由杜黑蠡率领急攻垒东。司空主簿萧惠朗数百人突破防守，冲入束门，叫喊着来到堂下，城上守门士兵纷纷后退。太祖挺身上马，率数百人出战，贼兵都拿着盾牌前进，相距数丈，分兵从两旁射击。太祖拉满弓准备发射，左右将戴仲绪举着盾牌掩护他。太祖的箭随手而发，箭箭命中，杀伤百余人。贼兵拼死战斗不能抵挡，便退却了。众军重新得以保住城池，与杜黑蠡相持交战，从傍晚到天明，箭石不停。这天夜裹下大雨，鼓声叫声都不能听见，将士连日不得食宿，军中马匹夜裹惊动，在城内乱跑。太祖手持蜡烛端坐，厉声呵斥制止，像这样先后数次。

贼帅丁文豪设下埋伏，在阜荚桥击破官军，一直进到朱雀桁。刘劭想要断开浮桥，王道隆不从命，里恸和王道隆都战死了。起初，塑励想表示自己心意清高，寄情于建造园林宅舍，取名叫“东山”，不想勤于世俗事务。太祖对他说：“将军受先帝遣诏之重托，兼任朝廷内外事务。皇上年纪不大，诸王又都是幼童。上流社会的议论，远近传闻。这正是将军艰难之，可将军却深深地崇尚名士的从容闲雅，废削减省自己的势力。一旦遇到事情，虽然后悔又怎么来得及。”刘励终究没有采纳。贼兵推进到杜姥宅，车骑典签茅恬打开东府放进贼兵，冠军将军沈怀明在石头城逃散，张永溃败于白下，宫内传说新亭也已失陷，太后抓着苍梧王的手哭道：“天下完了!”太祖派军中将领陈显达、任农夫、张敬儿、周盘龙等，从石头城渡过济淮，走小路从承明门进入宫城保卫。

刘休范已死，典签注公里却诈称刘体箠在逝台，士庶惶恐不安，来到营垒投递名帖的以千计。太祖得到名帖随即烧掉，于是他列兵登上城北，对那些人说：“刘体面父子前日都已被杀死，尸首在南冈下，我是萧平南，诸位请看清楚!你们的名帖都已烧毁，不必害怕。”朝廷分派众军攻打杜姥宅、宣阳门等处的贼兵，将他们全部击败平定。太祖整顿军队凯旋而归，百姓沿着街道围观，说道：“保全国家的人，就是此公。”

太祖与袁粲、褚渊、刘秉要求引咎解职，没有批准。太祖升任散骑常侍、中领军、都督南兖徐兖青冀五州军事、镇军将军、南兖州刺史，持节一职仍旧保留。进爵位为公，增加食邑二千户。太祖想把自己的功劳分给别人，请求增加袁粲等人的食邑户数。太祖与袁粲、褚渊、刘秉轮流在朝廷值班处理政事，号称为“四贵”秦时有太后、穣侯、泾阳、高陵君，称为“四贵”，到这时又有这一称呼。四年，加封太祖为尚书左仆射，原来的官职仍旧保留。

刘休范平定后，苍梧王渐残暴，南徐州刺史建平王刘景素年轻时就有好名声，朝廷内外人心都向着他。刘景素也私下马保全自己考虑，向太祖表示忠诚心意，太祖推拒而不接受。七月，羽林监袁祗投奔刘景素，刘景素就起兵反叛。太祖出兵驻守玄武湖，派遣众军北上讨伐，事件平息后才回师。太祖威名已重，苍梧王对他深为猜忌，差一点就要把大祸加到他头上。陈太妃骂苍梧王道：“萧道成有功于国家，今天如果害死他，以后谁还再为你出力？”于是作罢。

太祖密谋废黜苍梧王另立皇帝。元徽五年七月戊子，苍梧王着便装自北湖出行，经常单独骑马在前边跑，随行的仪仗、禁卫部队跟在后边追赶他。在塘堤上相互践踏，随从张互儿的马坠入湖中。苍扰王发怒，把那匹马牵到光旦堕前，亲自驰马刺杀它，于是大家一起屠杀分割，和左右作差趋歌舞为乐。又在蛮冈赌跳。将近傍晚才回到仁寿殿东边的毡屋中睡觉。告诉身边的杨玉去：“等到织女星渡银河，报告我。”当时朝中刑杀无常，人人白危。杨玉夫与他的同党陈奉伯等二十五人合谋，在毡屋中拿干牛刀杀死苍梧王，假称皇上诏旨，叫下面奏演乐伎，趁机将苍梧王的首级带出去交给王敬则，王敬则转送给太祖。太祖夜裹从承明门乘着平常所骑的赤马进入禁宫。宫中的人十分惊恐，知道苍梧王已死后，才一齐高呼万岁。等到太祖登上帝位，便称这匹赤马为“龙骧将军”，世人称它为“龙骧赤”

第二天，太祖身着戎装走出大殿，到庭中槐树下，召集袁粲、褚渊、刘秉等共同商议。太祖对刘秉说：“你是国家宗亲，如今国家大事，当归属于你。”刘秉辞让不敢当。太祖接下来又谦让给袁粲，袁粲也不接受。太祖于是作出决定，备好皇帝的车驾到束城，迎立顺帝。于是以长刀遮挡袁粲、刘秉等人，使他们大惊失色地离去。甲午日，太祖移驻束府，与袁粲、褚渊、刘秉各带卫士五十人入殿。丙申曰，太祖进位侍中、司空、录尚书事、骠骑大将军，持节、都督、刺史职务仍旧保留，加封竟陵郡公，食邑五千户，赐给油幢络车，仪仗三十人。太祖坚决辞掉司空，就任骠骑大将军、开府仪同三司。庚戌曰，进位督南徐州刺史。封给杨玉夫等二十五人不同的爵位、食邑。十月戊辰，又进位督豫、司二州。

当初，荆州刺史沈攸之与太祖在景和年闾同在朝廷当值，结为好友，太祖把长女义兴公主嫁给沈攸之的第三子沈元和。沈攸之任职郢州时，正值宋明帝末年，他私下怀有异谋。自郢州迁任荆州，聚集兵力，将领官吏如有逃亡，就讨取相邻队伍的人作人质。饲养的马达二千多匹，都分给戍卫将士，让他们耕田收粮自用，官方的财物都存积在仓库裹。荆州作部每年奉送数千人的武器装备，沈攸之截留，账簿上是供征讨四山蛮所用。装造战舰数百千艘，沉到灵溪裹，钱财布帛器械积聚了很多，朝廷害怕他。高道庆家在华容，假藉回家路过江陵。高道庆一向马上功夫好，沈攸之与他设宴饮酒，二人在厅堂前较量马上使槊。高道庆的槊刺破了沈攸之的马鞍，沈攸之发怒，要找带刃的槊，高道庆驰马逃出。回到都城，诉说沈攸之反叛的情状，请求派三千人袭击他。朝廷商议顾虑这事难以成功，太祖又担保护持，不答应。太祖完成废立后，派遣沈攸之的儿子司徒左长史沈元琰，带着苍梧王暴虐害人的各种器具，去给沈攸之看。沈攸之未能立即起兵，于是上表表示庆贺，并写信给太祖推崇他的功劳。