处，使因是而违天道，失人心，或致大业之隳废，则夫天下者亦祖宗之天下，生民者亦祖宗之生民，陛下亦安忍而轻弃之乎！愿陛下以生养民力为本，以恢复天下为务，信赏必罚，以驱策英雄，亲正人，远邪佞，以图谋治道。夫如是，则承平之观，不日咸复，讵止上都宫阙而已乎！”疏奏，帝嘉纳之。

二十三年十二月，拜治书侍御史。时宦者资正使朴不花与宣政使橐驩，内恃皇太子，外结丞相搠思监，骄恣不法，监察御史傅公让上章暴其过，忤皇太子意，左迁吐蕃宣慰司经历。它御史连章论谏，皆外除。祖仁上疏皇太子言：“御史纠劾橐驩、不花奸邪等事，此非御史之私言，乃天下之公论，台臣审问尤悉，故以上启。今殿下未赐详察，辄加沮抑，摈斥御史，诘责台臣，使奸臣蠹政之情，不得达于君父，则亦过矣。夫天下者祖宗之天下，台谏者祖宗之所建立，以二竖之微，而于天下之重、台谏之言，一切不恤，独不念祖宗乎！且殿下职分，止于监国抚军、问安视膳而已，此外予夺赏罚之权，自在君父。今方毓德春宫，而使谏臣结舌，凶人肆志，岂惟君父徒拥虚器，而天下苍生，亦将奚望！”疏上，皇太子怒，令御史大夫老的沙谕祖仁，以谓“台臣所言虽是，但橐驩等俱无是事，御史纠言不实，已与美除。昔裕宗为皇太子，兼中书令、枢密使，凡军国重事合奏闻者，乃许上闻，非独我今日如是也。”祖仁乃复上疏言：“御史所劾，得于田野之间，殿下所询，不出宫墙之外，所以全此二人者，止缘不见其奸。昔唐德宗云：‘人言卢杞奸邪，朕殊不觉。’使德宗早觉，杞安得相？是杞之奸邪，当时知之，独德宗不知尔。今此二人，亦皆奸邪，举朝知之，在野知之，天下知之，独殿下未知耳。且裕宗既领军国重事，理宜先阅其纲。若至台谏封章，自是御前开拆，假使必皆经由东宫，君父或有差失，谏臣有言，太子将使之闻奏乎，不使之闻奏乎？使之闻奏，则伤其父心，不使闻奏，则陷父于恶，殿下将安所处！如知此说，则今日纠劾之章，不宜阻矣，御史不宜斥矣。斥其人而美其除，不知御史所言，为天下国家乎，为一身官爵乎？斥者去，来者言，言者无穷，而美除有限，殿下又安所处？”祖仁疏既再上，即辞职，而御史下至吏卒皆辞闲。于是皇太子以其事闻，朴不花、橐驩乃皆辞退。而天子令老的沙谕旨祖仁等，祖仁复上书天子曰：“祖宗以天下传之陛下，今乃坏乱不可救药，虽曰天运使然，亦陛下刑赏不明之所致也。且区区二竖，犹不能除，况于大者！愿陛下俯从台谏之言，摈斥此二人，不令其以辞退为名，成其奸计，使海内皆知陛下信赏必罚自二人始，则将士孰不效力。天下可全，而有以还祖宗之旧，若犹优柔不断，则臣宁有饿死于家，誓不与之同朝，牵联及祸，以待后世正人同罪。”书奏，天子大怒，而是时侍御史李国凤亦上疏，言此二人必当斥，于是台臣自老的沙以下皆左迁，而祖仁出为甘肃行省参知政事。时天极寒，衣单甚，以弱女托于其友朱毅，即日就道。

明年七月，孛罗帖木儿入中书为丞相，除祖仁山北道肃政廉访使，召拜国子祭酒，迁枢密副使，累上疏言军政利害，不报，辞职。除翰林学士，遂拜中书参知政事。是时天下乱已甚，而祖仁性刚直，遇事与时宰论议数不合，乃超授其阶荣禄大夫，而仍还翰林为学士，寻迁太常礼仪院使。

二十七年，大明兵已取山东，而朝廷方疑扩廓帖木儿有不臣之心，专立抚军院，总兵马以备之。祖仁乃与翰林学士承旨王时、待制黄哻、编修黄肃伏阙上书言：“近者南军侵陷全齐，不逾月而逼畿甸，朝廷虽命丞相也速出师，军马数少，势力孤危，而中原诸军，左牵右掣，调度失宜，京城四面，茫无屏蔽，宗社安危，正在今日。臣愚等以为驭天下之势，当论其轻重强弱，远近先后，不宜胶于一偏，狃于故辙。前日南军僻在一方，而扩廓帖木儿近在肘腋，势将窃持国柄，故宜先于致讨，则南军远而轻，而扩廓帖木儿近而重也。今扩廓帖木儿势已穷蹙，而南军突至，势将不利于宗社，故宜先于救难，则扩廓帖木儿弱而轻，南军近而重也。陛下宽仁涵育，皇太子贤明英断，当此之时，宜审其轻重强弱，改弦更张，而抚军诸官，亦宜以公天下为心，审时制宜。今扩廓帖木儿党与离散，岂能复振，若止分拨一军逼袭，必就擒获，其余彼中见调一应军马，令其倍道东行，勤王赴难，与也速等声势相援，仍遣重臣，分道宣谕催督，庶几得宜。如复胶于前说，动以言者为扩廓帖木儿游说，而钳天下之口，不幸猝有意外之变，朝廷亦不得闻，而天下之事去矣。”书上，不报。十二月，祖仁又上书皇太子，言：“近日降诏，削河南军马之权，虽所当然，然此项军马，终为南军之所忌。设使其有悖逆之心，朝廷以忠臣待之，其心愧沮，将何所施。今未有所见，遽以此名加之，彼若甘心以就此名，其害有不可言者。朝廷苟善用之，岂无所助。然人皆知之而不敢言者，诚恐诬以受财游说罪名，无所昭雪也。况闻扩廓帖木儿屡上书疏，明其心曲，是其心未绝于朝廷，以待朝廷之开悟。当今为朝廷计者，不过战、守、迁三事。以言乎战，则资其掎角之势；以言乎守，则望其勤王之师；以言乎迁，则假其藩卫之力。极力勉厉使行，犹恐迟晚，岂可使数万之师，弃置于一方。当此危急之秋，宗社存亡，仅在旦夕，不幸一日有唐玄宗仓卒之出，则是以祖宗百年之宗社，朝廷委而弃之，此时虽欲碎首杀身，何济于事！故今不复避忌，惟以宗社存亡为重，奉疏以闻。”疏上，亦不报。

二十八年秋，大明兵进压近郊，有旨命祖仁及同佥太常礼仪院事王逊志等载太庙神主，从皇太子北行。祖仁等乃奏曰：“天子有大事出，则载主以行，从皇太子，非礼也。”帝然之，还守太庙以俟命。俄而天子北奔，祖仁守神主，不果从。八月二日，京城破，将出健德门，为乱军所害，时年五十五。