。齐国数万大军从周军背后杀出，各军惊骇，纷纷退散。惟有宇文宪与王雄、达奚武临危不乱，抗拒齐军。王雄被敌兵打败，三军震惊。宇文宪亲自督促鼓励，军心才安定下来。这时，晋公宇文护掌管朝政，对他很是亲近和重用，对将士和百官的赏罚，都让他参与。天和三年(568)，朝廷命他任大司马，行小冢宰的权力，雍州刺史的官职不变。天和四年，齐将独孤永业前来侵犯，朝廷下诏命宇文宪与柱国李穆进向宜阳，修筑崇德等五座城堡，断绝齐军的粮道。齐将斛律明月在洛阳南面修筑堡垒。天和五年，宇文宪率军涉过洛河进攻齐军，斛律明月败走。这一年，明月又在汾水以北修筑城堡，绵延向西，直达龙门。宇文护向他询问作战方略，他说：“哥哥你应率军暂趋同州，以显示军威。我请求带领精锐部队列队前面，寻找机会发起进攻。”天和六年，宇文宪率军到达龙门，齐将新蔡王康德领军乘夜悄悄退却。宇文宪挥军渡过黄河，攻打齐军的伏龙等四座城堡，二天内全部攻破。他又挥师攻打张壁，一举拿下。斛律明月这时尚在华谷，不能救援，便向北进攻周的姚襄城，克复。汾州又被齐军围困很长时间，宇文宪派柱国宇文盛运粮食救济汾州军民。他亲自率军进入两乳谷，攻克齐军的伯杜城，派柱国谭公宇文会修建石殿城，作为汾州的后援。齐平原王段孝先、兰陵王高长恭率大军赶来，周军大将韩欢被齐军打败，军士退却。宇文宪亲自督战，齐军稍稍退却。适逢天色黄昏，双方各自收军回营。

晋公宇文护被武帝诛杀，武帝召宇文宪入宫，宇文宪免冠向武帝叩拜谢罪。武帝对他说：“你与我关系亲密，同气连枝，休戚与共。事情和你不相关涉，何劳谢罪？”便命他到宇文护的府第收取兵符以及各种簿册文书等。不久，武帝又命他为大冢宰。这时，武帝既诛杀了担任宰相的大臣，亲自总揽朝政，正想以法治国，涉及到亲友也很峻刻。宇文宪原来被宇文护信任，自天和年以后，威势越来越大。宇文护想有所陈奏，大多令宇文宪出面奏说。其中偶尔有些不恰当的意见，他担心帝相之间有矛盾，常常委曲心意以求君臣之间关系和畅。武帝也理解他的良苦用心，所以，他能够没有祸患。然而，仍因威名过重，武帝内心始终不能平静，虽然授予他冢宰的职务，实际上夺去了他的权力。开府裴文举是宇文宪的侍读，武帝曾在内殿召见他，对他说“：过去，北魏末年纲纪败坏，太祖匡扶元氏；周朝受命立国以来，晋公宇文护又掌握极大的权力。积习为常，便认为朝廷成法就是这样。哪里有三十岁的天子能够受别人控制的？而且近代以来，还有一种弊端，暂时有了隶属关系。便立即像君臣一样，这只是动乱时的权宜之计，不是治理国家长久的办法。你过去虽然陪侍过齐公宇文宪，不得一直保留臣与主的关系，况且太祖有十个儿子，哪能都成为天子？你应遵循正道，不要令我们兄弟相互招致嫌疑。”裴文举听完，再次叩拜武帝出宫，归来将这番话告诉宇文宪，他听后指着心，扶着几案说：“我的心你还不知道？只能竭忠尽智去对待天子，其他还能再说什么呢！”

建德三年(574)，他被晋爵为王。他的好友刘休征送来《王箴》诗一首，他读了十分赞赏。休征后来又将这首诗呈给武帝，武帝正要削弱他的兄弟们的力量，也很喜欢这首诗。宇文宪曾因为兵书过于繁杂，自己编写《要略》五篇，这时上表陈奏，武帝看后连连称赞。

这年秋天，武帝在云阳患病，卫王宇文直在京城举兵反叛，武帝召来宇文宪，对他说“：你作为前军先行，我接着也出发。”宇文直战败逃走。武帝到京城，他与赵王宇文招一起入内叩拜谢罪。武帝说“：管叔、蔡叔虽然也是武王的兄弟，却因反叛被杀戮；而周公旦却辅助成王建立国家，人心各不相同，就像人的脸面互不雷同。只是兄弟骨肉之间大动干戈，深感惭愧，对我来说不能这样啊。”早先，宇文直心内忌恨宇文宪，宇文宪对他却宽容隐忍。况且，又认为他是武帝的同母兄弟，所以对他友好敬重。晋公宇文护被诛杀后，宇文直请求武帝将宇文宪一齐除掉。武帝说：“齐公的心思，我自己知道，不得去怀疑他。”武帝与宇文直的生母文宣皇后去世，宇文直又密奏宇文宪在守丧时饮酒吃肉。与平常没有什么两样。武帝说“：我们与齐王是异母兄弟，都不是正出，人家的一切都是为了我。现在，我对他和你的袒护都一样。你应当感到惭愧，还论什么得失。你是太后亲生的儿子，更应该自我勉励。”宇文直从此才停止对宇文宪的诽谤。