，士兵投水淹死的有十分之二三，其余的都弃船上岸，被陈军杀戮殆尽。当初王琳令左长史袁泌、御史中丞刘仲威一同统领军队保卫萧庄，到了军队失败，袁泌就投降了陈，仲威带着萧庄投奔历阳。

王琳不久舆萧庄一起投降邺都。孝昭帝派王琳从合肥出发，聚集故旧，再谋划进攻。王琳就修理船艋，分派到各地募集人员，淮南楚人，皆愿同心协力。陈合州刺史裴景晖，是王琳兄王堡的女婿，请求以私人的亲信引导齐军。孝昭委派王进与行台左丞卢攫带兵前往接应，犹豫不决。星厘害怕事情泄露，独自脱身归顺蛮。耋压赐王登韶书，令他镇守昼盐，他部下的将帅任凭他们前往，于是任王琳骠骑大将军、开府仪同三司、扰塑刺史，封为会稽郡公，又增加供官员役使的仆役和俸禄，并供给演铙歌的军乐队。王琳戒严水陆，将伺机而动。适逢陈氏与齐结好，让王壁再听今后的打算。王进在昼盐，舆行台尚书卢澄不和，彼此攻击，被召回到邺，亘递宽容不加过问。任沧州刺史，后又用王琳任特进、侍中。所住屋脊无故剥落，出来赤蛆敷升，落地化为血，蠕蠕而动。又有龙从门外之地出现，云雾升起，白天昏暗。

适逢陈将领吴明彻入侵，帝令领军将军尉破胡等出兵救援秦州，让王琳共同进行谋划。王琳对他的亲信说：“今日太岁在东南，岁星居牛斗星宿的分界钱上，太白已升高，皆有利于敌人，我们将有难。”又对破胡说：“吴的军队非常精锐，应当从长计议，千万不要轻易作战。”破胡不听从，就作战，军队大败，王琳独自突围，仅而得免。回到彭城，帝令即赴寿阳，并允许聚集人马。又加封王琳为巴陵郡王。陈将吴明彻进兵包围他，在淝水筑堤，以水灌城，而皮景和等屯军在进西，竟然不前往救援。明彻昼夜攻击，城内水气转侵，人们都患肿病，病死的人互相枕藉。从七月至十月，城陷王琳被抓，百姓流着眼泪跟随他。吴明彻害怕有变故，在城东北二十里之处杀了他，当时四十八岁，哭的人悲声如雷。有一个老人用酒肉来祭奠他，哀悼完毕，收他的血，放在怀中离去。传车送首级到建康，悬挂于市。

王琳的故吏梁骠骑府仓曹参军朱场给陈尚书仆射徐陵写信求王琳的首级说：我私下认为朝廷变迁，传颂刚直的风尚；朝廷兴衰更替，表彰忠贞的事迹。所以晋朝将要灭亡，徐广就作了司马氏的遣老；魏国已经衰败，马孚自称魏室的忠臣。其目的是能在史书中传扬美名，名声流传于后世。梁朝的旧臣建宁公王琳，是洛渍的后人，沂州的旧族，先立功于梁始建之前，后又效力于朝廷，当离乱之时，总领地方之长的重任。于是轻生殉主，以身许国，确实是效法前修，追随前贤。而上天厌弃梁朝的德行，还想匡扶时局，以延续统治，结果白白地怀有申包胥的信念，最终遇到了苌弘的灾祸。到王业扩大，政权有了归属，于是速走山东，寄身河北。虽然自己怀有羁旅之臣的慨叹，仍然尽客卿之礼，感激遇到知己，为此忘我捐躯。致使身体埋于九泉，头颅远行万里。确实想以马革裹尸，实现他平生的志愿；原野暴体，成全他人臣的节义。然而身首异处，实在是令人悲哀啊；堆土为坟，植树为饰，而没有人祭奠，确实让人感到凄凉啊。我朱场早年侧身于末僚之中，悦服薛君的吐哺握发，礼贤下士，承蒙魏公的知遇之恩。因此，手巾和衣袖被泪水沾湿，为可识别的面颜哀痛；痛心疾首，为虽死犹生的面容忧伤。念及圣恩广博深厚，发出英明的韶示，赦免王经之哭，应允田横的葬礼，朱场虽然微贱，私下也有这种心意。王琳治理寿阳，很有德政；曾经游历江右，并非没有留的恩泽。并肩于束阁的官吏，接踵与西园的宾客，希望王琳的头颅能够归还其境，回去修了坟墓。孤坟已经修建，时而有衔土之燕飞来，丰碑树立，时而有驻留落泪之人。近来老友王绾等已有呈文，承蒙裁断，而没有同意所陈之见。从前廉公逝世，在淝川修建了坟地；孙叔敖去世，在芍陂种植了楸树。由此说来，还是有这样的先例的。不要让寿春城下，独传报葛之人；沧州岛上，惟有为田横悲痛的宾客.冒死陈述祈求，恭恭敬仿地等待刑罚。

徐陵赞赏他的志气和节操。此外明彻也多次梦见王琳要他的头，一并启奏陈主答应他。就与开府仪同主簿刘韶慧等携带他的头回到淮南，暂且埋葬在八公山侧，故旧前来送葬的有数千人。朱场等于是抄小道北归，另议迎接。不久有扬州人茅知胜等五人秘密送灵柩到达邺。追赠十五州诸军事、扬州刺史、侍中、特进、开府、录尚书事，谧号为忠武王，葬礼中使用了辊鲸车。