祖大寿眼见之下，吓得手足无措，出北京城后等了三天，见袁崇焕始终没有获释。崇祯派太监向城外袁部宣读圣旨，说袁崇焕谋叛，只罪一人，与众将士无涉。众兵将在城下大哭。祖大寿与何可纲惊怒交集，立即带了部队回锦州去了BE。正在兼程南下赴援的袁部主力部队，在途中得悉主帅无罪被捕，北京城中皇帝和百姓都说他们是“汉奸兵”，当然也就掉头而回。中国历史上甚么千奇百怪的事都有，但敌军兵临城下而将城防总司令下狱，却是第一次发生。

崇祯见祖大寿带领精兵走了，不理北京的防务，这一下可急起来了，忙派了内阁全体大学士与九卿到狱中，要袁崇焕写信招祖大寿回来。袁崇焕心中不服，不肯写，说道：“皇上如有诏书，要我写信，我当然奉旨。再说，我本来是督师，祖大寿听我命令。现今我是监狱里的犯人，就算写了信，祖大寿也不会重视。”但崇祯不肯低头，不肯正式下旨命他写信，只是不断派太监出来催促。后来兵部职方司郎中余大成劝袁崇焕说：“你的忠心和大功，天下皆知。君要臣死，不得不死，终须以国家为重。”袁崇焕想到了“以国家为重”五字，于是克制了自己的倔强脾气，写了一封极诚恳的信，要祖大寿回兵防守北京。

这时候祖大寿已冲出山海关北去，崇祯派人飞骑追去送信。追到军前，祖大寿军中喝令放箭，这时袁部将士怒不可遏，已把崇祯当敌人了。送信的人大叫：“我奉袁督师之命，送信来给祖总兵，不是朝廷的追兵。”祖大寿骑在马上，等他过来。使者递过信去。祖大寿读了信后，下马捧信大哭，一军都大哭。祖大寿对母亲很孝顺，他母亲又很勇敢，儿子行军打仗，八十多岁的老太太常常跟着部队。这时她劝儿子说：“本来以为督师已经死了，咱们才反出关来，谢天谢地，原来督师并没有死。你打几个胜仗，再去求皇上赦免督军，皇上就会答允。现今这样反了出去，只有加重督师的罪名。”祖大寿觉得母亲的话很对，当即回师入关，和清兵接战，收复了永平、遵化一带。也即是切断了清兵的两条重要退路BF。

如果这时崇祯立刻悔悟，放袁崇焕出来重行带兵，仍然大有击破清兵的机会。但崇祯只是一味急躁求战，下旨分设文武两经略。这又是事权不统一的大错误，大概他以为文武分权，总不能两个经略一起造反。文经略是兵部尚书梁廷栋，武经略是满桂。

清兵于十二月初一攻克良乡，得到袁崇焕下狱的消息，皇太极大喜，立即自良乡回军，至芦沟桥，击破明副总兵申甫的车营，迫近北京永定门。

申甫的所谓“车营”，是崇祯在惶急中所做的许多可笑事情之一。申甫本来是个和尚，异想天开的“发明”了许多新式武器，包括独轮火车、兽车、木制西式枪炮等等，自吹效力宏大。崇祯信以为真，立即升他为副总兵，发钱给他在北京城里招募了数千名市井流氓，成立新式武器的战车部队。大学士成基命去检阅新军，认为决不可用，崇祯不听。皇太极回师攻来时，这个战车部队出城交锋，一触即溃，木制大炮自行爆炸，和尚发明家阵亡。

满桂身经百战，深知应当持重，不可冒险求战，但皇帝催得急迫之至，若不出战，势必与袁崇焕一样，无可奈何之下，只得与总兵孙祖寿、麻登云、黑云龙等集骑兵、步兵四万列阵。皇太极令部属冒穿明兵服装，拿了明军旗帜，黎明时分突然攻近。明军不分友敌，登时大乱，满桂、孙祖寿都战死，黑云龙、麻登云被擒。京师大震。