萨藩赔偿大明军费二百万两白银；另商船的损失以及船员的伤亡失踪萨藩也要相应的赔偿，并郑重向大明歉萨藩开放鹿儿岛郡、川内为商埠，同时日本幕府也答应对大明开放长崎、福冈、日南、崎等九州岛中南数个港为商埠，并在鹿儿岛设立租界，租界区域内立法行政以及安全都将有大明负责，租界之民并享有外豁免之权。

日本萨藩割让吐噶剌列岛及所有附属各岛屿给大明，这些岛屿日后将属于大明琉球行省，大明将派军队行驻守。

宅重利领兵镇压暴，却于十一月十四日被起义打败，首异。天草起义而包围了富冈城。

消息报至江，德川家光将军大为恼火，立刻派遣重臣板仓重昌前往九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草地起义闻报，结合为一，后退到已经废弃的原城，笼城固守。原城在“岛原、天草之”爆发前，虽被废置不用，基本地土垒木墙还没有被扒平，这就给了起义军一个很完的据地。

允许大明商人人在日本通商岸设立领事官和工厂及输各机，并且还享受低额的税收，彼此的最惠国待遇；

吐噶剌列岛内日本国居民，两年之内任便变卖产业搬界外，逾期未迁者，将被视为大明公民。

经过两个多月的谈判，大明与萨岛津终于达成最终的和平协议，并通过日本幕府同意正是签署，史称《鹿儿岛条约》。

且说板仓重昌来到岛原城中，集合了包括松仓胜家、锅岛胜茂、有丰氏等周边诸侯，集合兵，向原城发起了猛烈攻。重昌一开始并没有把起义放在里，认为那些作的农民无拳无勇，本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而一连发起两次总攻都未能得手，己方反而损失惨重，重昌不禁涔涔汗下，意识到原城中定有通兵法之人存在。

和谈对萨岛津来说更加是一煎熬，每达成一条协议，萨自的损失就加重一分，就好像看着比人从自己上剜一般，清楚的看到那锋利的刀落下在提起，刀刀见血，寸寸到。

关原合战后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为狼人，据说四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术…所谓神通广大，能活死人，白骨，大概不是完全的空来风吧。

天草四郎，他原本的苗字应该是益田，乃是小西行长的家臣益田好次之。本名益田时贞，父亲益田好次是小西行长的家臣。后来时贞被过继给天草甚兵卫，改名为天草时贞。天草自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。有一位相士曾对天草说：“阁下面相尊贵，本应掌握天下，只可惜生在德川时代，难成大事。”

鹿儿岛条约包括如下内容：

日本国不得逮捕为大明军队服务的人员；

北九州地区乃是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后都被迫潜伏了下来，趁着这次动再度抬。因此固守原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的狼人…四郎时贞首先是这些狼人们的领袖而这个前、后两国跟萨国却是密相连，如此爆发了大规模的起义战事，幕府就算有军队也顾不上他了，而且这个时候自己领地也现了不稳的现象，形势急转直下，迫使萨岛津向大明低，开始和平谈判！

大明立刻停止对萨岛津的一切军事行动；萨岛津公开澄清琉球归属大明的事实，并且日本幕府承认大明是其宗主国，不过这一条日本幕府开始不承认，但是后来为了得到大明军事上的援助，而解决国内岛原、天草之，因此达成了一个秘密协定，没有对外公开。

条约批准后两个月内，两国派员赴鹿儿岛办理移手续。

有趣的是，起义军的首领却是一个年仅十六岁的少年，俗称为天草四郎时贞。据说这位英俊少年乃是上帝派遣来拯救生活在火之中的日本天主教信徒的，有莫大神通，教徒们无不尊奉他为“天人”、“天使”一切都唯四郎时贞首是瞻。

因为条约在萨藩的鹿儿岛签订的，所以这份合约理所当然的就被称之为《鹿儿岛条约》。