人的完整头骨，就可以确定人类进化的独立性。从而让人类摆脱自己是不是外星人制造的，这种迷局。由此可见。北京猿人头骨的重要性和珍贵所在。

不过，北京猿人头骨出土的并不是时候。一九三七年，七七事变爆发，日本进犯中国。而此时，北京人头骨的化石一直保存在日本人不敢碰的，美资协和医院供德国古人类学家魏敦瑞做学术研究。

一九四零年十二月二十六日，日军占领北平，美国人和日本人也即将撕破脸。许多中国人已经察觉到风向不对，北京人头盖骨若是还放在北平很不安全。所以，此时的重庆的中央地质调查所副所长尹赞勋致信给中央地质调查所技术研究员，当时北平的新生代研究室副主任裴文中，述说险恶形势和对北京人头盖骨化石保存的担忧，并提出托美国友人运往美国学术机关暂存。

然而国宝交由他人，并且出境，实在是太触碰国人底线。一九四一年十一月，经过老蒋点头，美国方面同意将北京人头盖骨由领事馆安排、由美国人带出中国，暂存纽约的美国自然历史博物馆。

然而，此时转移为时已晚。北京人头盖骨按计划，是由美国海军陆战队护卫，乘北平到秦皇岛的专列到达秦皇岛港，登上“哈德逊总统号”，预定十二月八日抵达秦皇岛。

然而，在十二月八日上午，列车抵达秦皇时，日本人对珍珠港的空袭已经开始。

随即，驻扎在秦皇岛山海关一带的日本人对押运的美军发动突然袭击。负责押运的美海军陆战队的列车和军事人员包括美在秦皇岛的霍尔姆斯兵营的人员顷刻成为日军的俘虏。包括“北京人”在内的物资和行李当然成为日军的战利品。从此之后，不见踪影。

各种传说由此漫天飞舞，有人说北京人头盖骨早已毁于战火，有人说北京人头盖骨化石埋在日坛公园，有人说化石装在沉船“阿波丸”号上，有人说化石在“哈里逊总统”号上，有人说化石在“里斯本丸”号上，有人说化石在天津美兵营，有人说化石在原美驻北平领事馆，也有人说北京人头盖骨化石早已经被美军队秘密押运走了…

反正，瞻之在前忽焉在后，根本没个具体说法。

如果说，日本人不知道北京人头盖骨化石的珍贵，肯定不可能。且不说，日本人对于人类的起源也有研究，对中国的文物也有掠夺计划，资料详细。就是真的没有事先的资料，在发现被包裹了六七层的北京人头骨时，也会上报细查。而且，当年日本人还在占据北平后，对北京人头盖骨大肆搜查过一番。甚至，连周口店的挖掘现场，都劫掠了一番，连挖掘工具都没放过。