。后又升任郎中，跟随汉王进入汉中。

当汉王回军平定三秦的时候，樊哙单独带兵在白水以北攻打西城县丞的军队，又在雍县之南攻打雍王章邯的轻车骑兵，都打败了他们。跟从汉王攻打雍县、剑ǎ舁ⅲ椋台）县县城，率先登城。在好畤（ｚｈì至）攻打章平的军队，攻城时樊哙又先登城。带头冲锋陷阵，杀死县令一人，县丞一人，斩首十一级，俘虏二十人，升先郎中骑将。跟随汉王在壤东攻打秦军的车骑部队，击退敌人的进攻，升任将军。在进攻赵贲的军队时，在攻取郿（ｍéｉ，眉），槐里、柳中、咸阳的战斗中，以及引水灌废丘的敌军，樊哙的功劳都最大。到了栎（ｙｕè，月）阳，汉王把杜陵的樊乡赐给樊哙当作食邑。跟从汉王进攻项羽，血洗了煮枣。在外黄，击败了王武、程处所带领的部队。接着又先后攻打邹县，鲁城、瑕丘和薛县。项羽在彭城把汉王打得大败，全部收复了鲁、梁一带的地盘。樊哙回军到荥阳，汉王又给他增加了平阴两千户作为他的食邑，以将军之职守卫广武。一年之后，项羽带兵东去。樊哙又跟从汉王攻打项羽，攻取了阳夏，俘虏了楚国周将军的士卒四千人。把项羽围困在陈县，把他打得大败。樊哙血洗了胡陵。

项羽死后，汉王立为皇帝，因樊哙坚守城池和出击作战有功，又加封食邑八百户。跟随高祖攻打反叛的燕王臧荼，并俘虏了他,平定了燕地。楚王韩信发动叛乱，樊哙随从高祖到陈县，逮捕了韩信，平定了楚地。高祖改赐列侯的爵位，与诸侯剖符为信，让他们世代相传不绝。高祖把樊哙以前的食邑除去，赐食舞阳，号为舞阳侯。樊哙又叹以将军之职跟随高祖前往代地，攻打反叛的韩王信。从霍人一直打到云中，都是樊哙和绛侯周勃等人共同平定的，于是又增加食邑一千五百户。后来，樊哙又率领人马袭击叛臣陈豨和曼丘臣的军队，襄国大战，在攻取柏人县时，率先登城，又降服平定了清河，常山两郡的二十七个县，捣毁了东垣县城，以此功升任左丞相。在无终、广昌，击破了綦毋卬（áｎｇ，昂），尹潘的军队，并且活捉了他们二人。在代南，击破了陈豨手下的胡人将领王黄所带领的军队。接着，又进军参合，攻打韩王信的军队，他所带领的将士斩杀韩王信。在横谷，大败陈豨的胡人骑兵部队，斩杀了将军赵既，俘虏了代国丞相汉梁、郡守孙奋，大将军王黄、太仆解以及将军等十人 。和诸将领共同平定了代地的乡邑七十三个。在此之后，燕王卢绾起兵造反，樊哙以相国之职带兵攻打卢绾，在蓟县之南击破卢绾丞相所带领的军队，平定了燕地共十八个县，五十一个乡邑。于是高祖又给樊哙增加食邑一千三百户，确定他作为舞阳侯的食邑共五千四百户。樊哙跟从高祖征战时，共斩敌人首级一百七十六个，俘虏敌兵一百八十八人。他自己单独带兵打仗，打垮过七支敌军，攻下过五座城池，平定了六个郡，五十二个县，并俘虏过敌人丞相一人，将军十二人，二千石以下到三百石的官员十一人。

樊哙因为娶了吕后的妹妹吕须为妻，生下儿子吕伉，因此和其他将领相比，高祖对樊哙更为亲近。

以前在黥布反叛的时候，高祖一度病得很厉害，讨厌见人，他躺在宫禁之中，诏令守门人不得让群臣进去看他。群臣中如绛侯周勃、灌婴等人都不敢进宫。这样过了十多天，有一次樊哙推开宫门，径直闯了进去，后面群臣紧紧跟随。看到高祖一人枕着一个宦官躺在床上。樊哙等人见到皇帝之后，痛哭流涕地说：“想当初陛下和我们一道从丰沛起兵，平定天下，那是什么样的壮举啊！而如今天下已经安定，您又是何等的疲惫不堪啊！况且您病得不轻，大臣们都惊慌失措，您又不肯接见我们这些人来讨论国家大事，难道您只想和一个宦官诀别吗？再说您难道不知道赵高作乱的往事吗？”高祖听罢，于是笑着从床上起来。

后来卢绾谋反，高祖命令樊哙以相国的身份去攻打燕国。这时高祖又病得很厉害，有人诋毁樊哙和吕氏结党，皇帝假如有一天去世的话，那么樊哙就要带兵把戚夫人和赵王如意这帮人全部杀死。高祖听说之后，勃然大怒，立刻命令陈平用车载着绛侯周勃去代替樊哙，并在军中立刻把樊哙斩首。陈平因惧怕吕后，并没有执 行高祖的命令，而是把樊哙解赴长安。到达长安时，高祖已经去世，吕后就释放了樊哙，并恢复了他的爵位和封邑。

汉惠帝六年（前189）时，樊哙去世了，谥号为武侯。他的儿子樊伉代其侯位。而樊伉的母亲吕须也被封为临光侯。在高后时，吕须也掌管政事，十分专断，大臣们没有不怕她的。樊伉代侯九年之后，吕后去世了。大臣们诛杀吕氏宗族和吕须的亲属，接着，又杀死了樊伉。舞阳侯这个爵位中断好几个月。等到汉文帝即位，这才封樊哙的妾所生的儿子樊市人为舞阳侯，恢复了原来的爵位和食邑。樊市人在位二十九年死去，谥号为荒侯。他的儿子樊他广继承侯位。六年之后，舞阳侯家中舍人得罪了樊他广，非常怨恨他。于是就上书说：“荒侯市人因为有病而丧失生育能力，就让他的夫人和他的弟弟yín乱而生下他广。他广在事实上并不是荒侯的儿子，因此更不应当继承侯位。”皇帝下命令把此事交给官吏去审理。在汉景帝中元六年（前144）时，注销了樊他广的侯位，降他为平民百姓，封国食邑也一并撤除了。