徐阶一向是支持海瑞的，他甚至是海瑞的救命恩人。海瑞因痛骂皇帝而被捕下狱，刑参照儿诅骂父亲的条例，主张以绞刑，被徐阶压了下来。嘉靖皇帝自己对于杀不杀海瑞也一直都很犹豫。他一会儿承认海瑞说得也有理，一会儿又觉得不杀了这个目无君父的畜生简直忍无可忍。徐阶便找了个机会悄悄对嘉靖说：像海瑞这样的草野狂夫，本就不值得为他动怒。他无非明知皇上圣明，故意来找些岔，以便沽名钓誉。皇上杀了他，反倒成全了他。不如脆不加罪，他也捞不着虚名，大家也更会颂扬皇上德被四海。这话虽然不中听，但对海瑞却是小骂大帮忙，非如此不能将其从那暴君的虎中救。当时徐阶如果在嘉靖的耳边煽风火添油加醋，十个海瑞也得粉碎骨。

海瑞其实一开始就卷了派系斗争，只不过他自己不知。他既是派系斗争的受害者，也是派系斗争的受益者。他的升官和罢官，除一次是因为得罪皇帝外，其他几次都与派系斗争有关。第一次升官，由兴国知县调升主事，是因为严嵩倒台而他反对过严嵩的党羽；第二次升官，是因为徐阶的引荐而徐阶反严，罢官则因张居正主政而他又非张居正一党；第三次复，则是因为张居正已死并被问罪。但海瑞并不把自己的升迁和朝局的变化联系起来。他持认为这是德上善与恶斗争的结果：自己被重用，是正气得到伸张；自己遭贬黜，则是邪恶占了上风。因此他一如既往地照自己简单的善恶二元论思想去判断是非决定行止：是善的就支持，是恶的就反对，而无论对方属何派系，也无论他们与自己是有恩还是有仇。

海瑞认为，既然太祖洪武皇帝是本朝的开国君王，既然君无戏言而太祖又制定了这些法令，既然这些法令又是完全符合圣人理想的，那么，就应该决执行，不打折扣，而不能考虑执行起来有无困难。因此，他不但力行，对微薄的薪金毫无怨言，而且决心像—个勇敢的斗士，向一切腐败的行为开火。

海瑞实在太天真了。他不知孔的主张原本只是一理想，也不知本朝开国已经二百年。洪武皇帝一些心血来的政令，即便是在当时，有的也只是一纸文。他当然更不知，官场的弊病并非只有贪墨，还有危险更大的一件事情———派系斗争。

海瑞确实是个工作狂。只要是他任内的事，都会不遗余力地去，而不惮其细碎烦琐。他任应天巡抚时，依例每月初二、十六两日放告，每次受理案件竟达三四千之多，还不包括平日受理的人命、盗和贪污案。其他职分事无细，也往往躬亲，几无休息之日。这作风，与当时文恬武嬉的官场风气自然格格不。谁也不愿意和这样一个古板、认真、不讲情面，只知疯狂工作而不通人情世故的人共事，更不愿意让他真的被树为官僚的楷模，因为谁也不到他那样。

然而海瑞到应天巡抚任上后，对徐阶的态度就大为改变。因为海瑞一到任，就发现此地最为严重的社会问题，是乡绅豪大量地占有土地，使耕者无其田，而税收无由。这些土地，都是土豪劣绅们从农民手里侵夺的，农民当然很想收回。听说连皇帝都不怕的青天大老爷海瑞来了，穷苦无告的农民们便纷纷向海瑞提控诉，据说仅松江府华亭县(也就是现在的上海)，提控诉的农民就达万人之多。松江府华亭县正是徐阶的故乡，而徐阶也正是侵占民田最多、最为小农民痛恨的一个大地主。徐阶一家，是个大家族，几代没有分家，因此成员多达数千。他们一家占有的土地，数字也很吓人，有说二十四万亩的，有说四十万亩的。这么多的土地，当然不可能是他的家人诚实劳动所得，只能来自巧取豪夺。更为严重的是，他们兼并土地以后，还仗势拒赋税。地方官畏于徐阶的官威，不敢认真收，只好在其他自耕农上

海瑞狱后，徐阶对他信任提有加。海瑞这一阶段的青云直上，与徐阶有很大关系。海瑞虽然迂阔，还不至于不识好歹。对于这位于己有救命之恩又有提携之恩的首辅，内心十分地激。徐阶主政以后，也确实了不少好事，比如清除了严嵩的党羽，法办坑害人的巫师，减免了四十万两盐税，人民拥护，海瑞也拥护。于是，徐阶在海瑞心中，就成了一个正人君。当徐阶受到拱、李芳等人攻击时，海瑞是决站在徐阶一边的。此时海瑞对徐阶，可以说是激、敬重，还有些崇拜。

因此，海瑞到应天巡抚任上，就拿徐阶开刀。