刚超过一万，而且由于部队建制基本被打乱，许多部队死的只剩下几个人，因此其战斗力很不容乐观。

幸亏马满原的那防守江北的三万人已经调过长江前来支援，只要等到马满原亲自率领的一万余人的后续部队到达，镇虏军的战斗准备就可以完成。

对于镇虏军来说，现在的任务就是休整，乘着这个战役开始前的空挡重新编组部队，并且加紧训练，以便让那些重新编在一起的士兵和军官们能够相互熟悉，让他们尽快适应这个磨合期。

林清华首先巡视的是辎重部队，除了关心部队的火药库存和那些在医院中养伤的伤员之外，他最关心的事就是部队的伙食了。自从开战以来，镇虏军基本上是以干粮为主，虽然士兵们能够吃得饱，但林清华并不十分满意，因为他懂得，如果伙食较好的话，那么就能够使部队保持较高的士气，很难想象，一支整天啃窝头吃咸菜的部队会有很高的士气。

在林清华的命令下，部队中的那些火头军很快行动起来，他们从附近征来一些船只，绕道到太湖中去打渔捞虾，并派人拿上银子到附近的村庄去买菜蔬和肉类，用这些太湖特产来改善部队的伙食。当士兵们喝着太湖银鱼和白鱼熬的汤，吃着包着太湖白虾的菜包子的时候，他们脸上那盘踞多日的哀伤与愁苦立刻消失了。

虽然太湖中仍旧有很多的水寇，他们杀人不眨眼，在太湖上打渔的渔民经常会有性命之忧，不过，当那些水寇看见那些抗着枪在湖上打渔的镇虏军火头军时，立刻吓的做鸟兽散，对于他们来说，只要镇虏军不去打他们，他们就谢天谢地了。

看到这种情景，林清华灵机一动，他立刻下令分出数千人的部队，前往太湖南边围剿那里的水寇。在身经百战的镇虏军面前，那些平日里耀武扬威的水寇立刻变成了不堪一击的豆腐，仅仅半天的工夫，镇虏军就挑了两座水寇的老巢，不仅缴获大量的银钱粮食，而且还趁机补充了少量的兵力。

见自己的这一计策得逞，林清华喜出望外，他决定再扩大剿匪的规模，一方面可以借此练兵，让那些新编组部队的官兵能够早日相互熟悉，而另一方面则可以补充军饷物资，而且这种做法还能够顺便剿灭尽可能多的水寇，使太湖早日安定下来。

说干就干，林清华当即下令部队每两日派出一个团，乘着船只前往太湖各处剿匪，两日后返回，再换另一只部队接替，依次循环，这样一来，既练了兵，又不至于耽误大军围困水寨里的日军。

林清华的这个命令一下达，平静的太湖里顿时杀声震天，与水寨中日军的正式战斗还未打响，太湖中就枪炮声四起，吓得龟缩于水寨中的日军整日提心吊胆，生怕中国军队忽然发动进攻。

与镇虏军的积极行动不同的是，那些陈子龙带来的乡勇整日无所事事，除了在军营之中训练之外，就是偷偷溜出军营，到附近的乡村干坏事，不是偷村民的东西，就是调戏民女。

鉴于这少数乡勇败坏了朝廷军队的名誉，所以陈子龙不惜杀一儆百，他与洪英等人商量之后，便下令将那些被镇虏军巡逻队抓获的不法乡勇就地斩首，并将其首级传视全军。这种雷霆手段很快就起了明显作用，乡勇们老实多了，没有命令，他们甚至连辕门都不敢跨出一步。