凡是散居在甘州、凉州的番族人，都让他们回到自己的故土去，发给他们耕牛、农具和口粮。如果陕巴没回来，也不必去索取，我们不急着要陕巴，他将会自己回来的。皇帝全部按照朝廷大臣所说的去做，并将此意敕令给张海等人。张海等人看到敕令书上说将放弃陕巴，很高兴，马上驱逐土鲁番的献贡使者，封闭嘉峪关，修筑苦峪的城壕，让流居的番族人全迁回故乡，便给朝廷上疏回京交差。八年(1495)正月张海等人回到京城，朝廷的言官交相上奏弹劾他们在甘肃无功而返，将张海等人交给司法官员贬斥官秩，但哈密最终还是没还回来。

马文升则锐意图谋收复哈密，他派许进做甘肃巡抚以图谋此事。许进和大将刘宁等人在夜间偷偷出兵袭击，牙兰逃走，官军便斩杀牙兰留下的守军，安抚好投降的众人后才回军。自从明朝建立以来，官军从来没有到过西域，至此诸番族人才开始知道畏惧，阿黑麻也想把陕巴送还过来。但是哈密城屡遭破坏，其间的居民早晚都担心有敌寇入侵。阿黑麻又来攻打，由于哈密的军民坚守，阿黑麻攻打不下，最终散去。哈密的各种人都认为该地穷困窘迫难以坚守，便把房舍全部焚烧掉，逃到肃州来请求帮助。边关大臣将此上奏朝廷，皇帝下诏给他们赐予牛、农具和谷种，同时也将这些东西分发给流狼出来的三种番族人和寄居在赤斤的哈密人，让他们全部到苦峪和瓜州、沙州，让他们自己从事耕种放牧，以图兴复故国。

此时哈密没有王，奄克孛剌充当哈密的长官。十年(1497)奄克孛剌派其党徒写亦虎仙等人前来朝贡，朝廷赐予他们币帛五千，以抵偿其贡品的价值。但奄克孛剌的使臣还是久留在京城不回去，常常对别人发怒咆哮。礼部官员徐琼等人极力主张治他们的罪，于是朝廷便将他们赶出京城让他们回去。此时各番国因为朝廷封闭了嘉峪关而无法进入中国，便全都怨恨阿黑麻，阿黑麻感到后悔，把陕巴和掳抢去的哈密人送了回来，请求朝廷允许他们像以前那样献贡。朝廷大臣商议后认为他们没有送番国的文书来，不可贸然答应他们，一定要让他们送文书来后才同意他们的请求。对于陕巴，前次大家商议时决定废除他的王位，现在让他暂时居住在甘州，等众头目都归顺朝廷时，再修好哈密的城堑，让他重复旧业。皇帝同意这些提议。冬天，朝廷起用王越来总制三边的军务，并兼任哈密的经理事务。十一年(1498)秋，王越上奏说哈密不能弃，陕巴也不能废，应让他仍当哈密的王，让他先回哈密，按实际拨给他们修城堑、建房舍的费用，犒赏三种番族人和赤斤、罕东、小列秃、乜克力等部落，以奖励他们前次的功劳，责成他们再接再厉。皇帝也同意王越的提议。从此，哈密又安定下来，土鲁番也向朝廷小心恭顺地献贡。

奄克孛剌，是罕慎的弟弟，与陕巴不和。主持西域事务的朝廷官员对此颇为担心，让陕巴娶罕慎的女儿，以便与奄克孛剌结好。陕巴既嗜酒如命又聚敛贪狠，失去了众人的拥护，其部下阿孛剌等人也都有怨言。十七年(1504)春，阿孛剌等人暗地里与阿黑麻勾结，迎接阿黑麻的幼子真帖木儿到哈密为王。陕巴感到畏惧，带领全家逃到苦峪。此时奄克孛剌与写亦虎仙都在肃州，边关大臣认为番族百姓对奄克孛剌和写亦虎仙颇信服，便让他们二人回去辅佐陕巴，让百户董杰与他们同行。董杰此人颇有胆略。他们抵达哈密时，阿孛剌约了五位同党准备乘夜带兵劫持他们。董杰了解这一情况后，与奄克孛剌等人商量后，将阿孛剌等人召来商量事情，乘机将阿孛剌擒拿住斩杀，阿孛剌的手下人于是便不敢反叛了。董杰等人便让陕巴回到哈密，让真帖木儿回土鲁番。真帖木儿年纪只有十三岁，他的母亲就是罕慎的女儿。真帖木儿听到父亲阿黑麻已死，其兄满速儿继承了速檀的职位，与各位兄弟正互相仇杀，于是有点害怕不敢回去，愿意投靠奄克孛剌，说：“这是我的外祖父。”边关大臣考虑到真帖木儿与陕巴有仇，便让他居住在甘州。十八年(1505)冬，陕巴去世，陕巴的儿子拜牙即自称为速檀，朝廷下令封他为忠顺王。

