向首辅徐阶透露过这个意思。他把海瑞比作殷末的忠臣比干，却又不肯承认自己是纣王。他承认海瑞说的也有道理，却又认为自己年老病重，不可能再改了。因此他只有责打宫女来出气。这样拖了一段时间后，嘉靖还是下令逮捕了海瑞，交锦衣卫审讯，问成死罪。然而嘉靖又一直不批准海瑞的死刑，只是将他交东厂监禁。十个月后，嘉靖终于死去，成为一个已经知道自己过错却又“死不改悔”的皇帝。消息传来，狱中以酒肴招待海瑞，祝贺他出狱有望，海瑞却放声号哭，继以呕吐，最后晕倒在地。

新君隆庆皇帝登极以后，海瑞被释出狱。现在他已成了更大的英雄，其声望之高，整个帝国无人不晓。他很快就官复原职，又一升再升，其职衔已于前述。事实上不升也是不行的。没有哪个吏部的官员胆敢反对这位举国瞩目的英雄人物步步高升，也没有谁会对他的品行道德提出质疑。这样，在相当短的时间内，海瑞一步步地升了上去，直至升到应天巡抚，然后因遭弹劾而被迫辞职。

海瑞的第三次罢官完全是他自找的。

依照内阁和吏部的想法，对海瑞的最好的安排，是让他担任一种品级较高而实权较小的职务，把他当作一个活化石供在庙堂之上。这样对大家和他自己都比较合适。再说，像海瑞这样连皇帝都敢骂的人，放到哪个要害部门都是麻烦。万一闹出什么乱子来，不但大家脸上不好看，对海瑞自己也没有什么好处。因此，内阁和吏部的安排，亦无妨看作对海瑞的保护。

然而海瑞却不领情，他的责任心和使命感都不允许自己尸位素餐，无所作为。他不理解朝廷为什么对他表示了足够的尊敬却又不给予信任，也不能满意于在一个又一个体面而又无聊的闲职上耗费光阴。于是，他决定表示抗议。或者说，将内阁一军。他的机会很好，这一年(公元1569年)正好是所谓“京察之年”海瑞便趁机给皇帝上了一份奏折，宣称像他这样不能为国家作出重大贡献的官员，其实应予革退，颇有些“当官不为民做主，不如回家卖红薯”的味道。

内阁和吏部拿这个咬不动、煮不烂、杀不死、吓不怕又死不开窍的怪人毫无办法。既然不能罢黜，那就只能给他一个实缺，任命他为应天巡抚，驻地苏州。何况，外放也有外放的好处：不在皇上和内阁的眼皮底下，眼不见心不烦，耳朵也要清净一些。

海瑞决心大干一场。他要扬善惩恶，移风易俗，作出一个榜样来。这种先声夺人的气势让许多贪官污吏土豪劣绅闻风丧胆。缙绅之家纷纷把朱漆大门改成黑色，以示素朴，弄得苏州城里好像家家都在操办丧事。气焰嚣张的江南织造太监也夹起了尾巴，把自己的轿夫由八人减至四人。但海瑞仍觉得很不过瘾，他下令：境内的公文，今后一律使用廉价的纸张。公文后面不许留有空白，以免浪费。他甚至干预官民的私生活，就连佩戴奢华的首饰和嗜吃甜美的零食，也在禁止之列。