潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑尚书，当时为了代张居正的家属求情，犯圣怒，因而被革职为民1587年黄河几决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若急置。1588年，在讨论总理河大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作决请求。正好这时候皇帝自己提这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中了“皇上留意河，用旧人，一时在任，皆称措练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之任“总督河兼理军务”一职，也就等于自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。

1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战亡。北京的文官大分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学土讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取态度，然而申时行则持有不同见解。

在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他理得当，才未酿成大变。

对这样规模浩大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的衔，以便于他在许多府县征用人力力。所有的民夫、工、粮、医药和通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要有行无可疵议的记录，这才能受众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。

申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570一1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他落首领也分别给予不同的名义。

1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独冲到事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时箭中了这位莽汉，致使他第二天疮发死。于是军中群情激愤，决要为他报仇。洗泥副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，兵作战。顺义王褡力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洗河，临巩。情势如箭在弦上，一即发。

然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信格力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴了本朝的弱，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然兵，纵使在局地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定的胜利，则可以使本朝彻底垮台。

地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周捆。这一用泥土、树枝制造的大圆遇可以膨胀，因而不致被急冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿祝。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓促抢护而成的士堤上。待到决堵，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌岗石，远望一线白，颇为观。

俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿黄吉台尚能维持现状，到了孙接力克，就已经没有约束各落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失免和火落赤两，尤其不受节制，经常向西南方向扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”即抢劫这一带的回、藏诺，而并非侵犯天朝。这法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。

这一次理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看：军事机构受文盲控制不是没有理由的。边防需要作全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢见事过问。因之皇帝的领导多少带有象，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以预。然则在要关，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。对这使他更一步地会到了本朝传统的优越：让年轻的太受傅于翰林学士，实在是瞻远瞩。日后太登极，翰林学士也被摆升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。