把这样一个重要任务委托给像巴尔博亚这样一个声名狼藉的冒险家和叛逆者，而是派遣一个非常认真的总督，即出身高贵、受人尊敬、年已花甲的老人佩德罗·阿里亚斯·达维亚（大多数人称之为佩德拉里亚斯）作为国王的总督来维持殖民地秩序，审判一切至今所犯的罪行，寻找南海，并占领所许诺的黄金国。

现在产生了一个使佩德拉里亚斯感到恼火的情形。一方面，他的任务是要使叛逆者巴尔博亚为其以前赶走总督负责，如果他的罪证确凿，就要判他监禁；另一方面，他又有发现南海的任务。他的船刚靠岸，他便知道，他要控告的这位巴尔博亚擅自完成了伟大的事业，这位叛逆者已庆祝过他所取得的胜利，自美洲被发现以来他为西班牙王国建立了最大的功勋。当然，他现在不能把这样一个人像个普通罪犯那样吊死，他必须有礼貌地向他致敬，真诚地向他祝贺。从这时起，巴尔博亚已经输了。佩德拉里亚斯绝不会原谅这位竞争者独自去完成应该由他去完成的、并保证他永享光荣的事业。为了不要过早地激怒这些拓荒者，他必须隐藏起对英雄们的仇恨，调查延期，甚至建立起一种虚伪的和平。与此同时，佩德拉里亚斯令其仍呆在西班牙的女儿同巴尔博亚订了婚。但他对巴尔博亚的仇恨和嫉妒丝毫没有减少，相反只有加深。现在从终于知道巴尔博亚事业的西班牙传来了一道圣旨，追认这位以前的叛逆者擅自取得的称号，同时将巴尔博亚封为贵族。给佩德拉里亚斯的任务是要他在每项大事上都要与他共同商量。这块土地对两个总督来讲显得太小，一个必须离开，两人中必须有一个要灭亡。巴尔博亚感到随时有生命危险，因为佩德拉里亚斯手里掌握着军权和司法。于是他想第二次逃亡，他第一次逃亡成功，因逃亡而名垂千古。他请求佩德拉里亚斯允许他组织一支探险队去侦察南海海岸和占领其周围广大地区。但这老叛逆者的私下打算是在海的另一边不受任何监督地建立一支舰队，并成为他自己地盘的主人。如果可能的话，便去占领这个传说中的“比鲁”这个新世界的俄斐。

佩德拉里亚斯阴险地同意了。要是巴尔博亚在冒险中遭难更好；要是他的事业成功，那么总会有时间除掉这个沽名钓誉的人。

于是巴尔博亚开始了他的新的逃亡，向名垂千古逃去。他的第二次行动也许比第一次更伟大，即使历史上未赋予第二次行动以同样的荣誉，但历史总是歌颂成功的人，这一次，巴尔博亚不仅率领自己的士兵穿过地峡，而且还让数干名土著居民将建造四条双桅帆船用的木料、木板、帆、锚、绞盘等都运过崇山峻岭。因为他若在那里有了舰队，往后便能占领所有海岸，征服所有珍珠岛和传说中的比鲁。但这次命运是反对敢于冒险的人的，他不断遭到新的抵抗，在穿过潮湿的热带丛林的行军路上，蛀虫蛀坏了木头，木板都烂得无法使用。巴尔博亚毫不气馁地在巴拿马湾又砍伐了一些新的木材，制作了一些新的木板。他的干劲创造了真正的奇迹——一切似乎都很顺利，太平洋的第一批双桅帆船也已造好。这时，一场龙卷风突然把停泊着已造好的双桅帆船的河水全部卷走。已造好的船只都被撞毁在海里。必须第三次从头开始。现在终于又造好了两条双桅帆船。巴尔博亚还需要两条、三条、以至更多，才能出发去征服一个国家——自从那个酋长当时用那宽大的手指向南方和他第一次听到那诱人的“比鲁”一词以来，他梦寐以求的国家。虽然几个胆大的军官来要求发给士兵们较好的补给品，他还是能建立起自己的国家！虽然只有几个月的时间，但幸亏有了这种内在的大无畏的精神，世界历史才没有将皮萨罗，而是将巴尔博亚称为印加入的战胜者，秘鲁的占领者。死亡

巴尔博亚用一种钢铁般的意志来准备自己的伟大事业。正是这种大胆的成就造成了他的危险，因为佩德拉里亚斯猜疑的目光一直忐忑不安地注视着自己部下的意图。或许由于告密，他听到了关于巴尔博亚追名逐利、幻想统治的消息，或许他只是由于嫉妒而害怕这个老叛逆者的第二次获得成功。总之，他突然送给巴尔博亚一封热情洋溢的信，信中说，他希望在巴尔博亚开始进军之前，能回到达里安附近的小城阿克拉来商议一下。巴尔博亚希望佩德拉里亚斯继续支援兵力，于是他接受了这一邀请，并立即赶了回去。在城门前迎面走来一小队士兵，表面上好像是欢迎他。他满怀喜悦地迎着他们走去，以便拥抱他们的队长——他多年的战友，发现南海时的伙伴，他的可信赖的朋友，弗朗西斯科·皮萨罗。