大牧首菲拉列特享有与沙皇同等的待遇，菲拉列特的命令等同于沙皇诏书，大牧首成为实际上的太上皇。此后，菲拉列特大牧首逐渐掌握了实权，以铁腕手段开始对俄罗斯实行统治。最终菲拉列特大牧首将大贵族实力排挤出了决策中心。也就在这个时候，俄罗斯才在实际上结束了自伊凡雷帝之后开始的“混乱时代”

1632年4月，波兰国王西格蒙德三世去世。波兰举国发丧。俄罗斯认为时机已到，大举兴兵，军队浩浩荡荡开往西线。最初俄军势如破竹，很快就攻克数座城市，打到了斯摩棱斯克城下。波兰王子弗拉迪斯拉夫继位，得到战报，马上集合军队，驰援斯摩棱斯克。俄军在斯摩棱斯克城下久攻不克，伤亡惨重，最终兵粮殆尽。只好无功而返。

1633年，菲拉列特大牧首病逝。莫斯科朝中的大贵族们卷土重来。再度掌握了实际权力。沙皇米哈伊尔并未对此进行抗争，而是以息事宁人的超然态度，将手中的权力拱手让出。

1626年，米哈伊尔再度结婚，这一次选中的皇后是叶夫多基娅。斯特列什涅娃。婚后米哈伊尔有了几个孩子，但是能够活到成年的只有两个：一个是皇太子阿列克谢，另一个是公主伊琳娜。

菲拉列特大牧首首先采取一系列措施，稳定民生，加强税收体系，通过税收充实了国库。为此俄罗斯开始了新的居民数量统计和国家财产统计，大力鼓励同国外的贸易，关税收入成为一项主要的财政来源。在这个危难时刻，广袤的西伯利亚为俄罗斯创造了大量财富，俄罗斯商人通过向欧洲出口昂贵的裘皮和木材获得了巨额利润，俄罗斯国库也因此逐渐变得充实起来。在巩固物质基础之后，俄罗斯重整军队，励精图治，希望用武力夺回被占领的土地。

米哈伊尔登基后，朝中大贵族们不遗余力地开始平定俄罗斯内乱，对外则试图通过谈判归还被外敌占领的国土。俄罗斯先是同瑞典进行了长期谈判，两国终于在1617年签订合约，瑞典将诺夫哥罗德、普斯科夫等五座城市归还给了俄罗斯。但是作为交换，俄罗斯被迫将环绕芬兰湾的亚姆、伊万城等五座城市割让给瑞典，实际上是切断了俄罗斯通向波罗的海的通道。为形势所迫，俄罗斯不得已签订了这个条约，失去了在波罗的海的出海口。

俄罗斯同波兰的关系更为复杂，不可能采取对待瑞典那样，通过谈判解决问题。根本原因在于波兰不承认米哈伊尔是俄罗斯的沙皇，坚持应该让波兰王子弗拉迪斯拉夫做沙皇。俄罗斯试图劝说南方的克里木汗国和土耳其援助俄罗斯，共同进攻波兰，但是这一计划没能够得以实现。米哈伊尔曾发兵斯摩棱斯克，军事行动也以失败告终。

米哈伊尔既没有经验，也没有能力治理国家。他本人性格软弱，没有独立人格，对母亲和身边近臣的话言听计从，根本不具备一个统治者所应有的意志力。这样尽管米哈伊尔名义上是沙皇，但实际上大权被掌握在朝中的大贵族们的手中。

米哈伊尔虽贵为沙皇，但一举一动都受到教会和宫廷礼仪的约束，加上性格软弱，对自己的母亲可谓俯首帖耳。当米哈伊尔20岁时，他即将举行大婚。按照传统，在克里姆林宫内召集了众多贵族家族的少女，由沙皇本人挑选未来的皇后。米哈伊尔比较中意的是贵族赫洛波夫家的女儿玛丽娅。但是米哈伊尔的母亲玛尔法擅作主张，逼迫米哈伊尔迎娶另一位贵族女子为妻，并把赫洛波夫一家流放到西伯利亚。此后，在玛尔法太后的主持下，米哈伊尔于1624年同多尔哥卢基大公的女儿成婚。婚后才发现，这位大公女儿原来就有病在身，婚后不到三个月，皇后就因病而亡，米哈伊尔成为鳏夫。然后在1626年和多迦结婚，有七女三子，这些孩子身体都不好，只有三女一子活到成年。米哈伊尔自己也病病歪歪。