大量死亡的另外一个原因就是瘟疫。在暴动中被干掉的那些奴隶，饿死的奴隶的尸体一直就堆在运河工地附近。负责看押的军队并没有想过要清理这些尸体，这也是皇帝的命令，要让所有的奴隶都知道一点，要想活命，就得拼命干活，不然就是死亡！而这些事体在沙漠烈日的暴晒下很快就会腐烂变质，结果就是导致大规模的瘟疫爆发。

瘟疫也威胁到了明军的安全，这至少让明帝国不得不从国内运送更多的葯材来解决军队内部的病患问题。最严重的一场黑死病差点就导致埃及崩溃。不过，在东方，黑死病实际上是很常见的，东方人对黑死病的抵抗能力还要好一点。相反，在西方，黑死病的破坏力大得多，特别是对埃及地区的原住民来说，这简直就是一场灾难。

在两年中，根据明帝国的官方史书记载，至少有十五万劳工死于瘟疫，而实际上，这个数字恐怕在四十五万左右。除了这些劳工之外，瘟疫在埃及，以及西亚地区的大规模流行，还至少夺走了三百多万人的生命！

可以想像，在当时，这条运河是怎么修起来的。而正是死了这么多人，才完成了运河的一期工程，因此，这成为了朱祁钰受到的最多的置疑与非议的地方。很多西方史学家都认为，正是这条运河，最终导致了突厥这个民族的灭亡。

当然，这绝不是朱祁钰一个人的“功劳”他也没有那么大的能力。整个运河的修建时期长达一百多年，前后进行了五次大规模的修建与扩建。朱祁钰时代的工程只有两期，除了第一期两年的修建之外，后来还有第二期，持续了十多年的扩建与改善工作。

在第二期工程中，主要的劳动力仍然是突厥人，还有埃及人，以及被送来的日本劳工。这一期工程持续了十四年，直到朱祁钰驾崩之后两年才完工。而在第二期工程中，又有数十万奴隶倒在了运河的两岸。

随后，明帝国数代皇帝，将数次大规模征战，以及平叛战争中的战俘，奴隶全都押来修建苏伊士运河。通过数代帝王持之以恒的努力，苏伊士运河修通了，而曾经强大一时的突厥族也从地球上消失了。可以说，随着一条运河的出现，一个民族也走向了灭亡。除了突厥族之外，还有数十万埃及人，数十万日本人，数十万阿拉伯人，数十万欧洲人倒在了运河的两岸，如果算上在此期间爆发的数次大瘟疫，以及数次持续时间长达两年以上的大饥荒，以及这期间围绕着运河控制权而爆发的战争而死亡的平民的话，为了修通与完善苏伊士运河，整整有近一千五百万人成为了这条大运河的基础！