胡宗宪立刻把王氵敖遣送出来。汪直又邀一名贵官为人质，胡宗宪便命令指挥夏正前去。汪直认为可信，便与叶宗满、王清溪一起来拜见。胡宗宪大喜，对他们以厚礼相接，并让他们到杭州去拜谒巡按御史王本固，王本固则把汪直等人交给下属官吏处置。王氵敖等人听到消息后，大恨，肢解了夏正，焚船登上山头，占据岑港。

过了一年，新的倭寇大批涌来，屡次进犯浙东三个郡。岑港的倭贼便慢慢转移到柯梅，建造新船后出海，胡宗宪也不追击他们。十一月，倭贼扬帆往南而去，停泊在泉州的浯屿，抢劫同安、惠安、南安各县，攻打福宁州，攻破了福安、宁德等地。第二年四月倭贼包围了福州，时间长达一个多月。福清、永福各城也都遭倭寇攻毁，倭贼还骚扰兴化，在漳州地区奔突往来。这样倭寇之患全转移到福建，而潮州、广州间也纷纷有倭警传来。到四十年(1561)，浙东和长江以北的诸寇乱相继平定。胡宗宪不久因罪被逮捕下狱。第二年十一月，倭贼攻陷兴化府，进行大肆杀戮抢劫后，移居平海卫，不离开了。当初，倭贼进犯浙江时，攻破州县卫所的城池数以百计，但却没有攻破府城的。这次兴化府失陷，远近都受到极大震动，朝廷便急忙征调俞大猷、戚继光、刘显等将领合兵攻击，大败了倭贼。而侵犯其他州县的倭贼也被各将攻破，福建的倭患也被平定了。

此后，广东的巨寇曾一本、黄朝太等人，无不勾引倭贼作为自己的援助。隆庆时期(1567～1572)，他们攻破了碣石、甲子等卫所。之后，他们又进犯化州的石城县，攻陷锦囊所和神电所。吴川、阳江、茂名、海丰、新宁、惠来各县，也都遭受他们的焚烧抢劫。他们又转而进入雷州、廉州和琼州，这三郡也遭受其乱。万历二年(1574)倭贼进犯浙东的宁波、绍兴、台州、温州四个郡，接着又攻陷广东的铜鼓石、双鱼所。三年(1575)进犯电白。四年(1576)进犯定海。八年(1580)倭贼进犯浙江的韭山和福建的澎湖、东涌等地。十年(1582)进犯温州，后来又进犯广东。十六年进犯浙江。但此时的海疆官吏已以嘉靖年间的祸乱引以为戒，海防颇为严密，倭贼来犯总是失利而回。侵犯广东的倭贼，是受譙民梁本豪的勾引所致，势力尤为猖獗。总督陈瑞集结各军攻击倭贼，斩杀了他们一千六百多人，击沉他们的船只一百余艘，梁本豪也被斩首。皇帝为此到郊庙告谢祖宗，宣告大捷并接受大臣们的祝贺。

日本以前有王，王之下最尊贵的是关白。此时山城州的渠长信长就是关白。有一天信长偶然出去狩猎，遇到一个人躺在树下，该人受惊后起来与信长发生冲突，信长把他抓起来审问。该人自称是平秀吉，萨摩州人的奴隶，体魄雄健，身法矫捷，颇有辩才。信长喜欢他，让他牧马，给他取名叫木下人。后来渐渐让他办事，替信长出谋划策，夺取兼并了二十几个州，于是被信长委任为摄津的镇守大将。有个参谋叫阿奇支，因得罪了信长，信长便命令平秀吉带兵前去征讨。不久信长被其手下的大臣明智所杀。平秀吉刚好消灭了阿奇支，听说了事变后，与自己的部将行长等人乘胜回兵诛杀明智，于是威名更振。不久平秀吉废除了信长的三个儿子，自己称为关白，把信长的原有势力全收归到自己的手中，这时是万历十四年(1586)。从此他更加整肃军队，征服了六十六个州，又以兵力威胁琉球、吕宋、暹罗、佛郎机等国，让这些国家给日本献贡。平秀吉又将国王所居的山城改为大阁，广筑城郭，兴建宫殿，其楼阁有建至九重的，其中珍藏有妇女和珍宝。平秀吉行事法度森严，军队打仗有进无退，违反者不管是自己的儿子还是女婿都必诛死，所以他的军队所向无敌。平秀吉还将纪元改为文禄，想入侵中国，灭亡并占有朝鲜国。他召见并询问过以前汪直所留下的余党，了解到汉人像害怕虎狼一样害怕倭人，于是其气势益发骄横。他大治武器，扩军备战，修缮船舰，与其属下谋划，入侵中国北京的用朝鲜人做向导，入侵浙江、福建沿海郡县的则用汉人做向导。他怕琉球会泄露该密谋，不让琉球向明朝廷献贡。

有个同安人名叫陈甲，在琉球经商。他怕遭到中国的迫害，便与琉球长史郑迥谋划，借进贡之际请求朝廷封他为使者，把日本国的情况上报朝廷。陈甲又回故乡，将此情况告诉了巡抚赵参鲁。赵参鲁将此上奏给皇帝，皇帝交给兵部，兵部则移咨文给朝鲜国王。朝鲜国王却只辩解说所谓以朝鲜人为日本人入侵北京做向导是诬陷，也不知道日本人正在谋划吞并自己的国家。

原先，平秀吉广泛征集各镇的军队，储备了三年的粮食，想自己带兵进犯中国。此时正好碰上他的儿子死亡，身旁又没有兄弟可以托付。此前平秀吉又将丰后岛的主妻夺来做自己的妾，怕丰后岛成为自己的后患。而各镇也都埋怨平秀吉为人暴虐，都说：“这次征兵不是去袭击大唐，而是袭击我们哪。”于是心里各怀异志。于是，平秀吉不敢亲自带兵出国作战。二十年(1592)四月，平秀吉派遣他手下的大将清正、行长和义智，以及僧人玄苏、宗逸等，率战船数百艘，从对马岛渡海攻陷了朝鲜的釜山，然后乘胜长驱直入，五月渡过临津，劫掠开城，分别攻陷丰德各郡。朝鲜军队望风溃逃，清正等人便进逼王京。朝鲜国王李日公放弃王京逃奔到平壤，后又逃奔到义州，派使臣络绎不绝地向明朝廷告急。倭军于是进入王京，俘虏了朝鲜国的王妃和王子，并追击到平壤，让士兵肆行淫掠。七月，明朝廷命令副总兵祖承训赴朝鲜救援，与倭军在平壤城外接战，结果大败，只祖承训一人幸免于死。八月，朝廷便任命兵部侍郎宋应昌为经略，都督李如松为提督，率军前往朝鲜讨伐倭人。