，有个别兵士犯禁，立即处死，因此，明皇的军队受到当地百姓的拥护。明皇于是置太平兴国翼元帅府，自己做元帅，任命李善长为帅府都事。这样，明皇便开始了稳固根据地的工作。

至正十六年（公元1356年）三月，张士诚在长江三角洲地带发起攻势，进攻江南元军。乘此机会，明皇亲自统率水陆大军，第三次进攻集庆(今江苏南京)。在第三天，攻破城外的陈兆先军营，其部三万六千人归降朱元璋。但是，明皇看出降军心存疑虑，军心不定。于是他就从降军中挑选了五百名勇士当亲军，在夜里守卫，而自己身边，只留有亲兵统领冯国用一人。

第二天，降军知道此事，都十分感动，疑虑全消，甘愿跟随明皇打天下。于是，战争进行得十分顺利，不到十天，他便攻下集庆。

明皇进城后，下令安抚百姓，改集庆为应天府。小明王韩林儿获报后，升他为枢密院同佥，不久又升为江南等处行中书省平章。明皇在应天则设天兴建康翼大元帅府，以廖小安为统军元帅，李善长为左右司郎中。

此时，尽管明皇拥有十万兵力，声势比过去大了很多，但是占有的地盘仍然很少，而且四面受敌。东面和南面是元军，东南是张士诚，西面是徐寿辉，虽然同是反元武装，但是张、徐二人同小明王却相互敌视。不过，北面小明王、刘福通率领的红巾军主力，大大牵制了元军，而且，张士诚、徐寿辉的力量还不足以兼并明皇。这样一来，明皇暂时没有对付不了的敌人，并且面临着一个很好的发展机会。

明皇目前首要的任务是巩固以应天为中心的根据地。于是在占领应天不久，他立即派徐达攻取镇江。出战前，为了严明军纪，他故意以放纵士卒的罪名将徐达抓起来，并准备以军法处斩。此时，李善长出来求情，众将不知是计，也一起求情。于是明皇就顺水推舟，说看在众人的面上，暂时免去徐达死罪，不过要徐达攻下镇江后，做到不烧不抢，方可完全赦免徐达之罪。众将见对待主将尚且如此严厉，因此，无不严守军纪，镇江很快攻下。到1357年冬，明皇在一年的时间里先后攻下了金坛、丹阳、江阴、常州、常熟、扬州等地，控制了应天周围的战略据点。到1359年，从现在的地图看，明皇已经占领了江苏南京、太湖以西，往南经江苏、安徽、浙江三省交界处，到浙东的一块长方形地区。与四年前刚占领应天时相比，形势已大有改观。

在完成了“高筑墙”的部署后，明皇便着手实行“广积粮”了。在初期，军粮的解决主要是靠强征，即征收“寨粮”但是长此以往，军队就会成为纯粹的破坏力量，失去民心。为了解决粮食问题，明皇除了动员百姓进行生产外，决定推行屯田法，大力开展军队屯田，任命元帅康茂才为都水营用使，负责兴修水利，又分派诸将在各地开垦种田。几年工夫，到处兴屯，府库充盈，军粮充足。在1360年，明皇下令不再征收“寨粮”以减轻农民负担。为了积粮，明皇明令禁酒，但是其手下大将胡大海的儿子胡三舍与别人违法犯禁，私自酿酒获利，明皇知道后，下令杀了胡三舍，有人进谏说胡大海此时正在攻打绍兴，希望明皇可以看在胡大海的面子上放了胡三舍。执法如山的明皇大怒，坚决严明军纪，于是自己动手将胡三舍杀掉。