照皇甫嵩和朱儁最初的设想，这次兵分两路定能一举将围攻许昌的波才全歼。奈何战场形势瞬息万变，等到汉军来到许昌之后，才惊讶地发现许昌城已经被黄巾军占领，要想歼灭波才，那就只能着打一场攻战。更让人心惊的是，朝廷六万人前脚刚刚围困住波才，后脚波才的盟军彭脱和张曼成率军反包围了朝廷军。局面一下倒向黄巾军，而朝廷的军却面临着被十余万黄巾军围歼的不利形势。

孙得同僚指，得知彭城人张昭（字布），有大才，于是亲往彭城相邀。张昭族人为黄巾祸害不浅，央求孙护送其族人南迁，孙慨然允诺，张昭遂投孙帐下。

孙觉得可行，于是率大军沿淮逆向而上，直扑淮沿岸的汝城。孙亲自领兵攻汝城，他独当一面，亲冒矢石，率先登上了城墙。孙麾下众受到鼓舞，纷纷随其后，大军一日便攻下汝城。

朱儁赶派手下悍不畏死的亲兵，冲破黄巾军层层封锁，向正率一万多人昼夜向颍川发的孙报信示警。孙接到朝廷的消息之后，聚集帐下幕僚和将领商议军情。随军军师张昭建言，一万多援兵不过杯车薪，不如采取“围魏救赵”的策略，大军转向汝南，去抄彭脱的老窝。

至中平元年十月，各地黄巾声势渐弱，皇甫嵩和朱儁遂携大军虎牢关，围剿直接威胁到洛的黄巾军波才。此时波才已经攻打下颍川郡大，正率重兵围攻许昌；渠帅彭脱率领的五万人也攻打下了汝南郡所平舆城，听闻朝廷两路大军要抄波才后路，于是北上支援波才。大方首领张曼成率领三万人攻打南郡宛城，久攻之下亦被其得手，稍休整后，也准备回援波才一。

孙得了朝廷封赏之后愈发用心“剿匪”，不几日又攻破了距离平舆城不到七十里的鲖县城。此时彭脱率领的回援队已经抵达南顿，距离平舆亦不远矣。孙得知此事之后，单骑前沿侦察黄巾敌情，不想遇到了彭脱开路的先小队，不敌之下受伤堕，卧于草丛之中。

平舆城内黄巾守军得孙来攻的消息之后，急忙向渠帅彭脱求援。彭脱得报后大惊，于是不顾许昌城下战事正酣，撤了战团回援平舆。因为彭脱的意外撤军，黄巾军的包围圈立即了一个大缺，于是皇甫嵩和朱儁赶带着朝廷兵撤回洛。朱儁把孙的战功呈报朝廷，朝廷随即任命孙为平虏将军，鼓励其继续奋勇杀敌，报效朝廷。

黄巾军的先队不知此人便是孙，见他逃得远了便不再追逐。其时，孙已经在不远堕昏迷过去，亏得他所乘战跑回了军营，咆哮嘶鸣之后，韩当和程普赶随前去寻找，这才在草中发现了孙，救回营里。孙回营养了十几天，伤势略有好转，竟然又奔赴沙场，准备死守鲖。

理)在孙招募乡勇之时相继来投，被孙拜为帐下校尉。

稍休整之后，孙立即率军攻打汝南郡所平舆城东面不到百里的固始城。此战孙麾下韩当勇猛作战，受多箭伤毅然死战不退，程普、祖茂等人亦奋勇杀敌，留守固始城的数千黄巾守三日后彻底溃败，只逃去数百人前往平舆报信。