年，出为山东青州知府。初上官，总兵官柯永盛以戍青州之兵徇高密，而侍郎王鰲永以招抚至，主饷。赵应元者，从李自成为旗鼓，覸青州兵寡，阳就鰲永降，请置孥于城。既入，遂执杀鰲永。文衡见应元，为好语，具疏请留镇。应元喜，攫库金，群酗。会梅勒额真和讬、李率泰率禁旅略登、莱，道青州，营城西北。文衡惎应元出谒和讬等，慰劳遣还，密令兵从入，夜起戮应元及其党数十人。青州平。

二年，移淮安府知府。豫亲王多铎下扬州，道淮安。文衡请禁将吏毋扰市，糗粮刍秣应期立办。三迁，巡抚甘肃。五年二月上官，逾月而遘米喇印之乱。变未作，喇印诡言要文衡造其家集议。文衡行未至，贼环射杀之。总兵刘良臣，副将毛镔、潘云腾，游击黄得成、金印，都司王之俊，守备胡大年、李廷试、李承泽、陈九功皆死。参将翟大有与战，没于阵。贼挟西宁道副使林维造至北关，扌益杀之。越日，陷凉州，戕西宁道参议张鹏翼。贼四出侵掠，破巩昌，戕临巩兵备道李絮飞；破岷州，戕知州杜懋哲、王札；破兰州，戕同知赵冲学，知州赵翀，训导白旗、国学锦；破临洮，戕同知徐养奇；破渭源，戕知县李淐；战通渭，围子山，知县周盛时被创死。事平，皆赠恤如例。

张存仁，辽阳人。明宁远副将，与总兵祖大寿同守大凌河。天聪五年，太宗自将攻大凌河，从大寿出降，仍授副将。六年正月，存仁与副将张洪谟、参将高光辉、游击方献可合疏请乘时进取，参将姜新别疏请令副将祖可法、刘天禄先取松、杏二城，则锦州自下。七年五月，新复请进兵，洪谟等及新皆大凌河降将也。

崇德元年五月，始设都察院，班六部上。以存仁为承政，并授世职一等梅勒章京。越数日，存仁上言：“臣自归国，默察诸臣贤否，政事得失，但不敢出位妄论列。今上创立此官，而以命臣。臣而正直，后之人正直必有过于臣者；臣而邪佞，后之人邪佞亦必有甚于臣者。所虑臣本心而行事，人不敢弹劾而臣弹劾之，人不敢更张而臣更张之，举国必共攻臣，使臣上无以报主恩，下无以伸己志，获戾滋甚。臣虽愚，岂不知随众然诺，其事甚易；发奸擿伏，其事甚难。诚见不如此，不足以尽职。敢于受任之始，沥诚以请：如臣苟且塞责，畏首畏尾，请以负君之罪杀臣；如臣假公行私，瞻顾情面，请以欺君之罪杀臣；如臣贪财受贿，私家利己，请以贪婪之罪杀臣。苟臣无此三罪，而奸邪诬陷，亦原上申乾断，以儆谗嫉。”上曰：“此或知有其人而为是言。朕素不听谗，惟亲见者始信之。且朕志定于上，而诸臣蒙泽于下，纵有奸邪，孰能售其术哉？”越数日，以阿什达尔汉为都察院满承政，尼堪为蒙古承政，并增置祖可法为汉承政。上御清宁宫，阿什达尔汉等前奏事，上因谕曰：“朕有过，亲王以下坏法乱纪，民左道惑众，皆当不时以闻。若举细而遗大，非忠直也。”可法对曰：“臣等惟上是惧，他复何忌？有闻必以奏。”存仁曰：“可法言非是。臣诚忠直为国，上前且犯颜直谏，况他人乎？”上曰：“然。人果正直，天地鬼神不能摇动，人主焉得而夺之？”是岁，都察院劾刑部承政郎球贪汙，论罪；劾工部夺民居授降人，复别造宅偿民，劳民非制。上以诸臣多未更事，事事加罪，反令惶惑，但诫毋更违令。

三年正月，可法、存仁疏言：“礼部行考试，令奴仆不得与。上前岁试士，奴仆有中式者，别以人畀其主。今忽更此制，臣等窃谓奴仆宜令与试，但限以十人为额。苟十人皆才，何惜以十人易之？”上曰：“昔取辽东，良民多为奴仆。朕令诸王下至民家，皆察而出之，复为良民。又许应试，少通文艺，拔为儒生。今满洲家奴仆，非先时滥占者比。或有一二诸生，非攻城破敌血战而得，即以战死被赉。昨岁克皮岛，满洲官兵争效命，汉官兵坐视不救。此行所得之人，苟无故夺之，彼死战之劳，捐躯之义，何忍弃也？若别以人相易，易者无罪，强令为奴，独非人乎？尔等但爱汉人，不知惜满洲有功将士及见易而为奴者也。”可法、存仁引罪谢。既，复论户部承政韩大勋盗帑，大勋坐夺职。四月，疏请敕户部立四柱年册，再疏请诛大勋，又劾吏部、刑部复用赃吏违旨坏法，皆与可法合疏上，上皆嘉纳之。七月，更定官制，可法、存仁皆改都察院右参政。汉军旗制定，隶镶蓝旗。