正德三年(1508)，写亦虎仙到京城朝贡时，不和通事官员同行，而是自带边关大臣所发给的文牒径自投奔京城而去。大通事王永很愤怒，上疏给朝廷请求治写亦虎仙的罪，写亦虎仙也上奏朝廷，讲了王永的需求。王永在豹房手下供职，常常恃宠恣意行事、横行霸道。皇帝下诏不给他们治罪，只戒谕他们而已。写亦虎仙从此更加轻视朝廷，偷偷地心怀异志。

当初，拜牙即在哈密承继为忠顺王时，满速儿便与哈密通和，并派使者来索讨真帖木儿，边关大臣上奏朝廷说还是将真帖木儿交给土鲁番为好。中枢大臣说土鲁番酝酿作恶已经很久了，现今看朝廷扶植哈密，朝廷的声势渐渐扩张开来，于是满速儿以要求归还弟弟为名，卑词请求向朝廷献贡。我们把他的弟弟留下来，正好符合古人所说的以其亲爱之人为人质的治理办法，因此不能马上把真帖木儿遣送回去。皇帝同意。六年(1511)朝廷才让写亦虎仙与都督满哈剌三二人把真帖木儿送回西边的土鲁番去。他们一行到达哈密时，奄克孛剌想制止他们这么做，而写亦虎仙和满哈剌三不答应。他们二人把真帖木儿护送到土鲁番后，便把哈密的真实情况告诉给了满速儿，并引诱拜牙即背叛朝廷投奔土鲁番。拜牙即素来昏庸愚钝，性情又很淫暴，心里害怕部下伤害自己，而满速儿又以好言好语引诱他，他便想和奄克孛剌立刻同往土鲁番，奄克孛剌不肯去，他便逃到肃州。八年(1513)秋，拜牙即弃城叛逃到土鲁番。满速儿派火者他只丁占据哈密，又派火者马黑木到甘肃上书给边关大臣，说拜牙即没有能力守卫自己的国家，现由满速儿派遣将领代为看守，请朝廷予以犒赏。

九年(1514)四月，此事传到朝廷，皇帝派都御史彭泽前去经略此地区的事务。彭泽还未到达，贼人就已分兵抢掠了苦峪和沙州，声称朝廷必须给他们一万金币，他们就把这两个城的官印交出来。彭泽抵达甘州后，认为番人贪利，可以借此招抚他们，于是派通事马骥去土鲁番，说只要他们归还所侵占的土地，交还哈密的忠顺王，就给他们重赏。满速儿假装答应，彭泽即刻付予他们币帛二千和白金酒器一套。十一年(1516)五月，彭泽上疏说：“我派通事到土鲁番去宣扬朝廷的威风，答应给他们重赏，土鲁番的酋长表示悔过，要效顺朝廷，当即把金印和哈密城交还出来。满哈剌三、写亦虎仙二人也召回了他只丁，并归还了他们抢夺去的赤斤卫所的大印。现在只有忠顺王还在土鲁番未回来。请求朝廷记下为之效劳的人员的功劳，容许我辞官还乡。”皇帝当即让彭泽回朝。忠顺王最终没有放回来，他只丁也不肯撤退，要挟朝廷再给以重赏，才把哈密城交出来。

第二年五月，甘肃巡抚李昆上奏说：“得到满速儿的一封文牒，他说拜牙即不能复位了，即使让他回到哈密，也已丧失了人心，还是请求朝廷另外封立安定王千奔的后裔为好。我认为他的这番话很对。如果一定要由拜牙即来复国，请求朝廷敕令满速儿兄弟把他送回来，仍然给他赏赐优厚的缯帛等物，希望他能效顺朝廷。”朝廷大臣商议时说“：派官员专门经略西部边疆的事务已有三年之多，而忠顺王至今还没有归期，应动兵断绝与他们通贡，不能满足他们所提的要求，以免大损我们朝廷的威风。只要城印归还过来了，那么国体就存在，朝廷应该敕令谴责满速儿背叛朝廷、忘恩负义，向朝廷索求无厌。同时也适量赏赐一些礼物给满速儿兄弟，让他们尽快归还忠顺王。如果他们不听从朝廷的命令，就封闭关隘，断绝通贡，整顿军队做好战备。”皇帝同意。