司法岛篇（漫画：375－430话／动画：264－278，284－290，293－312话）

为了寻找船匠伙伴和修理梅利号，一行人来到之七都。但是在检查过后发现梅利号已经不能航行，鲁夫决定更换一艘新船。但是骗人布对此决定非常不满，与鲁夫决斗并且战败，然后离开了他们。之后，卡雷拉公司的老板兼之七都的市长艾斯?古遭到袭击，而攻击艾斯古的人似乎就是罗宾！

后篇（漫画：431－441话／动画：313－316，320－325话）

草帽海贼团、佛朗基家族、卡雷拉公司等人决定要去救回牺牲自己的罗宾和被抓走的佛朗基，一行人来到了世界政府的辖下的司法岛，展开与CP9的战斗，同时也揭世界政府的谋及以往的所作所为。

迪鲁篇（漫画：490－495话）

CP9篇：之七都篇（漫画：322－374话／动画：227－263话）

由于娜得到一不知名的病，使得全员必须前往磁鼓岛寻找医生。不巧的是，磁鼓岛因为先前统治者的关系，使得岛上只剩下一个医生，那就是住在山上的女Dr。古娃，鲁夫和香吉士为此踏上征山之途。与此同时，前统治者瓦尔波刚好回到磁鼓岛来抢回他的国家。鲁夫等人并在此遇见了帮助他们治疗和与瓦尔波战斗的医生多尼多尼?乔。

鱼人岛篇：鬼魂岛篇（漫画：442－489话／动画：337－话）

磁鼓岛篇（漫画：130－154话／动画：78－91话／剧场版9）

阿拉斯坦篇（漫画：155－216话／动画：92－130话／剧场版8）

司法岛篇结束后，草帽一行人挥泪火葬梅利号，一行人回到之七都。因为在司法岛的轰烈事迹，使得全船的人都遭到悬赏，草帽小蒙其?D?鲁夫3亿贝里、海贼猎人罗罗亚?索隆1亿2千万贝里、小偷猫咪娜1千6百万贝里、狙击王骗人布3千万贝里、黑脚香吉士7千7百万贝里、多尼多尼?乔50贝里、恶之妮可?罗宾8千万贝里、改造人佛朗基4千4百万贝里。及后佛朗基帮鲁夫他们建造了一艘新船“千号”船匠佛朗基也正式加了草帽海贼团。而罗宾亦打开了幼年的心结，成为草帽海贼团的真正伙伴。骗人布诚心歉之后，也回到了草帽海贼团。

草帽海贼团航行到鬼三角地带，在那里遇见了骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向幽灵船恐怖三桅帆船，然而居住在恐怖三桅帆船里的竟然是七武海月光?利亚，他会夺取别人的影，并且建立僵尸军团，鲁夫一行人和僵尸及利亚展开了艰辛的战斗，更遇上了七武海暴君索罗缪?大熊。大熊听从世界政府的指令，抹杀所有目睹利亚被击败的目击者，面对大的力量加上力耗尽，全团均无能为力并于劣势，最后大熊网开一面，放过他们一。后来得知布鲁克和在双峡遇到的大鲸鱼拉布有一段约定，然后布鲁克为了完成和拉布的约定，以音乐家份加草帽海贼团。

乔以船医份加草帽海贼团，一行人和公主薇薇来到了阿拉斯坦平。虽然在他们赶到皇时，内战已经开始了，但最后的一场雨，使得薇薇可以向大家说明七武海之一沙鳄鱼克洛克达尔的谋，内战亦随之结束。其后薇薇（和跑得快）向鲁夫等人别，就算脱离了海贼团但仍是伙伴之一。接着，新成员考古学家妮可?罗宾亦加了草帽海贼团。

香波地诸岛篇（漫画：496－513话）

和ss情人节为了追杀草帽等人从威士忌山峰来到小园与Mr。3搭档会合)

草帽海贼团朝鱼人岛发，途中遇到人鱼凯，她拜托他们从库洛一家以及飞鱼骑士手中救小八，而飞鱼骑士的领导者迪鲁竟然和香吉士悬赏单上的脸长得几乎一模一样。