认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李蛰既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时，根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李费提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文权”的王朝。所谓“文极”就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外联携”努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就波，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。

然而在这易代的前夕，李蛰又如何为自己打算呢？即使其对李蛰还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为利科绘事中张问达所解决。张问达递上了一本赛疏，参劾李蛰邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李蛰的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可根者，寄居麻城，律行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引土人妻女入庵讲法，至有携装枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆土人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李蛰妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“选来缓绅大夫，亦有学咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李蛰已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”

皇帝看罢奏流之后批示：李蛰应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。

在多数文官看来，李蛰自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李蛰被捕之日，天主教传教土、意大利人利玛窦（此人和李蛰也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学上尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲想圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为利部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用怫经，但是在1599年，即李蛰被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学土，他正在精研‘位藏”和“佛藏”这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李蛰，毕竟不能算做理直气壮。

但是另一方面，李蛰之所以罪有应得，则在于张问达的奏流具有煽动的力量，而他使用的‘罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。

从各种有关的文字记载来看，李蛰在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回淹了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。

一天，李蛰要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自机但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李蛰作了一次简单的对话。当时李蛰已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：

问：“和尚痛否？”

答：‘不痛。”

问：“和尚何自割？”

答：“七十老翁何所药”！

据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李蛰才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李蛰“不食而死”