8时40分，由108架俯冲轰炸机、84架平轰炸机和55架战斗机组成的第二波攻击波已在瓦胡岛上空展开完毕。8时42分，247架飞机冒着越来越猛的炮火开始了攻。平轰炸机队负责攻击瓦胡岛的机场，俯冲轰炸机继续攻击舰只。两次空袭之间只有少数陆军的飞机得以起飞，又全被零式战斗机战击落，继第一波攻击之后，零战继续保持着制空权。

这时珍珠港已经烟，严重妨碍了俯冲轰炸机寻找下面的舰只。99式俯冲轰炸机都采取了据弹幕轰炸的方式，就是哪的炮最猛烈，飞机向那里俯冲。有一架飞机俯冲下去后才发现目标是一座陆上炮塔，又连忙拉起。港内，停在战列舰队末尾的内华达号战列舰离开了泊位，她也是整个袭击过程中唯一开动的战列舰，但也因此多吃了不少炸弹。

9时40分，第二攻击波大摇大摆地撤离后，渊田又在珍珠港上空盘旋，拍摄着他的胜利成果。而后飞往集结地率领机队返航。渊田的飞机最后一批降落。他烈要求实施第三次空袭，此刻南云忠一也染上了山本五十六的赌徒脾气，心说反正一不二不休，咱就光膀吧！很快第三攻击波起飞，将岛上的轰炸油罐场和修理设施狠狠轰炸了一遍。列克星顿、萨拉托加、约克城、企业四艘航母此刻正在外海行编队训练——这正是穿越者到来所引发的蝴蝶效应的结果，听到珍珠港被袭击的消息后连忙命令舰载机挂弹准备击，但是就在他们忙着给舰载机挂弹时候，一架97舰攻飞到了他们的上方，很快几百架各战斗机光临到了他们上方，而此刻国的舰载侦察机也发了信号，发现日本航母战斗群，不过收到这个消息的时候日本人已经将炸弹丢到了航母的甲板上——这正是南云为他们准备的第四攻击波，一空袭过后，国的四艘航母只剩下企业号还奄奄一息满大火的漂浮在海面上，其他的三艘航母则成了海鱼礁，带着满大火沉了海底。对照一下原计划和穿越者的资料，南云惊喜的发现，自己的任务已是超额完成——回去能领超额奖了，但是有是贪心不足蛇吞象，被胜利冲昏了的南云将真实历史中的小心翼翼给丢到了脑后，当下拍板派给航母护航的“猴四兄弟”战列舰金刚、比睿、雾岛、榛名去炮击瓦胡岛，但是他没有料到，虽然岛上的国海空军力量遭到了毁灭打击，但是岸防炮台却没有受到多大损失，而炮台中406毫米和380毫米的大炮可不是吃素的家伙。很快双方展开了激烈的炮战，但是这一次日本人却吃了大亏，炮战开始后不到30分钟，一发406毫米炮弹就击中了比睿号的舰艏，当时舰艏的两座炮塔就成了废铁，燃起的大火在第一时间就把十多个损给烤成了小火人，要不是舰长情急之下不顾炮塔下人员的死活命令往两座炮塔的弹葯库里注，恐怕比睿号就要改螺旋桨向上的姿势去当“潜艇”了。而雾岛号此刻也中了两发380毫米炮弹，舰艉的两个大窟窿似乎是在告诉日本人：拉的觉是痛苦地，不要以为你战列巡洋舰改革名字就真成战列舰了。此刻南云才发现自己犯了一个严重的错误，恰巧当时下起了大雨，炮台上的观瞄设备因此大受影响，而金刚号上的分舰队司令见机不可失，上发了“风，撤乎”的信号，剩下的两艘船赶拖起被开了瓢的比睿号和被暴了的雾岛号逃命去也。猴四兄弟，以他们的实际行动证明了纳尔逊的名言：没有陆战队，傻瓜才会去跟炮台拼命。

不怎么说，日本海军这一次算是大获全胜，虽然半路上差一因为燃料耗尽而到海里。这次突袭的战果包括珍珠港里的所有战列舰，而地面上几乎所有飞机都被摧毁，虽然有在防空地下掩当中飞机得以起飞和还击，但是在占有数量优势和质量优势的日本零式战斗机面前，那些开着P36和P40和零式玩狗斗的国愣青飞行员全都像熟透了的苹果一样掉了下来。12艘战列舰和其它舰船被击沉或损坏。188架飞机被摧毁，155被破坏，3996名国人丧生。仅亚利桑那号和内华达号战列舰的沉没就有上千人死亡。

顿之后，只有两架在毁坏的机场上艰难地行了着陆，之后便被击毁。