到达芜湖。他们焚烧长江南岸后，奔向太平府，进犯江宁镇，直接侵犯南京。倭贼着红衣黄盖，率领众人进犯大安德门，到夹冈时，又朝秣陵关进发，从溧水向溧阳、宜兴流动，并洗劫了溧阳和宜兴。听到官军从太湖出发后，便越过武进，抵达无锡，驻扎在惠山。他们一昼夜奔走一百八十多里，抵达浒墅，结果被官军包围。官军追击到杨林桥，将这群倭贼歼灭在这一仗中，倭贼人数只有六七十，而经过的地方却达几千里，被他们杀戮杀伤的人几乎有四千，经历的时间达八十多天，这是三十四年(1555)九月的事。

应天府的巡抚曹邦辅将捷报上奏到朝廷，赵文华对曹邦辅建功颇为顾忌。因倭贼的巢穴在陶宅，赵文华便大集浙江、直隶的军队，与胡宗宪一起带兵进剿。同时，赵文华还约曹邦辅一起联合进剿，分道并进，在松江的砖桥安下营寨。倭贼出动全部精锐前来冲击官军的军营，官军大败。于是赵文华气馁，而倭贼更为猖獗。十月，倭贼从乐清登岸，流动洗劫了黄岩、仙居、奉化、余姚和上虞，这些地方被杀被掳的人无法计算。倭贼到达嵊县时，被官军歼灭，一数他们还不满二百人，却已深入到了三个府的地界之内，骚扰达五十日之久。此前有一支倭贼从山东的日照流动洗劫了东安卫，后来又到淮安、赣榆、沭阳、桃源等地，等到达清河时因下雨被阻，于是被徐、邳两地的官军所歼灭，清点时发现倭贼也才不过是数十人，却流害千里，杀戮了千余人，其骠悍达如此地步。赵文华自砖桥失败之后，发现倭寇势力更甚于以往。原先扎营在柘林的倭贼转移到周浦，与停泊在川沙旧巢穴中的倭寇和驻扎在嘉定高桥的倭贼往来自如，无时无日不侵犯其他地方，而赵文华却以倭患已经停息上报朝廷，请求回京。

第二年二月，杨宜被罢官，以胡宗宪代理杨宜的职务，任命阮鹗为浙江巡抚。在此情况下胡宗宪便请求朝廷派使者前去谕告日本国国王，让他禁止岛上的贼寇进犯中国，将与番贼勾通的奸商招回来，答应让他们立功赎罪。皇帝的圣旨颁下之后，胡宗宪便派宁波学士蒋洲、陈可愿前往日本。不久，陈可愿回来，说他们到了日本国的五个岛碰到汪直、毛海峰，说日本国内动乱，其国王和相国都已死，各岛之间没有统属关系，必须遍谕日本各岛才能杜绝倭寇的进犯。还有个叫萨摩洲的地方，虽然他们也乘船进犯中国，但这不是他们的本心所愿，他们请求与中国通贡互相贸易，并愿意杀贼以表示他们对中国的顺服之意。蒋洲和陈可愿商议后，便留下蒋洲去传谕各岛，陈可愿回来汇报。胡宗宪将此情况上报朝廷，兵部上奏说：“汪直等人本是中国的编户之民，既然声称效顺朝廷，应即刻放下武器。他们却丝毫不提及此事，还要求朝廷开通市场让他们通贡，隐然他们好像是中国的属国一样，其奸心不可叵测。为此应命令督军大臣振扬国威，对海防严加守卫。同时移檄文给汪直等人，让他们剿除舟山地区的各倭贼巢穴，以表明自己的心迹。如果此后海疆果然清静太平，朝廷对他们自然加以恩赏厚赐。”皇帝同意。

此时两浙地区都遭受倭害，慈溪被倭贼焚烧杀戮最为严重，余姚次之。浙西的柘林、乍浦、乌镇、皂林之间，都有倭贼巢穴，前后到达这些地方的倭贼有二万多人。朝廷让胡宗宪赶快拿一个治理方略出来。七月，胡宗宪上奏说：“贼人的首领毛海峰自陈可愿回来后，先在舟山打败了倭寇，又在沥表再次击退倭寇的骚扰，并派遣他的党徒前去各岛屿上招抚贼人，率领他们效顺朝廷，请朝廷给毛海峰加以重赏。”兵部让胡宗宪自己相机行事。正当此时，徐海、陈东、麻叶三人正连兵一处围攻桐乡，胡宗宪设下计谋离间他们之间的关系，徐海便活捉了陈东和麻叶向官军投降，官军便在乍浦全部歼灭陈东和麻叶的余党。不久，胡宗宪又率军跟踪徐海到梁庄，徐海也被杀，他的余党也被尽歼。这样，江南、浙西的贼寇略为平息，而长江以北的倭贼则进犯丹阳，劫掠瓜洲。烧毁漕运的倭贼第二年春天又进犯如皋、海门，攻打通州，抢劫扬州、高邮等地后，进入宝应，于是入侵淮安府，并在庙湾集结，过了一年官军才收复这些地方。而浙东的倭贼则盘踞在舟山，官军也先后向他们发起攻击。

先前，蒋洲到各岛屿去宣示朝廷的谕告，到达丰后岛时被当地人留了下来，他便派僧人到山口等岛屿上继续传示朝廷的禁令。这样，山口的都督源义长便修好咨文，送还从中国掳掠去的人口，但他的咨文中用的乃是日本国王的印篆。丰后的太守源义镇也派僧人德阳等准备好土特产，奉表向朝廷谢罪，请求朝廷给他们颁发经勘合的金牌，以便他们向朝廷献贡，并将蒋洲送了回来。以前杨宜在任时，曾派遣郑舜功出海侦探情况，行到半后岛时，岛主也派僧人清授随船前来谢罪，说丰后岛有人为寇，前后侵犯中国，都是中国的奸商暗地里勾引各岛上的夷人引起的，源义镇等人实际上并不知晓。这样一来，胡宗宪便上疏陈述这些情况，说：“蒋洲奉命出使二年来，只经过半后、山口两个岛屿，他们有的有贡物但没有经过勘合的印信，有的有印信却没有国王的名称，这些都是违反朝廷典章的。但是他们既然已前来献贡，又送还从中国掳掠去的人口，实在是有畏罪之心、请恩之意。应该以礼遣送其使者回去，让他们谕告源义镇和源义长，要源义镇和源义长转告日本国王，让他将倡导将到中国作乱的诸渠长擒拿后献到朝廷，将逃到日本的中国奸宄之徒一并擒送到京都来，才答应与他们通贡贸易。”皇帝下诏同意。