兵住河中。朱玫反而派兵追赶唐天子，没有赶上，遇襄王，迫他称帝，兵驻凤翔。僖宗认识到只有李克用能打败朱玫，可是无法调动他，想到当初在长安击败黄巢时，天下兵马都监杨复恭与克用关系好，于是派谏议大夫刘崇望下诏书给李克用，说明是杨复恭的意思，请他进兵讨伐朱玫等。克用假意答应而不肯行动。

第二年，孟方立死，弟迁立。大顺元年(890)，克用击破孟迁，夺取邢、氵名、磁三州，派安金俊到云州攻赫连铎。幽州李匡威救铎，在蔚州大败安金俊。于是匡威、铎及朱全忠都请求朝廷乘机讨伐李克用。昭宗认为克用破巢功高不可伐，就叫台、省四品以上官商议此事，多数大臣认为不可伐。宰相张浚独以沙陀逼僖宗逃到兴元，罪该杀，应当讨伐。军容使杨复恭与克用友善，亦极力劝谏，认为不可伐，昭宗很同意，就下诏书劝谕朱全忠等人。全忠背地里重赂张浚，使他坚持要求讨伐，昭宗不得已，用张浚为太原四面行营兵马都统，韩建为副使。

当时，潞州冯霸叛降归附梁，梁派葛从周进驻潞州。唐派京兆尹孙揆为昭义军节度使，克用派李存孝在长子捉住孙揆，又派康君立攻夺潞州。十一月，张浚在阴地被李克用打得三战三败，张浚、韩建逃回。克用军在晋、绛、河中大肆抢掠，赤地千里。克用上表自诉，词语傲慢带有侮辱性，唐天子表示歉疚，下诏好言抚慰。

大顺二年(891)二月，再封克用为河东节度使、陇西郡王，加检校太师兼中书令。四月，克用到云州进攻赫连铎，包围一百多天，赫连铎逃往吐浑。八月，在太原大抢掠，经过晋、绛二州，又对怀、孟、邢州进行大抢掠，并到镇州攻打王。。克用立栅常山西边，率十余骑渡过滹沱河去观察敌人阵地，天下大雨，平地水深数尺。敌人发觉来攻打，克用藏到树林中，祷告他的马说：“我若世世代代能据有太原的话，马不嘶叫。”马恰好没有嘶叫得以躲过。前军李存孝已夺取临城，进攻元氏。李匡威出兵救王。。二月，会合王处存进攻王。。，在新市被王。。打败。八月，李匡威攻云州，牵制克用兵力，克用偷偷地到云州反击打得匡威大败逃走。十月，李存孝在邢州叛变。景福二年(893)，存孝向王。。求援，克用出兵井陉进攻王。。，又紧急进攻平山，王。。害怕，于是与克用讲和，献绸缎五十万匹，出兵帮助克用攻邢州。乾宁元年(894)三月，捉住李存孝杀掉。冬天攻幽州，李匡俦弃城而逃，追到景城杀掉，用刘仁恭为留后。

乾宁二年(895)，河中王重盈死，他的儿子珂、珙争立，克用请立珂，凤翔李茂贞、。。宁王行瑜、华州韩建请立珙。昭宗很为难，就决定以宰相崔胤为河中节度使，后又答应克用的要求立珂为节度使。茂贞等怒，三镇兵联合攻京城，听到克用也起兵前来才都退兵而去。六月，克用攻占绛州，斩刺史王瑶。瑶是珙弟，帮助珙争位。七月，克用到河中，同州王行约跑到京城大造谣言说“：沙陀军十万到了！”阴谋胁迫唐天子去。。州，茂贞养子阎圭也阴谋劫天子去凤翔，京师大乱，昭宗出居石门。

克用军滞留一个多月不肯进兵，昭宗派延王戒丕、丹王允以兄长礼事克用，并告急。八月，克用进军到渭桥，任。。宁四面行营都统。昭宗回到京城。十一月，克用攻破。。州，王行瑜逃到庆州被杀。克用回师云阳，请求进攻李茂贞，昭宗劝慰克用，要他与李茂贞解仇以缓和矛盾，赐克用“忠正平难功臣”，封晋王。当时，晋军驻渭北，恰遇连阴雨六十天，有人劝克用入朝，克用犹豫不决，都押衙盖寓说“：天子从石门回京，寝未安席，倘若晋兵渡过渭水进京城，人们怎么会安心？我们为的是勤王，何必要入朝呢？”克用笑着说：“盖寓都不相信我是勤王，何况天下人啊？”于是收兵回师。