六千沿江而上直奔成都。其他的援兵也渐渐集结起来。此时奢寅攻城很急，暗地里接纳刘勋等人做内应。事情被发觉后，刘勋等人被诛杀。奢寅等又造云梯和旱船，昼夜攻城。城中也以炮石还击他们。双方相持一百天，碰到贼军将领罗乾象派人向官军投诚，表示愿意杀死贼人为自己赎罪。这天晚上，罗乾象纵火焚烧军营，贼兵大乱，奢崇明父子仓惶出逃，丢弃的钱帛谷米堆得像山一样，穷苦的百姓靠此得以活命。罗乾象便率其同党胡汝高等人前来投降。此时朝廷已授予朱燮元巡抚职务，他率四川的士兵追击奢崇明，江安、新都、遵义等郡邑都收复过来了。这时是天启二年(1622)三月。樊龙将余部数万人收集起来，占据了重庆的天险和要塞。朱燮元督促秦良玉等人夺取二郎关，总兵杜文焕攻破了佛图关，诸将领将军队围着重庆驻扎下来。奢寅派贼人同党周鼎等分道来救援，周鼎被官军打败后逃走，结果被合江的百姓绑缚起来。官军与平茶、酉阳、石石主三个土司的土兵合围重庆，重庆城中缺粮。朱燮元便设计活捉了樊龙，将他杀了；张彤也被乱军所杀；生擒了樊龙的儿子樊友邦及其同党张国用、石永高等三十多人，收复了重庆。

此时安邦彦在贵州造反，奢崇明与他遥相声援。三年(1623)，四川的官军收复遵义，进攻永宁，在土地坎与奢寅相遇，双方率兵进行搏战。官军奋勇出击，叛军被打败，奢寅受伤后逃走，樊虎也战死了。官军进军攻克永宁城，降服了二万贼人。官军又进军攻拔了红崖、天台各囤寨，投降的人每天都有。奢崇明的势力越来越小，便向水西求救，安邦彦派十六个营的军队过河前来支援他。罗乾象攻破了蔺州，焚烧了九凤楼，他的老巢覆灭了。奢崇明踉踉跄跄地逃走了，投奔到水西。安邦彦与奢崇明合兵一处后，分别侵犯遵义和永宁。四川的官军在芝麻塘将他们打败，他们便逃进了青山。各位将领逼近渭河，在龙场与奢崇明激战，俘获了奢崇明的妻子安氏和奢崇辉等人，斩杀的人数以万计。蔺州平定了，总督朱燮元向朝廷请求以赤水河为界，河东的龙场隶属于贵州，河西的赤水、永宁隶属于四川。在永宁设置了道和府，与遵义、建武声势相联。

不久，贵州巡抚王三善遭安邦彦的袭击而死，奢崇明的势力又有扩张，过了春天将大举进攻永宁。此时正好奢寅被其部下所杀，朱燮元亦因父亲亡故离开军队去奔丧了，奢崇明、安邦彦得以苟延残喘。奢崇明自称为大梁王，安邦彦号称自己为四裔大长老，其下称元帅者不可胜数。他们合兵十多万人，规划先进犯赤水。崇祯初年，朝廷起用朱燮元来总督贵州、湖广、云南、四川、广西等地的事务，会师讨伐。朱燮元定下计谋诱使贼人向永宁深入，然后在五峰山的桃经坝邀击他们，再命令总兵侯良柱率军大败他们，奢崇明、安邦彦都被俘斩首。这一仗，扫荡了四川、贵州几十年来都没有去除的大恶贼，这是朱燮元的功劳。

酉阳，汉朝时是武陵郡的酉阳县。宋朝时，此地为酉阳州。元朝时隶属于怀德府。

明朝洪武五年(1372)，酉阳军宣慰司的冉如彪派其弟弟冉如喜前来进觐献贡，朝廷便设置了酉阳州，任冉如彪为知州。八年，酉阳州改为宣抚司，仍让冉如彪担任宣抚使。其下设置平茶、邑梅、麻兔、石耶四个洞的长官司，任命杨底纲、杨金奉、冉德原、杨隆为长官司长官，让他们每三年入京城献贡物一次。石耶洞长官不能亲自到京城来，朝廷便命令他将贡物附在酉阳宣慰司一起带来。二十七年，平茶洞长官司长官杨再胜，阴谋杀害兄长的儿子杨正贤和洞长杨通保等人。杨正贤等人觉察后逃到京城，向朝廷诉说此事，并称杨再胜与景川侯一起阴谋造反。皇帝命令将杨再胜逮捕审讯，杨再胜服罪，按法律此罪应诛杀九族，因此杨正贤也应治罪。皇帝诛杀了杨再胜，释放了杨正贤，让他继承了长官司长官职务。酉阳宣抚冉兴邦也因承袭了官职前来京城朝觐，皇帝便命令将酉阳宣抚司改为隶属于谕州。

永乐三年(1405)，指挥丁能、杜福招抚了亚坚等十一个寨子里的没有汉化的苗族人共一百三十六户，告诉他们各派遣儿子入京城朝觐皇帝，皇帝命令他们隶属于酉阳宣抚司管辖。四年朝廷免除了酉阳荒田的租税。五年，冉兴邦派遣部落酋长龚俊等人向朝廷贡献土产，并感谢皇上允许在当地设立儒学的恩典。

景泰七年(1456)，朝廷调拔宣抚佥事冉廷璋的军队，去征讨五开、铜鼓等地叛乱的苗族人，皇帝赐谕给他们奖赏。天顺十三年，皇帝命令给宣抚冉云进散官一阶，因为他帮助讨伐叛乱的苗族人和擒捉石全州有功劳。

弘治七年(1494)，宣抚冉舜臣因在征讨贵州叛乱的苗人中立有功劳，请求朝廷提升他的职务。兵部认为没有提升土司职务的惯例，请求朝廷给冉舜臣的官阶进到明威将军，赐谕褒奖他。十二年，冉舜臣上奏说宋农寨的蛮族贼人纠集起来，胁迫各寨洞的蛮人去烧杀抢劫，请求朝廷派兵进剿搜捕。保靖、永顺二个宣慰也上奏说邑梅的副长官杨胜刚父子阴谋占领酉阳，勾结俊信洞的洞长杨广震等人，号召宋农、后溪等地的蛮族人聚兵烧杀抢劫，请求朝廷派兵一并讨伐。兵部商议后认为酉阳各溪洞之间相互联络，容易煽动作乱，应立即将其扑灭，请各地的镇巡官相机行事。十四年朝廷调拨酉阳的军队五千人协助官军进剿贵州的女贼人米鲁。

正德三年(1508)，酉阳宣抚司的护印舍人冉廷玺和邑梅长官司上奏，说湖广的镇溪所洞的苗人聚众攻掠抢劫，请求朝廷派兵进剿搜捕。八年，宣抚冉元向朝廷进大木二十根，请求朝廷免去其儿子冉维翰继承官职时须赴京城朝觐的任务，皇帝同意了。二十年，冉元又向朝廷进献大木二十根，皇帝下诏按情况赏赐给他一定颜色的衣服。