太祖把部队转移到斡难河的发源处，谋划进攻汪罕，再次派了两名使者到汪罕那儿去，假称皇弟哈撒儿的话说：“我的兄长太子铁木真现在既不知到哪里去了，我的妻子儿女又在大王这里，即使我想去找他，又到哪里去找呢？大王如果能宽宥我先前的罪过，念及与我的旧交情，我就束手来归降。”汪罕相信了他，便派人跟随这两个使者到哈撒儿这里来，用皮袋盛着血和他结盟。等他们一到，太祖就让这两名使者做向导，命令士兵们含着枚悄无声息地，连夜赶往折折运都山，出其不意地偷袭汪罕，击败了他。克烈部的人马全都投降了。汪罕和亦剌合拼命逃了出去。汪罕叹气说“：我被我的儿子所误了，今天的灾难后悔哪能来得及呀！”汪罕出逃，在路上碰到了乃蛮部的军将，被他们杀了。亦剌合逃到了西夏，每天靠劫掠来维持自己。后来也遭到西夏的进攻，被赶走，逃到了龟兹国，龟兹国首领派兵讨伐，把他杀了。

太祖灭掉汪罕以后，在帖麦该川举行了大规模狩猎活动，发布号令，威风地凯旋。当时乃蛮部首领太阳罕嫉妒太祖的才能。派使者和白达达部首领阿剌忽思谋划说“：我听说东方有人称帝。天上没有两个太阳，人间难道竟有两个君王么？您要是能够增援我的右翼，我就能够取代他的地位。”阿剌忽思立即把这个阴谋报告了太祖，没过多久，就带领部属来归顺了。

甲子年(1204)，太祖召集各部在帖麦该川，商议讨伐乃蛮部的事。臣属们认为正当春天马匹瘠瘦，应当等到秋天再说。皇弟斡赤斤说“：应该做的事情就应当及早决断，怎么能以马瘦作为托辞呢？”别里古台也说“：乃蛮想要夺取我们的地位，是轻视我们，我们应当义不容辞地死战。他仗着他的地盘大而夸下海口，如果趁他不防备的时候进攻他，大功就可以告成了。”太祖很高兴地说“：凭着这样的部下去作战，还担心不能取胜么？”于是便进军讨伐乃蛮，大军驻扎在建忒该山，先派虎必来、哲别二人担任前锋。太阳罕从按台来，在沆海山扎下营寨，和蔑里乞部的首领脱脱、克烈部的首领阿怜太石、猥剌部的首领忽都花别吉，以及秃鲁班、塔塔儿、哈答斤、散只兀等部会合，兵力很强大。当时我们军队中有瘦弱的马受惊跑到乃蛮营中去了，太阳罕见了和大家谋划说“：蒙古人的马这样瘦弱，现在应当诱敌深入，然后通过战斗，把他们捉住。”他的将领火力速八赤回答说“：先辈们作战时，勇往直前不回头，马跟在敌人背后追赶，不让敌人有机会看见自己。现在采用这种往后退却的办法，莫非是心里害怕么？如果害怕为什么不让女人来带兵呢？”太阳罕发怒，立即跳上马向敌人索战。太祖让哈撒儿掌握中军。当时札木合从太阳罕那儿出来，看见太祖的军队军容整齐威严，便对侍从们说：“乃蛮刚开始出兵时，把蒙古军队看得像小羊羔子一样，以为会杀得他们蹄皮都不留。现在我看他们的气势，恐怕再不是从前的他们了。”便领着他部下的军队逃走了。这一天，太祖和乃蛮军队一直大战到太阳落山，擒杀了太阳罕。太阳罕所属各部军队一时间全部溃败，夜里从极险的地方逃走，掉下悬崖而死的不计其数。第二天，剩下的残部全都投降了。于是朵鲁班、塔塔儿、哈答斤、散只兀四部也来投降。

后来又去征讨蔑里乞部，其首领脱脱投奔太阳罕的兄长卜欲鲁罕。脱脱的部属带儿兀孙献上女儿，迎降太祖，但不久又叛离而去。太祖到达泰寒寨，派孛罗欢、沈白二人率领右军前去平定了他。

乙丑年(1205)，太祖征伐西夏，攻占力吉里寨，经由落思城，掠夺了大量人口和骆驼之后回来。

太祖元年(1206)，太祖大聚各部首领和群臣，建立九星白旗，在斡难河的发源处登上了皇帝位。各部的首领和群臣共同敬奉尊号为成吉思皇帝。这一年正是金朝的泰和六年。

太祖即位后，便出兵再次征讨乃蛮。当时乃蛮首领卜欲鲁罕正在兀鲁塔山行猎，便把他捕获回来了。太阳罕的儿子屈出律罕和脱脱一起逃到了也儿的石河上。

太祖开始商议讨伐金朝的事。当初，金朝杀害了太祖的亲族咸补海罕，太祖想要复仇。适逢金朝的降虏等详细谈到了金主完颜王景恣意推行暴政的情况，太祖便决定对他进行讨伐。但不敢轻易发动。

太祖二年(1207)秋，再次征伐西夏，攻入斡罗孩城。

这一年，派遣按弹、不兀剌二人出使乞力吉思部落。接着野牒亦纳里部落、阿里替也儿部落都派遣使者来进献名鹰。

太祖三年春，太祖从西夏返回。

夏天，太祖在祭天的所在地避暑。

冬天，再次征伐脱脱及屈出律罕。当时斡亦剌部落和我军的前锋遭遇，未经战斗就投降了，于是便利用他们做向导。到达也儿的石河，讨伐蔑里乞部落，把他们给灭了。脱脱被流矢射中而死。屈出律罕投奔了契丹。

太祖四年春，畏吾儿国前来归附，太祖进入河西。西夏国王李安全派遣他的世子率军前来交战，我军打败了他们，俘获了敌军的副元帅高令公。我军攻下兀剌海城，俘获了他们的太傅西壁氏。我军进军至克夷门，再次击败西夏军队，俘获了敌军将领嵬名令公。逼近中兴府，引黄河水灌城。堤防决口，河水向外奔泄，便撤去包围而回。派遣太傅讹答进入中兴府招降西夏国王，西夏国王献纳女儿求和。

太祖五年春，金国策划来攻伐我国，筑成乌沙堡。太祖命令遮别袭杀金国的部队，便占领了乌沙堡而向东进发。

当初，太祖曾每年向金国贡纳岁币，金国皇帝派卫王完颜允济在济州接受贡礼。太祖见了完颜允济不行礼。完颜允济回去之后，想要请求派兵进攻太祖。恰逢金国皇帝完颜王景死去，由完颜允济继承皇位，便下诏书到我国，并传话过来，要太祖行跪拜礼接受诏书。太祖问金国使臣说“：新皇帝是谁呀？”金国使臣说“：是卫王。”太祖马上朝着南面吐口水说“：我还以为中原的皇帝是天上的人做呢。这种平庸懦弱的人也可以做皇帝么？我凭什么要跪拜他呀！”立即就骑马向北而去了。金国使者回去说了这件事，完颜允济更加恼怒，想等太祖再次到金国来进贡的时候，趁他进入场地时加害于他。太祖知道了这个阴谋，就和金国绝了交，从此更加严整军马进行戒备。