忡忡。近来命令公卿郡国举荐贤良方正，远求博选，打开不忌讳敢直谏的局面，希望得到上好的谋略，以匡不逮。但得到的只是一些飘浮的虚词，没有卓识远见。今着令百官及郡国吏人，凡有道术研究灾异阴阳、通晓天文律令的，叫他们指明问题的所在。二千石长吏明白说明诏书，广泛的引用幽深隐晦，我将亲自听取意见，给以优待，总的是想得到好的计谋，以接受上天的警告。”闰七月初七，广川王刘常保逝世，无子，撤除封国。癸未，蜀郡边外羌人全部内属。九月初七，诏令王国官属墨绶下至郎、谒者，经书奥义明晓者任博士，居乡里有清廉孝顺的好名声，才能胜任治理民众的，国相每年造册备文，与计吏一同上报尚书，公府通选，以便外补官员。冬十月二十八日，以仓廪储粮赈济济阴、山阳、玄菟贫民。