对别人说：“从前魏武帝经营洛阳北部的时候，人们都佩服他的英明，现在看萧建康，一定会超过他。”

宋明帝即位，担任右军将军。当时四方背叛朝廷，会稽太守寻阳王刘子房和处在东方的各郡全都起兵。明帝任命高帝为辅国将军，向东征讨。到了晋陵，一天攻破了敌军十二座营垒，分兵平定各县。后来徐州刺史薛安都占据彭城归了魏国，派遣他的侄子薛索儿进攻淮阴，又征派高帝前往征讨，薛索儿战败逃往钟离，高帝追到黯。。然后返回。任命他为骁骑将军，封西阳县侯，改任巴陵王卫军司马，跟随镇守会稽。

江州刺史晋安王刘子勋派遣临川内史张淹从鄱阳的山道进入三吴，宋明帝派遣高帝讨伐他。当时朝廷的军械衣甲全都用于南讨部队了，高帝的军中用品短缺，于是便编织棕树皮作为骑马的鞍具，折断竹子作为寄生，夜里举火进军。贼军望见十分恐惧，还没交战就先逃走了。返回以后，任命为桂阳王征北司马、南东海太守，负责掌管南徐州。张永等人在彭城失败以后，淮南军力薄弱，任命高帝为代冠军将军、持节、都督北讨前锋诸军事，镇守淮阴。改任南兖州刺史，督掌五州，依旧督掌北讨。

明帝嫌高帝没有大臣相貌，而世间流传高帝会成为天子，明帝越发怀疑，便派冠军将军吴喜留下军队驻在破釜，自己拿一银壶酒封了赐给高帝。高帝穿着军服出门迎接，恐怕是毒酒，不敢喝，将要出逃，吴喜告诉他这是真心诚意，并且自己先喝，高帝便一杯杯斟上喝了。吴喜回去，明帝心里才高兴了。

泰始七年(471)，高帝被征回京，部下劝他不要听从征调。高帝说：“主上自己杀死各位弟兄，是因为太子幼弱，作的是自己百年后的打算，与别的家族有什么关系。应该迅速出发，事情慢了会被怀疑的。现在骨肉相害，当然不会有广远绵长的命运，灾难将要发生，还要与各位同心合力哩。”到京后，任命为散骑常侍、太子左卫率。明帝逝世，遗诏任命高帝为右卫将军，兼任卫尉，配备军士五百人，和尚书令袁粲、护军褚彦回、领军刘面力共同掌管机要大事。不久解除卫尉，任命为侍中，兼管石头戍军事。

元徽二年(474)五月，江州刺史桂阳王刘休范在寻阳起兵，朝廷惊骇恐慌，高帝和褚彦回等人集合在中书省计议，无人说话。高帝说：“过去在长江上游谋划叛乱，都是因为缓慢失败，刘休范必定会从以前的失败中接受警戒，轻兵急下，利用我们没有防备的空档，请允许我在新亭驻兵以抗击他的前锋。”于是找来笔写下奏议，其余的人都签名同意。中书舍人孙千龄与刘休范有秘密契约，独自提出：“应该依旧还是派遣军队据守在梁山。”高帝脸色严肃地说：“贼军现在已经迫近，梁山哪里能够赶到？新亭乃是军事要冲，我所希望的就是以死报国。”于是单独乘一辆车，身穿白衣服出京前往新亭。任命高帝为使持节、都督征讨诸军事、平南将军，赠给乐队一部。修筑新亭城垒还没结束，贼军的前锋已经到达，高帝当时解衣高卧，以安定军心。于是找来白虎幡，登上西城墙，指挥宁朔将军高道庆、羽林监陈显达、员外郎王敬则，乘船与贼军进行水战，把他们打得大败。不到一个时辰，张敬儿斩下了刘休范的头，官军与贼军都不知道。他们的另一个将领杜黑蠡猛攻东面的城垒，高帝挺身上马，率领几百人出战，与杜黑蠡交锋，从下午申时直到天明，箭和石头一直不间断。这天夜里下着大雨，鼓声和叫喊都不能听到。将士连日不能睡眠和吃饭，军中的马匹夜惊，在城内乱跑。高帝拿着蜡烛端正地坐着，厉声地呵斥制止他们，像这样重复了多次。

贼军统帅丁文豪设下埋伏，在皂荚桥将官军击败，一直开到朱雀航，王道隆、刘面力都已经战死。起初，刘面力心志高逸，建造园宅，取名“东山”，十分忽略时务。高帝说：“将军身负先帝临终遗命的重任，值此艰难之日，您却崇尚闲适自在，不注意审察官员，有朝一日出了事情，后悔还来得及吗？”刘面力并不采纳，终于败亡。等贼军进至杜姥宅，车骑典签茅恬打开了东府大门把贼军放入，冠军将军沈怀明在石头城逃散，张永在白下溃败，宫内传言新亭也已经陷落，太后拉着苍梧王的手痛哭说：“天下的事情完了。”高帝派遣各军主将陈显达、任农夫、张敬儿、周盘龙等从石头城渡过淮河，抄小路从承明门进城保卫皇宫。

当时刘休范的典签许公与诈称刘休范就在新亭，士人和百姓都很惶惑，前往打算归附刘休范，递名帖求见的人数以千计，等到了那里，却是高帝。高帝得了名帖随即就把它们烧掉。他登上城墙面向北方告诉大家说：“刘休范父子前天都已经被杀死，在南冈下面斩戮了他们的尸体，我是萧平南，各位请好好看清楚。你们的名帖都已经烧掉了，不要害怕。”高帝分别派遣各路军队击平了贼军，凯旋入京。百姓围在长长的道路两旁聚观，说：“保全国家的，就是此公啊。”高帝和袁粲、褚彦回、刘彦节引咎解职，朝廷不允许。改任散骑常侍、中领军、都督、南兖州刺史、镇军将军，晋升爵位为公。与袁粲、褚彦回、刘彦节等轮流上朝议决朝中大事，号称“四贵”