个人，就得罪了一批人；得罪了一批人，也就得罪了全国。这正如他同年王世贞所说，张居正一套偏激的办、法，是和全国的读书人作对。

张居正又错误地使用了懈复这一动物。监察官是征集舆论、平衡阴阳、在公益和私利中找到折衷的工具，元铺张先生却用它来推动自己的政策。御史和绘事中只检举对他不利的人物，不纠察他的行政，这种情况使他们与特务警察无异。因之张居正虽没有独裁者的权位，却有了独裁者的神通。要不是在他执政之日有这种普遍被压抑的恐惧和怨恨，以后的反张运动就不会引起这么多的同情，动员这么多的力量，产生这么多的枝节。

1585年，万历皇帝决心将张居正一案作为历史看待。申时行也决心防止这样的政治波澜再来掀动本朝的上下机构，他呈请皇帝停止张居正所制定的考成法。为了有效地管制全国各府县，这一考成法规定各科给事中按年月记载各地方官的政绩，其标准为欠税是否能够追缴，盗匪是否能够擒获。官员前案未结，就不许升迁离职，甚至有些已经退休或正在养病的官员还要被传询答复问题。现任首辅申时行认为这种方法有欠公允。因为税收能否如额征足，有其多方面的原因，而不完全决定于县令府尹的能力和办事精神；匪盗就擒或漏网，更多出于偶然的机会，如果上官不顾困难，一味逼迫下属，下属又逼迫兵丁捕快，就会促成许多嫌疑犯屈打成招，这也不是清明宽厚的本朝所宜有。万历听罢首肯。这样，张居正时代惟一有组织性的条例也就此撤销。

为了表示胸襟开阔，申时行对参劾过自己的官员概不追究，甚至还建议其中的几位官员晋级。另一件出人意外之事则是他替邹元标说好话。这一位邻元标，除了上书触怒圣颜之外，还帮助反对申时行的一派逐走了他的儿女亲家徐学漠。万历本来想重办邹元标，申时行出来讨价还价，终于使邹没有受到廷杖，仅以除籍了事，而在邹元标离职以后，申时行还在设法使他能第二次被召复职。

1587年又值京察之年，这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次，全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔，所以也同于京官在考核之列。与他前任1581年的原则相反，申时行力主人事上的稳定。随即消息传来，政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果，凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免，而且这33人，没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种想道稳定了文官集团的情绪，也稳定了首辅自己的地位，他被众口交誉为老成持重，有古君子之风。

他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。

在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的劝说能力，委婉地请求今上放弃他禁中内操，即在皇城中训练以宦官编成的军队，并同意不再随便出城巡阅，管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情，如果不是申时行采用恰当的方式调停，很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法，要是他们一定要以道德的名义在御前海谏，言语冲突之余，万历一动反感，很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然，确已尽到从中调济的职责。

反对申时行的则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治？