乔芳遣张勇夜攻城，而与昂邦章京傅喀禅及宁、光瑞等为继。喇印等食尽，皆出降。

六年，徵诸道兵下四川。喇印降后授副将，在兰州军中，觇镇兵惮远征，因惎中军参将蒋国泰，戕甘肃巡抚张文衡等，据甘州以叛。国栋亦攻陷凉、肃二州。乔芳帅师自兰州渡河而西，与傅喀禅等会师合围，攻不下，深沟坚垒以困之。喇印等食尽夜遁，乔芳遣兵追及之水泉，击杀喇印。国栋复与缠头回土伦泰等据肃州，号伦泰王，而国栋自署总兵官，城守，出掠武威、张掖、酒泉。会平阳盗渠虞允、韩昭宣等应大同叛将姜瓖为乱，以三十万人陷蒲州，上命乔芳与额塞还军御之。乔芳留勇、宁等围肃州，率师遂东。八月，师自潼关济，督协领根特、副将赵光瑞等克蒲州，斩级七千。进次宁晋，瓖将白璋等六千人往攻荣河，光瑞等击破之，斩级二千有奇。璋北走，师从之，迫河，贼多入水死，遂击斩璋。馀贼入孙吉镇，歼焉。复进向猗氏，行十馀里，瓖所置监军道卫登方以数千人依山拒我师，其将张万全又以四千人助战。光瑞等击斩万全，乃还攻，获登方，斩其将王国贤等三十馀人、级三千有奇。又令章京杜敏等攻解州，破其渠边王张五、党自成等。荣河、猗氏、解州皆下。杜敏等歼馀寇。根特等又破所置都督郭中杰于侯马驿。九月，光瑞等进克运城，斩允、昭宣。瓖之徒内犯者皆尽诛。十一月，勇、宁克肃州，诛国栋、伦泰及其党黑承印等，斩五千馀级。河西平。

七年三月，论功，加兵部尚书，进世职一等阿达哈哈番。十二月，乔芳遣任珍击斩兴安寇何可亮。是年，遣赵光瑞等讨北山寇刘宏才，战保安，擒其军师苗惠民；战合水，擒斩宏才。八年，遣游击陈明顺等击败雒南寇何柴山，游击仰九明诇紫阳山寇孙守全；复令光瑞等会兴安镇兵击斩守全及其徒翘兴宁、赵定国、谢天奇等，犁其寨。

乔芳督陕西十年，破灭群盗，降其胁从，前后十七万六千有奇。奖拔诸将，不限资格，如张勇、马宁、赵光瑞、陈德、狄应魁、刘友元辈，皆自偏裨至专阃。诸寇既殄，疏言：“陕西寇剧，多荒田，请蠲其赋。分兵徠民，行屯田法。”乃遣诸将白士麟等分屯延庆、平固诸地，岁得粟四万二千石有奇，以佐军糈。恩诏累进三等阿思哈尼哈番，加太子太保。

十年二月，命兼督四川兵马钱粮，疏言：“陕西七镇及督抚各标为兵九万八千有奇，合满洲四旗及平西王吴三桂、固山额真李国翰两军，岁饷三百六十万而弱，而陕西赋入一百八十六万，不足者殆半，后将难继。甘肃处边远兴安界，三省兵当循旧额。延绥、宁夏、固原、临巩四镇镇留三千人，庆阳协五百人，馀五千五百人可省也。汉羌既驻三桂、国翰两军，宜裁总兵官。兴镇置副，留千人，阳平关、黑水峪、汉阴县各五百人，馀二千五百人可省也。提督驻省会，留二千人，馀二千人亦可省也。各道标兵悉令屯田，延镇、定边、神木三道无屯田，止用守兵，计所省又二千馀人。都省兵一万二千人，省饷岁三十一万。今四川未定，当令右路总兵官马宁率精兵三千驻保宁，以步兵五千分驻保宁迤北广元、昭化间，以屯田为持久。三桂驻汉中，相为犄角，规取四川。”既，复疏言：“师进取四川，宜随在留兵驻防，以树干城，谋生聚。师行，当人给马三、伴丁一，携甲仗，以利攸往。”上褒其谋当。

十月，西宁回谋为乱，遣狄应魁捕治，得其渠祁敖、牙固子等以归。乔芳屡乞退，至是以疾告，加少保，召还京师。十二月，命未至而乔芳卒，谥忠毅。太宗拔用诸降将，从入关，出领方面，乔芳绩最显，张存仁亚焉。圣祖尝诫汉军诸官吏，因曰：“祖宗定鼎初，委任汉军诸官吏，与满洲一体。其间颇有宣猷效力如乔芳、存仁辈，朝廷亦得其用”云。