理谋害达赖喇嘛案专门成立的“特别会议”逮捕了原摄政王迪牧活佛后，由顿珠噶伦在布达拉宫夏钦角牢房进行了秘密审讯。按照达赖喇嘛口谕，顿珠噶伦没有对迪牧活佛施加酷刑，审讯时让他坐在卡垫上说话。顿珠噶伦的口气也很平和，就像平日里说话聊谈那样。

迪牧活佛瞪着对方，心里骂了一句：“加巴索！”但他明白，这只不过是习惯而已，支撑詈骂的，已不再是记仇泄恨的惯性了。他天生火大愤盛，闭关静修差不多就是一个消解怒火、清凉自己的过程。但是现在，似乎用不着这个过程了。修行其实在闭关之外，当罢免的消息传来，当他因此耳冒鲜血，昏死过去，那瞋恨的极限就已经来临。他的心情就像过山，翻过峰巅，就是一抹下坡。当然会有挫败的伤痛、沮丧的叹息，但已经不再是烈焰的藩篱、困兽的挣扎了。

顿珠噶伦说：“你看，我们这里没有刑具，达赖喇嘛对你这么好。”

迪牧活佛惨然一笑。他知道用刑不用刑，人家都是要达到目的的，这就是达赖喇嘛亲政后必然要扫除一切可能存在的异己，巩固他自己还无法踏实坐稳的地位。而他迪牧活佛不过是人家走向权力峰巅的一块垫脚石，软硬都要被踩在脚下。他的命运不在用刑上，而在死活上，他必死无疑。因为尽管在抗英问题上他和朝廷数次对立，但朝廷一直没有放弃对他的信任。一个依然被朝廷信任的前摄政王，是很容易东山再起的。

更重要的是，英国十字精兵已经打到江孜，如果不委罪于前摄政王，谁又能为屡战屡败承担后果呢？

顿珠噶伦的所有问题都是已经认定了的，承认不承认都是罪。争辩显得微不足道，一切都没有意义了。问到最后，迪牧活佛说：“你们要我承认什么，就写上，我签字就是了。”顿珠噶伦便亲笔替迪牧活佛写了一份《认罪书》，迪牧活佛看都没看，就写了“承认所有罪过”几个字，然后签了名。

顿珠噶伦满意地说：“愚蠢的人常常争吵，聪明的学者往往安宁。你一个聪明的学者，当之无愧的大活佛。”

不知疲倦的顿珠噶伦离开迪牧活佛，又进入另一间牢房，将《认罪书》摆在了罗布次仁面前。

罗布次仁看后流泪满面：“我为了摄政哥哥把命都豁上了，他自己却招供了这么多，有的没有的都成了事实。我怎么办？我要是不承认有罪这张嘴能说得清吗？”但他还是拒不签字。

顿珠噶伦便叫人严刑拷打，直到皮开肉绽，罗布次仁才勉强摁了手印。

涉嫌谋害达赖喇嘛的其他人，都遭到了酷刑的折磨。

然后，罪状查清了。接着就是实施判罚。

“特别会议”召集人顿珠噶伦派人专门在丹吉林院内修造了一所一步见方、只能坐不能睡的狭小牢房，把卸任摄政王迪牧活佛关在里面，令其闭户修行，每天一饭，不得温饱，早中晚大声口诵一百遍《忏悔经》。

罗布次仁被定为此案罪大恶极的首犯，没收全部财产和庄园，带木枷镣铐交给拉萨尼姑寺严管，如若不服，再交布达拉宫夏钦角牢房重处。这时的罗布次仁已经被严刑打残，多处伤口化脓生蛆，不几天就死在尼姑寺。期间妻子德吉前去尼姑寺探监，因重贿狱卒，违背了禁令，被顿珠噶伦派人用皮鞭活活抽死。

旺秋活佛是大昭寺的护法神，没收全部财产，终身监禁，死后不准转世。但其实在宣判之前，旺秋活佛已经被活活打死。

娘竺活佛没收全部财产，终身监禁，死后不准转世。他一直被关在布达拉宫夏钦角牢房，知道宣判后，偷了狱卒插在靴筒内自卫护身的小刀，割脖自尽。据说他割脖后很快被人发现，报告给顿珠噶伦。顿珠噶伦说：“等血流干了再救他。”

姜央喇嘛是达赖喇嘛的起居堪布，为陷害达赖喇嘛的重犯，但念其犯罪之前殷勤伺候达赖喇嘛有功，从轻发落，废除“堪布”称号，交布达拉宫夏钦角牢房终身监禁。

白热管家被没收全部财产，终身监禁，几天后死亡，死因不明。