信条僵化而越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。

如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李蛰正不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。

张居正是政治家，李蛰是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李蛰近于马基雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯洛克一样，从个人主义和唯物主义出发构成一个新的理论体系。他察觉到自己有自私自利的一面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰——世间的矛盾，在“道”的范畴中得到调和而且消失。这在心学中也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不氨

这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主义的部分也并不彻底。这使李蛰不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是‘它风求民，安可诬也”他斥责王莽、张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李蛰认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己行动的人物，足以称为“上人’，而李蛰自己能作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”

这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的《藏书》之中。李蛰对这部书自视甚高，称之为“万世治平之书，经筵当以过读，科场当以选士，非漫然也”并且预言“千百世后”此书必行。他认识到，他的观点不能见容于他所处的社会，然而这个社会需要如何改造才能承认他的观点，在书中却不着一字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为一个矫饰的社会。

1601年初春，芝佛院被一场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和援绅所指使的无赖。这一案情的真相始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。

李蛰在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国极又正掌理西北军事。梅国侦有一个媒居的女儿梅请然曾拜李蛰为师，梅家的其他女眷也和李蛰有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李蛰对舆论不加理睬，反而毫无顾忌地对糖然和她的抽程大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“据然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅塘然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间据然固奇，善团、明因等又奇，真出世丈夫也。他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于利法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿系犹以为姐，何况人乎”这些情。他把浩然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问入他还有一首题“绣佛精舍”的诗：“闻说情然此日生，据然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今春绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫很清，绣佛精会是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”

写作这些诗文函件的时候，李蛰已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李蛰那妓和出入于寡妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该鸣鼓而攻之。

事情还有更为深刻和错综的内容。李蛰的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李蛰的言行既然有关风化，也就是和官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李蛰究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹是生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈；地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。