上报发生叛乱，燕旗校于谅等被诛灭。下诏责备燕王朱棣，逮捕燕王府官僚。北平都指挥张信叛乱归附燕王。

秋七月五日，燕王朱棣举兵造反，杀布政使张籨、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振，教授余逢辰死。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等投降燕王。指挥马宣败走蓟州，俞調败走居庸。宋忠向北平挺进，听说事态有变，退守怀来。通州、遵化、密云相继向燕王投降。八日，燕兵攻陷蓟州，马宣战死。十一日，燕兵攻陷居庸关。十六日，攻陷怀来，宋忠，俞調被捉处死，都指挥彭聚、孙泰奋力战死，永平指挥郭亮等叛降燕王。二十四日，谷王朱木惠从宣府奔往京师。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率师征讨燕王朱棣。祭告天地宗庙社稷，削除燕王所属户籍。下诏说“：国家不幸，骨肉周亲多次谋逆叛乱。去年，周庶人朱木肃图谋不轨，牵连燕、齐、湘三王。我因为他们都是我的亲身骨肉的缘故，纠正朱木肃之罪。今年齐王朱。。谋反，又与朱棣、朱柏同谋，朱柏带罪自焚而死，朱。。已废为庶人。朕以为朱棣在所有亲人中是最亲近的，没有彻底追究此事。今天竟然举兵造反，危及国家之安全，得罪了天地祖宗，道义上难以赦免。于是选拔大兵前往征讨。咨询我中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫除逆气，达到长治久安。”不久命安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿王献，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。在真定设立平定燕王之布政使司，由尚书暴昭掌管布政使司之事。

八月十二日，耿炳文兵临真定，徐凯屯兵河间，潘忠、杨松屯兵莫阝州。十五日，燕兵攻陷雄县，潘忠、杨松与燕兵战于月漾桥，被擒。莫阝州城陷。二十五日，耿炳文与燕兵战于滹沱河以北，大败，李坚、宁忠、顾成被擒，耿炳文只好退守真定。燕兵攻城不克，引兵而去。建文帝遂召辽王朱植、宁王朱权归京师，朱权不到，下诏削其护卫。三十日，曹国公李景隆为征虏大将军，代替耿炳文。九月一日，吴高、耿王献、杨文率辽东兵，围攻永平。十一日，李景隆兵住河间，燕兵援救永平，吴高退保山海关。

冬十月，燕兵从刘家口秘密取道袭陷大宁，守将朱鉴战死。总兵官刘真、都督陈亨援救大宁，陈亨叛降燕军。燕王以宁王朱权及朵颜三卫士兵归北平。十五日，李景隆围北平，燕兵回救。十一月五日，李景隆及燕军战于郑村坝，大败，逃往德州，诸军全线溃崩。燕王朱棣再两次上书于朝廷。建文帝为罢除齐泰、黄子澄官职，仍留在京师。

建文二年(1400)正月初一，下诏天下来朝官员不要庆贺。二日，隆重祭奠先师孔子。二月，燕兵攻陷蔚州，进攻大同。李景隆从德州赶来增援，燕兵又退回北平。保定知府雒佥叛降燕军。二十九日，又以都察院为御史府，协调江苏、浙东田赋。下诏说：“国家有必供之赋税，然而江、浙赋税独重，而苏州、松江官田全部以私税为准，用征一时，不能成为定制。现在全部予以减免，每亩不得超过一斗。苏、松人仍然可到户部做官。”三月初一日，有日食。赏赐胡广等进士及第，出身各有差别。

夏四月二十四日，李景隆与燕兵战于白沟河，大败燕军。第二天又战，官军失利，都督瞿能、越。。侯俞渊、指挥滕聚等皆战死，李景隆逃奔德州。五月七日，退到济南。十六日，李景隆又在济南城下失败，向南逃走。参政铁铉、都督盛庸竭尽全力抵御。六月十六日，遣尚宝丞李得成告谕燕王收兵。

秋八月一日，承天门发生火灾，下诏求直言。十六日，盛庸、铁铉击败燕军，解济南围，复取德州。九月，下诏审查洪武年间功臣罪废者后裔。十日，封盛庸为历城侯，铁铉为山东布政使，参与军国事务。不久进升为兵部尚书。以盛庸为平燕将军，都督陈晖、平安为副将。盛庸屯兵德州，平安及吴杰屯兵定州，徐凯屯兵沧州。