军医的需求量是很大的，很多医生只是在军医院进行了一年，甚至半年的培训之后，就被送到了前线部队去，难以长期进行某一个项目的研究。

这些都严重的制约着帝国军医院在学术领域的发展。而当时朱祁钰是比较重视现代医学的，特别是外科医学，这也是因为战争需要。众所周知，中医在外科领域内并不算发达，而且对时间要求极为严格的战场急救确实起不到多大的贡献，就算曲华亦研究出了当时世界上最好的金疮葯，并且已经在军队中大量使用，挽救了很多军人的生命，不过，对于后来越来越多的枪伤，特别是由铅等重金属造成的枪伤来说，中医就显得心余力绌了。这也是朱祁钰为什么重视现代医学研究的主要原因，没有一套良好的现代医学体系，就无法在战场上保证众多伤员能够康复，更不能保证一些原本不需要付出更大代价的伤员残废，甚至死亡！

从这几个原因来看，成立帝国医学院，并且主要侧重理论与学术性方面的研究，为现代医学体系打下基础，这是最为重要的。现代医学体系中，除了要具有一定的外科基础之外，其实最为重要的还是化工工业，也就是现代制葯业！中葯有着本身的独特性，在很多地方，甚至是不可代替的，比如很多疑难杂症，用现代医葯是根本治不好的，但是却可以用中葯来治疗，而且效果非常好。这也是中葯无可替代的一个主要原因。同样的，现代医葯本身也是不可能被重要完全替代的，与中葯不同，现代医葯主要追求的是迅速的治疗效果，而这对当时的情况，特别是对军队来说，简直有着决定性的重要作用！而现代葯物的基础就是化学，只有化学发展起来，才能有现代医葯！

在帝国，化学这门学科几乎是从零开始发展的，皇帝给帝国公立大学学生带去的只是一些简单的化学常识，并且帮他们在化学门学科的大门上撬开了一条逢而已，接下来，就几乎是那些对这门学科热爱的科学家开始自力更生的开始钻研了。经过了十多年的研究，化学在帝国公立大学已经有了很重要的地位。比如当时，就已经有人制造出了火棉，也就是硝化棉这种猛炸葯，只是因为极为不稳定，所以才没有得到使用。

而化学家对物资的分析，也已经达到了一定的水平，特别是在解决了化学研究的工具（玻璃器皿）之后，化学的发展速度提高了很多，并且已经深入到了每一个领域内！

在此基础上成立帝国医学院，其实就是将军医院的一批主要搞研究的医生，再加上帝国公立大学的医科教师，学员，一些化学学科的教师集中了起来，成立了这所新的大学。不过，在选择第一任帝国医学院的校长时，朱祁钰犯难了。